Biopahikset

Törmäsin taannoin mielenkiintoiseen artikkeliin Tiede-lehdessä (linkki juttuun: http://www.tiede.fi/artikkeli/jutut/artikkelit/bioase_voi_syntya_vahingossa), jossa kerrottiin keskimääräistä vakavammista labramokista ja pohdiskeltiin mahdollisuutta sille, että labrasta pääsisi karkuun jokin äkäisempi taudinaiheuttaja, joka voisi listiä ihmiskunnan. Tällaista ei ole tapahtunut, mutta biologisia aseita käytetään kyllä sodankäynnissä. Päätinkin siis kirjoittaa siitä, miten ilkeitä ja kamalia juttuja jotkut ihmiset ovat kehitelleet.

 Biologiset aseet eivät ole ihan niin uusi juttu, kuin äkkiseltään ajattelisi. Ensimmäiset tunnetut biologisen sodankäynnin yritykset ovat tapahtuneet jo 400 eaa. Skyyttalaiset (nykyisen etelä-Venäjän alueella asuneita ihmisiä) dippailivat nuoliaan maatuvissa ruumissa ja lannassa. Ja jo muinaiset roomalaiset ovat kirjoitelleet vesivarantojen pilaamisesta eläinten raatojen avulla.


Nykyään biologisessa sodankäynnissä patogeeneja (esimerkiksi sairauksia aiheuttavia bakteereja) usein manipuloidaan niin, että niiden aiheuttamat taudit tarttuvat helpommin ihmisestä toiseen, niistä voidaan tehdä myrkyllisempiä tai vaikeammin tapettavia muuttamalla niiden genomia. Patogeenejä voidaan muokata antibioottiresistensseiksi, eli bakteerit eivät enää kuole antibiootteihin. Tokihan bakteereille kehittyy antibioottiresistenssi aikaa myöten ihan ilman mitään geenimanipulointia. Koska bakteerit ja muut pienet patogeeniset eliöt lisääntyvät helposti, niiden tuottaminen on halpaa. Lisäksi niiden levittäminen on helppoa ja niitä vastaan suojautuminen on vaikeaa. Patogeenejä voidaan levittää ilmaan suihkeena tai käyttämällä räjähdettä. Myös ruoka- tai juomavarannot voidaan myrkyttää patogeeneillä, tai ihmiset voidaan sairastuttaa, vaikka lähettämällä tartunnanaiheuttajaa kirjekuoressa.


Vuonna 2001 useat amerikkalaiset saivat kirjeitä, joihin oli sivelty Bacillus anthracista, bakteeria, joka aiheuttaa pernaruttoa, eli anthraxia. Pernarutto on tappava tauti, joka on kyllä hoidettavissa, jos se huomataan ajoissa. Ongelmallista siinä vain on se, että esimerkiksi iholla se näyttää aluksi vain ötökän puremalta ja sen jälkeen kehittyy flunssan kaltaisia oireita (nyt kaikki sitten kuumottelevat ihan hitosti syksyllä, kun kädet ovat täynnä hyttysenpuremia ja flunssa alkaa oireilla). No, anthraxin erottaa kuitenkin siitä, että se ei parane. Sen sijaan paukamat alkavat mätiä ja mustua (googlettamalla löytää helposti). Loppujen lopuksi viisi ihmistä kuoli ja 17 sairastui pernaruttoon kirjeiden takia. Mikä tästä tekee pelottavinta, on ehkä se, että kirjeiden lähettäjää ei koskaan saatu kiinni.

Taiteilijan näkemys Anthrax-paiseista.

Näissä maailmanlopun tunnelmissa totean tähän loppuun, että jos biologisesta sodankäynnistä pitää keksiä jotain positiivistä, niin biologisilta aseilta vastaan suojautumisessa on muutamalle biokemistille kivasti töitä.


PS: Huomenna takasin Ouluun!


Lähteet:
http://www.emedicinehealth.com/biological_warfare/article_em.htm#history_of_biological_warfare
http://www.emedicinehealth.com/biological_warfare/page2_em.htm#bioterrorism_and_biowarfare_today
http://www.emedicinehealth.com/biological_warfare/page3_em.htm#how_biological_agents_are_delivered_and_detected
http://www.fbi.gov/about-us/history/famous-cases/anthrax-amerithrax/amerithrax-investigation
http://www.crimelibrary.com/terrorists_spies/terrorists/anthrax/index.html

Arjen aherrusympäristö

Tutkimuksen tekoa kuvataan aika harvoin yleisissä medioissa. Joskus illan pääuutislähetyksen piristeenä voi olla lyhyt juttu siitä, kuinka tutkijat ovat löytäneet uuden molekyylin tai mahdollisen parannuskeinon syöpään (oikeammin he ovat julkaisseet tutkimustuloksensa, useimmiten jo muutamaa kuukautta aiemmin). Ja sitten näytetään videokuvaa siitä, kun tutkija pipetoi vettä eppendorf-putkeen tai muuta ihan superjännittävää ja informatiivista...Not.

Onhan videokuva siinä oikeassa, että yleensä jossain vaiheessa tutkimusta kulutetaan ahkerastikin laboratorioiden työtasoja ja reagensseja. Mutta ei se ihan täyttä totuutta vastaa. Tästä syystä kuvasin omia työskentelytilojani, joissa päiväni ja viikkoni yleensä kuluvat.

Ekanakin, normaalit labratilat, ja siellä erityisesti tämä yksi laminaarikaappi on tullut tutuksi. Tässä laminaarissa tehdään yleensä kaikki Western Blot-menetelmään tarvittavat geelit jne. tykötarpeet. Villisti veikkaan, että WB taitaa tulla menetelmänä ihan tarpeeksi tutuksi tässä gradun teon aikana :D

Muualla labrassa on kaikkea tarvittavaa: työtasoja, hyllytilaa, jääkaappeja ja pakastimia näytteiden ja tiettyjen reagenssien säilyttämistä varten. Paljon reagensseja ja valmiita liuoksia. Erilaista laitteistoa kuten vaakoja, PCR-koneita, sekoittimia ja muuta. Oikeastaan kaikkea mitä voisi tällä tutkimuksenalalla kuvitella tarvitsevansa.

Oma paikkani tässä labrassa on hieman oikealla, sinne olen kasannut omia liuoksiani (luota vain itse tekemiisi liuoksiin!), protokollia, pipetit, reagensseja jne.

 Toinen yleinen työskentelytilani on pieni toimisto, jossa majailee lisäkseni kaksi vanhempaa tutkijaa. Tällä hetkellä koneen ympäristö on vielä kohtuu siisti: kaikki tarvittava on kansioissaan, lähellä on muistilappuja ja kyniä... Saa nähdä kuinka kauan tätä järjestystä riittää.

Tietokoneella etsin paljon tietoa netistä, luen artikkeleja, lähetän maileja, käsittelen mikroskooppi- ja muita kuvia, käytän Exceliä ja Wordia... Riippuu hirveästi päivästä, mutta jotenkin voisi ajatella, että aika 50-50 menee ajankäyttö: puolet koneella ja toinen puoli labrassa. Toisina päivinä 7 tuntia labrassa ja 1 tunti koneella, välillä toisinpäin.

Kolmas työympäristöni on soluviljelylabra, mutta sieltä en viitsinyt mennä ottamaan kuvaa, koska steriiliys. Ihan hevillä ei halua viedä mitään ylimääräistä sellaiseen tilaan, jossa kasvatetaan jos minkänäköisiä suusyöpäsoluja ja vastaavia. Joten sen tilalta sitten kuva normilabran jääkaapin ovesta. Rock with a new gene - miksei?




Tälläisessä ympäristössä minä työskentelen. Välillä kuljen muissakin kerroksissa, lähinnä käyttämässä siellä olevia laitteita. Mutta jostain näistä kolmesta edellämainitusta minut yleensä löytää. Tai sitten kahvihuoneesta juomasta kaakaota tai teetä, harvemmin kahvia. Paitsi jos on aivan pakko olla skarppina.

Lukemisiin
Krista

PS. Tutkijan homma on siitä mukavaa, että aina oppii uutta. Tänään opin, että SDS on kuivana reagenssina aivan älyttömän höttöistä ja kevyttä eikä reagenssipurkin päällä kannata mennä vetämään kovin syviä henkosia. Koostumukseltaan kyseinen reagenssi vastaa kuivaa puuterilunta, bonuksena saa myös yskänkohtauksen. En suosittele, oli nimittäin sen verran karheaa tavaraa.

For the glory of science

Asiasta voi tietenkin olla montaa mieltä, mutta omasta mielestäni hyvälle biokemistille biokemia on muutakin kuin oppiaine, nimittäin elämäntapa. Tällä en tarkoita, että pitää analysoida jääkaapin bakteerikantoja ja pitää kirjaa tippuneista silmäripsistä,vaan sellaista pientä harrastuneisuutta ja hyvää yleissivistystä tieteen saralla. Nykyään ei tarvitse edes uhrata parisuhdetta ja kaikkea vapaa-aikaa kirjastossa istuen, vaan asian voi hoitaa huomattavasti hauskemmin. Tässä muutama esimerkki:

SciShow

Uskokaa tai älkää, ah-niin-hipsteri vloggaus voi tarjota myös ihan oikeaa asiasisältöä. Yksi esimerkki on Youtuben SciShow. Kyseessä on Hank Green nimisen yhdysvaltalaisen biokemistin tieteen omituisuuksia ruotiva kanava. Noin viiden minuutin videopläjäyksissä Hank käsittelee häneltä kysyttyjä kysymyksiä ja esittelee tieteen välillä omituisia ja surkuhupaisia saavutuksia. Tiesittekö esimerkiksi miksi kissat todella kehräävät? Kanavalta löytyy myös "Great minds" sarja, jossa Hank esittelee tieteen tunnettuja ja tuntemattomia suuruuksia. SciShow:sta opituilla noppitiedoilla voit ihastuttaa tai vihastuttaa kanssakuulijoitasi, tai ainakin lyödä henkisesti ilmat pihalle humalaiselta tyypiltä baarissa, joka luulee tietävänsä mikä Schrödingenin kissan idea on. Oikeasti, känniset "tieteellä" pätijät, yäk...

 

 

PhD comics

Nimensä mukaisesti tutkijoiden elämää puivia lyhyitä sarjakuvia. Eivät ehkä avaudu täydessä merkityksessään fukseille, mutta viimeistään gradutyötä tehdessä alkaa päästä kärryille akateemisen maailman absurdiudesta. Opettaako tämä jotain? Vähän riippuu. Tuomitse itse --> http://phdcomics.com/comics/archive.php?comicid=1717

Histonin biokemiaillat

Meinasin kirjoittaa internetistä löytyvistä luentosarjoista, mutta muistin, että Histonihan järjestää jo tiededokumentti-iltoja. Ainakin toivon, että ne jatkuvat viime kevään tapaan. Ideana on, että katsotaan yhdessä tiedevideoita, yleensä johonkin kurssiin tai teemaan liittyen. Keväällä katsottiin kaikkea epilepsian ja peniksen rakenteen väliltä.

Illanistujaiset

Huolestuneille äideille ja iseille tiedoksi: opiskelijoiden illanistujaiset voivat olla myös kehittäviä. Parhaat ideat syntyvät kaveriporukalla lasillisen ääressä. Tai muuten vain kavereiden kanssa hassutellessa. Älkäämme unohtako Manchesterin yliopiston tutkijakaksikkoa  Konstantin Novoselov ja Andre Geim. Perjantai-pelleilyjen päätteeksi he keksivät keinon valmistaa superohuita grafiitti-kalvoja teipin ja lyijykynän avulla. Ja Nobelhan siitä rapsahti vuonna 2010.

Siinä muutama esimerkki. Hauskoja hetkiä tieteen parissa!

-Ninni

Erittäin epätieteellinen esittelyteksti

Hei kaikki! 

Olen nuorin tämän blogin kolmesta kirjoittajasta ja opintoni ovat vielä suhteellisen alkuvaiheessa. Tällä hetkellä vietän niin sanottua kesälomaa eli toisin sanoen olen töissä koko kesän. En kuitenkaan valitettavasti saanut kesätyöpaikkaa mistään biokemiaan liittyvästä, vaan tällä hetkellä olen asiakaspalveluhommissa Keski-pohjanmaalla. Loppukesästä palaan kyllä Ouluun työskentelemään Tietomaahan. Tulen luultavasti kirjoittelemaan aika paljon opintoihin ja opiskelijaelämään liittyvistä jutuista ja satunnaisesti jostakin muustakin mielenkiintoisesta, joka liittyy biokemiaan. Tai siis tottakai kaikki biokemiaan liittyvä on superjännää!

Tunnetko tämän aminohapon?

Aloitan syksyllä kolmannen opiskeluvuoden Oulun yliopistossa. Aika on mennyt melkein liian nopeasti. Kolmas vuosi on kandivaiheen viimeinen vuosi, eli silloin tehdään kandidaatintutkielma, joka on kirjallisuustutkielma. Lisäksi siihen kuuluu myös oman työn popularisointiosuus, joka voi olla esimerkiksi juliste tai oppitunti oman työn aiheesta kerrottuna sellaisella tasolla, että sen voi ymmärtää lukiotaustalla. Oikeastaan en edes ihan tarkasti vielä tiedä, mitä minun pitää tehdä, aihe on kyllä jo mielessä (matriksin metalloproteinaasit, jos jotakuta sattuu kiinnostamaan).

Tulevassa lukuvuodessa on muutakin erilaista, kuin se, että voin sen jälkeen nimittää itseäni luonnontieteen kandidaatiksi (tai ainakin se on tavoite). Ensinnäkin tulen toimimaan pienryhmäohjaajana kolmasosalle uusista biokemisteistä. Toisekseen minulla on vaihteeksi vähän muitakin aineita kuin biokemiaa, kemiaa ja biologiaa. Aloitan syksyllä Johdatus ohjelmointiin-kurssin ja lukujärjestykseen mahtuu myös toivottavasti vähän biofysiikkaa. Lisäksi Biokemian- ja molekyylilääketieteen laitos (eli BMTK) muuttaa Linnanmaalta Kontinkankaalle, eli sinne lääkiksen tiloihin, ja kaikki tulevat biokemian kurssini tulevat olemaan siellä. Tulen luultavasti olemaan hetkellisesti hukassa kuin fuksi. Linnanmaalla pidetään onneksi vielä kaikki muut kurssit. Lisäksi edessä taitaa olla pienoinen arvosanojen korotus-projekti, jotta se kandin paperi näyttäisi sitten vähän kivemmalta. Ainakin pipetit ja epparit tulevat olemaan samoja tuttuja, vaikka labra muuttuu. Lisäksi Histonin (eli Oulun yliopiston biokemian opiskelijoiden ainejärjestön) hallitushommat tulevat pysymään samoina vielä jouluun asti.

Kristallografiaa, ainakin melkein

Tervehdys kaikille

Olen jo opintojeni loppuvaiheessa oleva oululainen biokemisti. Tällä hetkellä teen Pro Gradu-työtäni suusyöpään liittyen ja se tulee luultavasti näkymään myös paljolti kirjoittamissani teksteissä. Painotan kirjoituksissani todennäköisesti aiheina myös arkea ja erilaisia tutkimukseen liittyviä ongelmia. Aiheita, joista on helppo kirjottaa, mutta joista kuulee aivan liian vähän.

Minun tieni tähän vaiheeseen opintojani on ollut hieman keskivertoa hitaampi - valmistun todennäköisesti ensi keväänä, jolloin opiskeluja tulee täyteen kuusi vuotta. Keskivertoihanneaikaan, 5 vuotta, on siis tupsahtanut ylimääräinen vuosi lisää. Syitä tähän on monia, suurimpina ehkä opiskelija-aktiivius ja laiskuus/motivaation puute/väsymys. Histonin (biokemian opiskelijoiden ainejärjestö/kilta täällä Oulussa) hallituksessa kului näppärästi neljä vuotta, aina tehtävättömästä jäsenestä puheenjohtajaksi asti, ja siinä sivussa olin mukana myös muunmuassa biokemian laitoksen opetuksen kehittämistyöryhmässä (OKTR). Nykyään olen mukana vain biokemian ja molekyylilääketieteen tiedekunnan (BMTK) hallituksessa opiskelijajäsenenä, kiltalehtemme Supernatantin toimituksessa ja luonnontieteiden akateemisten liiton (LAL, ammattiliitto) opiskelija-paikallisjaoston (LAO-Oulu) hallituksen sihteerinä. Minkäs aktiivi tavoilleen mahtaa...

Muistilaput, en muistaisi puoliakaan hommistani ilman näitä.

Biokemiallisesti katsoen olen eniten kiinnostunut genetiikasta sekä solu-ja molekyylibiologiasta. Aineenvaihdunta ja erilaiset säätelymekanismit herättävät myös intoa ja halua tietää lisää. Työskentelen mieluummin labrassa kuin tietokoneella, vaikka välillä onkin ihan hyvä istua alas lukemaan artikkeleja tai hankkimaan lisätietoa menetelmistä/tutkitusta aiheesta/läheisen ravintolan päivän menusta. Labran ulkopuolella aika menee kuluvana kesänä pitkälti frisbeegolfatessa, geokätköillessä, parvekepuutarhaa hoitaessa ja erilaisia tuunaus- ja käsityöprojekteja tehden. Ja ehkä joskus tänne blogiinkin kirjottaen ;)

Kirjoittelemisiin.

-Krista