Pientä edistystä töissä

Ensinnäkin, look at them! My precioussss-s-ss-s...

Sain siis tänään leikattua viimeisenkin noin 40 kielinäytteestä (hiiren). En mitenkään nopeasti tai täysipäiväisesti tehnyt hommia näiden näytteiden kanssa, aloitin näiden leikkaamisen kuitenkin jo lokakuussa eli sellainen rapeat kolme kuukautta meni. Välillä keskityin enemmän katsausartikkelin tekoon ja ompahan sattunut matkalla muitakin hidasteita (kuten se ex tempore Norjan tiedetapaaminen). Toisaalta tuli taas eilen huomattua että se noin kolme tuntia on maksimi mitä jaksan/pystyn päivittäin veivata mikrotomin kampea - oikea käsi (kampikäsi) alkaa kipuilemaan hyvin nopeasti eikä keskittyäkään jaksa täysillä ihan mahdottomia (keskittyminen on tärkeää, että ei vahingossa leikkaa sormeaan irti tuolla partaterämaisella leikkausosalla jne.).

Kohtalaisen iso hommahan noissa kyllä oli. Laskeskelin että olen leikannut yhteensä noin 20 000 leikettä, metreinä se on jotain 150 m. Nämä leikattiin siis "nauhana" eli käytännössä koko näytteen läpi (parafiiniblokista kun leikkaa peräkkäisiä leikkeitä, jäävät ne leikkeet reunoistaan kiinni luoden täten leike"nauhan"). Tämä on työlästä ja aikaavievää, mutta tarpeen ajoittain. Yleensähän immunohistokemiaa varten leikataan vaan yksittäisiä leikkeitä, esimerkiksi silloin kun tehdään patologisia määrityksiä potilaan syöpätyypistä. Mutta seuraavaksi pääsenkin siihen jännittävämpään vaiheeseen eli tekemään immunohistokemiallisia värjäyksiä noista mun leikkaamista näytteistä! Katsotaan kuinka käy (eli toimiiko vasta-aineet ja mitä löydöksiä voidaan tehdä niiden perusteella).

Sitten se toinen homma mitä olen tässä viime syksyn ja tammikuun tehnyt eli tuo systemaattinen katsausartikkeli. Olen nyt päässyt sellaiseen vaiheeseen, että kaikki artikkelit on käyty kerran läpi ja katsausartikkeliin laitettavat alkuperäiset tutkimusartikkelit on valittu. Olen alkanut lukemaan valittuja artikkeleja kunnolla läpi ja jaottelemaan niitä erilaisiin luokkiien tulevien kappaleiden teeman mukaisesti. Tässä kohdin törmäsin yhteen ongelmaan - mikä on järkevä kappalejaottelu? Puhunko tutkimuksista niiden metodien mukaan (immunohistokemia vs. solukokeet), tulosten mukaan (positiiviset vs. neutraalit vs. negatiiviset), sairaustyyppien mukaan (rintasyöpä vs. ihosyöpä) vaiko aivan jollain muulla tavalla? Keskusteltiin ohjaajan kanssa ja päädyttiin ainakin tällä erää jakoon syöpätyyppien mukaan, koska yleensä tutkijat keskittyvät tutkimuksissaan yhteen syöpätyyppiin ja lukiessaan tällaista katsausartikkelia heitä kiinnostanee pääasiassa se, mitä juuri siitä heidän kohdesyövästään tiedetään ja on tutkittu. Tästä pääsemmekin seuraavaan ongelmaan eli...

Mitä syöpäjaottelua käytän? Jos mietitään asiaa patologisesti ja kudostyyppien kannalta, jaetaan syövät ryhmiin sen mukaan, mistä kudoksesta ne ovat peräisin. Esimerkiksi, leukemiat saavat alkunsa veren ainesosia muodostavista luuytimen soluista kun taas sarkoomat saavat alkunsa sidekudoksen soluista. Mutta syövät voidaan jakaa luokkiin myös niiden anatomisen sijainnin mukaan eli siis esimerkiksi keuhko- ja suolistosyöpiin. Tutkimuksessa nämä ryhmät menevät iloisesti sekaisin kun toiset tutkivat kivessyöpiä ja toiset yleisesti vaikkapa myeloomia. Käytännössä nämä ryhmät kuitenkin menevät aivan täysin ristiin. Otetaampa esimerkiksi vaikka rintasyöpä. Suurin osa, arviolta yli 95%, rintasyövistä on karsinoomia, jotka saavat alkunsa maitorauhasten tai -tiehyeiden epiteelikudoksesta. Mutta rintasyöpä voi olla myös angiosarkooma (veri- tai imusuonen  sidekudoksesta lähtöisin), phyllodes-kasvain (pehmytkudoksen sarkooma, rinnan sidekudoksesta peräisin), Pagetin tauti nännissä (kun maitotiehyen karsinooma leviää nänniin), tulehduksellinen rintasyöpä (kun syöpäsolut tukkivat imusuonet ja rinta tulehtuu) tai joku karsinoomien alatyyppi. Että milles jaolle tässä nyt sitten rupeaisi...

Lähteet: American Cancer Society ja Bookside Associates.

-Krista

Ps. Helmikuussa tapahtuu kun joku saattaa vihdoin ja viimein päästä valmistumaan (miten tässä nyt näin kävi? & en tiedä juhlinko). Lisäksi yritän päästä mukaan Tiedepäiville, joko posterilla tai puheella, perjantaina se selviää!

Soija ja estrogeeni

Soijapapu [3]

Genisteinin rakenne. [2]

Olen muutaman kerran kuullut, että soija on hirvittävän epäterveellistä ja, että sen sijaan kannattaisi suosia jotain muuta proteiininlähdettä. Päätinkin siis selvittää, mikä soijassa oikein on pielessä, jos on ja pitääkö sen paikkaansa.

Soijasta kirjoitellaan vähän ristiriitaisia juttuja. Joskus sen uutisoidaan vähentävän riskiä sydän- ja verisuonitauteihin, ja syöpään. Erilaisiin väitteisiin on vastattu paljon asiantuntevammin kuin itse pystyisin eräässä parin vuoden takaisessa Hesarin artikkelissa [1], joten en viitsi turhaan toistaa artikkelin asioita. Soijaa on kyllä tutkittu paljon, mutta ei läheskään tarpeeksi, jottai voitaisiin varmasti sanoa sen olevan terveellinen tai epäterveellinen. Jos soijan käyttö on satunnaista, on tuskin syytä huolestua.

Estradiolin rakenne. [4]

Mikä soijassa on mielenkiintoista?
Soija sisältää kahta erilaista isoflavonia: genisteinia ja daidzeinia. Samantapaisia molekyylejä löytyy myös monista siemenistä ja vihanneksista. Näiden molekyylien rakenne on hyvin samantapainen estrogeenihormonin kanssa, joten on epäilty, että soijan isoflavonit voivat myös sitoutua estrogeenireseptoreihin, eli naissukupuolihormonien reseptoreihin. Seuraava asia on hyvin pelkistetty versio siitä, mitä todellisuudessa tapahtuu, mutta siis, kun estrogeeni sitoutuu reseptoriinsa, se on viesti solulle siitä, että pitää alkaa tuottamaan tiettyjä proteiineja, joita estrogeeni ja estrogeenireseptori säätelevät. Tällaisia proteiineja ovat esimerkiksi maitorauhasten kasvua lisäävät proteiinit, ja muut sukupuoliseen kehitykseen liittyvät jutut. Näiden lisäksi estrogeenillä on myös tärkeä rooli alkionkehityksessä. [5]

Koska tiedetään, että genistein pystyy sitoutumaan erääseen estrogeenireseptoreista [5], on kaksi vaihtoehtoa sille, mitä voi tapahtua: genistein voi kiinnittyä estrogeenireseptoriin aiheuttamatta minkäänlaista reaktiota ja estää samalla estrogeenin pääsyn omaan reseptoriinsa tai genistein saattaa aiheuttaa reseptorissa saman reaktion kuin estrogeeni. Asiaa on tutkittu paljon rotilla ja on huomattu, että genisteinilla on ollut useita epätoivottuja vaikutuksia. Täytyy kuitenkin muistaa, että rotan aineenvaihdunta on erilaista kuin ihmisellä eli rottakokeiden tulokset tarkoittavat ainoastaan, että ihmiseltä saattaa löytyä samanlainen vaikutus. Ihmisiltä ei ole ainakaan vielä löytynyt samantapaisia vaikutuksia, mutta toki asiaa täytyy vielä tutkia enemmän ennen kuin mitään voi sanoa varmasti.

Lähteet:
[1] Tuuli Vattulainen, "Uskaltaako soijaa syödä?", Helsingin sanomat 3.4.2014 http://www.hs.fi/hyvinvointi/a1396413275380 
[2] "Genistein-3D-balls" by Jynto (talk) - Own workThis chemical image was created with Discovery Studio Visualizer.. Licensed under CC0 via Commons - https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Genistein-3D-balls.png#/media/File:Genistein-3D-balls.png
[3] "Soybean.USDA". Licensed under Public Domain via Wikimedia Commons - https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Soybean.USDA.jpg#/media/File:Soybean.USDA.jpg
[4] "Oestradiol-3D-balls". Licensed under Public Domain via Commons - https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Oestradiol-3D-balls.png#/media/File:Oestradiol-3D-balls.png 

[5] Heldrig N. et al. 2007, "Estrogen Receptors: How Do They Signal and What Are Their Targets?"

Physiological Reviews
http://physrev.physiology.org/content/87/3/905

Vieraskynä: Biokemistinä kasvitieteiden maailmassa

Vuosi 2016 aloitetaan vieraskynä-kirjoituksella, jossa Benu kertoo kasvifysiologian opiskelusta Oulussa biokemistipohjalta. Hän kiinnostui kasvifysiologiasta alun perin lihansyöjäkasviharrastuksen kautta, sillä kasvifysiologian menetelmiä hyödyntäen on mahdollista hankkia uhanalaisia lajeja ilman niiden keräämistä luonnosta.

Kasveihin liittyvä tiede on hyvin monimuotoista. Esimerkiksi kasviekologia keskittyy kasvien vuorovaikutukseen ympäristön ja muiden lajien kanssa, kun taas kasvipatologit tutkivat taudinaiheuttajia. Kasvifysiologiaan kuuluvat kaikki kasvien elintoimintoihin liittyvät fysiologiset ja kemialliset prosessit. Kasvifysiologiaa opiskelemalla saa siis tietoa kasvien aineenvaihdunnasta, niiden kasvuun vaikuttavista tekijöistä ja vaikkapa niissä tuottuvista lääkeaineista. Ihmiskunta on hyvin riippuvainen kasveista – kasvit toimivat niin ravintona, hengittämämme hapen lähteenä kuin ekosysteemien tukipilarina. Kun ajattelet luontoa, tulee mieleen varmasti metsä, eli kasvien luoma ympäristö. Kasvifysiologia auttaa siis ymmärtämään maailmaa paremmin. Jos ei mitään muuta niin opit ainakin sen, mikä pitää ruukkukasvisi hengissä!

Koeputkikasvitkin tarvitsevat valoa ja kosteutta

Biokemian opinnot, ainakin Oulussa, keskittyvät vahvasti ihmisiin. Biokemistille kehittyykin helposti putkinäkö, eli asioita ajattelee vain eläinsolujen ja bakteerisolujen kannalta. Tietyt periaatteet, kuten geenit ja soluhengitys, ovat yhteisiä kasveille ja ihmisille. Kasveilla on kuitenkin useita eläimistä eroavia piirteitä ja mekanismeja, kuten soluseinät ja fotosynteesi.  Kasvifysiologian opinnot siis laajentavat biokemistin näkökantaa.

Kasvifysiologian perusteiden hallinnasta saattaa biokemisti hyötyä myös työelämässä, jos tuleva työpaikka liittyy esimerkiksi lannoiteteollisuuteen, elintarviketeollisuuteen, luontaistuotteisiin, lääkekehitykseen tahi metsäteollisuuteen.

Kirjaimellisesti vihreää kemiaa

Kasvifysiologiaa opiskellakseen biokemistin ei tarvitse käydä ylimääräisiä biologian kursseja – tarvittavat perustiedot kuuluvat biokemian opintoihin. Biologien ensimmäisten vuosien opintoihin kuuluu kasvitieteen peruskursseja jotka antavat laajempaa pohjatietoa jos sitä kokee tarvitsevansa, esimerkiksi Kasvibiologian perusteet (756341A).

Haastavampia opintoja kaipaaville parasta antia tarjoavat laboratoriokurssit, jotka Oulun yliopiston kasvifysiologialla ovat lähes poikkeuksetta korkeatasoisia. Ne tulevat myös nopeasti täyteen, joten kursseille voi olla vaikea päästä. Kasvien solukkoviljely (752688S) tarjoaa hyvät tiedot solukkoviljelystä, eli kasvisolujen kasvattamisesta steriileissä olosuhteissa. Toisin kuin eläinsolut, kasvisolut kykenevät muodostamaan uuden yksilön erilaistumattomasta solukosta, ja näin on mahdollista tuottaa kopioita vaikka hyvää satoa tuottavasta yksilöstä, uhanalaisista lajeista (esimerkiksi kaupoissa myytävät orkideat) tai muuten erityislaatuisista kasveista (kuten Oulun pääkirjaston ja Oulun yliopiston edustalla kasvavat punakoivut).

Tutkimuskäytössä kasvisolukkoa voi kasvattaa myös maljoilla

Kasvien geneettinen transformaatio (756625S) on kurssi, jota suosittelen kaikille bioalaan tai lääketieteeseen erikoistuville, sillä se antaa perusteellisen johdannon GM-kasveihin. GM-kasvit ovat kuuma puheenaihe, ja niistä kulkee paljon huhupuhetta sekä väärää tietoa. Tämän takia asiantuntijatehtävään tähtäävän olisi hyvä omata faktatietoa niistä. Kurssilla selviää, mitä geenimuunnellut kasvit ihan oikeasti ovat, miten niitä voidaan hyödyntää tutkimuksessa ja tutustutaan niiden tuottamiseen tarvittaviin tekniikoihin käytännössä sekä (hyvin tiukkaan) GMO-lainsäädäntöön.

Hurja GMO-mutantti? Ei, vaan väärään suuntaan kasvava maissi.

Luonnontieteellisessä tiedekunnassa on meneillään suuria muutoksia mistä johtuen kurssitarjonta vaihtelee vuosittain - kannattaa tarkistaa mitä kursseja on saatavilla!

-Benu