Savonmua, Kuopijo, mualiman napa.

Ookko nää Oulusta?

Pelkääkkö nää polliisia? No periaatteessa, käytännössä en, mutta Oulun murre kuulostaa paljon tutummalle kuin Kuopion. Milloin lie tarttuupi täältä Savonmaalta murre? Eli siis jälleen on palattu jännän äärille ja käännetty uusi kappale elämässä, kun on muutettu työn perässä Kajaanista Kuopioon. Takana on jo 6 viikkoa töitä yritysmaailmassa, mutten aio kirjoittaa siitä sen enempää tässä, koska suuri osa energiastani on kulunut kämpän etsimiseen, muuttoon ja tavaroiden purkuun / normaaliin arkeen tottumiseen. Todettakoot vain, että olen tämän hetkisistä bloggareista ainoa, joka ei vielä ole päätynyt tekemään väitöskirjaa maisterin jälkeen, joten toivottavasti tämä asia tuo myös erilaista näkökulmaa tänne blogiinkin [ei sillä, että väikkärissä olisi mitään pahaa, huom!] :)

Työmatkan oikopolku äkkijyrkän rinteen kautta.

Voin kyllä rehellisesti kertoa, että en ole jaksanut töiden jälkeen tehdä paljoa mitään arkisin. Olen ollut väsyneenä ja aika on juossut hullunlailla. Viidennen viikon kohdalla alkoi tuntua, että jaksaisi jopa tehdä jotain muutakin ja tällä viikolla olen pari kertaa käynyt lenkillä ja saanut kaverin houkuteltua kylään. Ensitunnelmia Kuopiosta: Oulu on aina ollut mielestäni litteä, mutta Kuopio on sitten sitäkin muodokkaampi ja järvien ympäröimä! Tosin täältä olen vasta nähnyt tämän mäen missä itse asun...

Alkaa tuntua jo keväältä!

Palatakseni aiempaan Henun kanssa tehtyyn blogipostaukseen sosiaalisesta elämästä - olen kyllä onnekas, että Ninni asui jo täällä! <3 Varsinkin ensimmäisillä viikoilla helpotti suunnattomasti olla "adoptiossa" uuden työn alkaessa ja muutenkin asettuessa. Hyvin soluttauduin yhteen väikkärintekijöiden tapaamiseenkin Ninnin mukana tutustumaan ihmisiin ;) Toinen kiva Histoni-kytkös on omalta fuksivuodelta Johanna, joka on kerran kirjoittanut tähänkin blogiin (täällä). Hän oli nyt viikonloppuna käymässä Kuopiossa ja me nähtiin ja samalla tapasin hänenkin kavereita! Eli kiitos ihanille ex-histonittarille, kun olen päässyt vähän sosialisoimaan! ^^ 

Täällä Kuopiossa asuu myös muutamia entisiä lukiokavereita, joten täysin Histoni-riippuvainen en ole. Se on jännää, miten olen jo kahdesti ulkomailla joutunut etsimään uusia kavereita ja kerran Kajaanissa leventämään sosiaalista piiriä, niin nyt on jälleen uudenlainen asetelma mitä lähteä rakentamaan (ja myöskin pelottavin asetelma, koska työelämä ja suomalaiset...). Mutta ihmiset ovat mukavia ja avoimella mielellä pääsee pitkälle! Ja AINIIN! Myös eräs nimeltämainitsematon "patukki" kävi yhtenä iltana olemassa minun Kuopio-opas. Hän on Kuopiosta kotoisin ja me ollaan tavattu varmaan vuonna 2012 ekan kerran Oulun Luonnontieteilijöiden tapahtumien yhteydessä. Näin muutaman vuoden tauon jälkeen herra vei minut pilikselle :D Ajeltiin valehtelematta varmaan kolme tuntia ympäriinsä. Että kannattaa verkostoitua siellä yliopistomaailmassa ;) Lämpimät kiitokset patukillekin!

Loppuun vielä; näillä näkymin olen Kuopiossa vähintään syksyyn, joten seuraava kappale on omistettu Kuopiolle ja savolaisille;

Terveisiä histoneille, tulkaahan syksyllä exQulle Kuopijoon!
<3: Memmu

Ei ihka oma artikkeli, mutta kuitenkin: Krooniset muutokset Notch1 interaktomissa dentate gyruksessa aivovamman jälkeen

Viimeinkin!

Oma artikkeli antaa odottaa, mutta olen mukana ohjaajani artikkelissa, joka julkaistiin vasta. Nyt voin kerrankin kertoa mitä meidän ryhmässä on tehty!

Kyseinen artikkelli kantaa otsikkoa: 

Chronically dysregulated NOTCH1 interactome in the dentate gyrus after traumatic brain injury

Artikkeli julkaistiin PlosOne -lehdessä ja sen voi lukea täältä.

PlosOne on niin sanottu open access -lehti, eli se on maksutta kaikkien luettavana. Eli tätä linkkiä on kiva jaella tutuille kun kaikki pääsevät sen näkemään. Ajatteli, että aukaisen tähän artikkelia pääpiirteissään.

Mitä tutkittiin? 

 

Olen ryhmässä, jossa tutkitaan aivovammaa ja sen aiheuttamaa epilepsiaa. Tämä artikkeli lähti siitä, että meillä oli käytössä kaksi analyysia samoista näytteistä, jotka olivat rotan hippokampuksen osasta nimeltään dentate gyrus. Tämä osa on siitä mielenkiintoinen, että aiemmissa tutkimuksissa on huomattu, että sieltä kuolee soluja aivovamman jälkeen. Ensimmäisessä analyysissä oli katsottu, kuinka suuri joukko eri lähetti-RNA-molekyylejä ilmentyi, eli toisin sanoen, mitkä geenit olivat näytteenottohetkellä aktiivisia. Huomatkaa, näyte oli otettu kolme kuukautta aivovamman saannin jälkeen, joten kyseessä on krooniset muutokset (→chronically dysregulated). Toisessa analyysissa katsottiin samoista näytteistä microRNA-molekyylien muuttuminen. MikroRNA:t ovat lyhyitä RNA-molekyylejä, jotka säätelevät geenine ilmentymistä sitoutumalla lähetti-RNA:han ja estämällä sen käytön. Eli vaikka geeni itsessään olisi aktiivinen, mikroRNA saattaa estää sen käytön.  Yksi mikroRNA saattaa säädellä useampien geenien ilmentymistä, joten niillä todellakin voi olla suuri vaikutus solujen toimintaan.

Mitä löytyi?

Kun aivovamman saanieden eläinten näytteitä verrattiin kontorlleihin, joilla ei ollut aivovammaa, saatiin selville joukko geenejä, joiden aktiivisuus oli muuttunut. Viereisessä (ah, niin kauniissa) kuvassa on kromosomit uloimmalla reunalla, muuttuneet lähetti RNA:t vastaavilla kohdillaan sekä muuttuneet mikroRNA:t sisimpänä. Kuvassa punaisella on ne geenit, joiten määrä on lisääntynyt ja sinisellä joiden on vastaavasti vähentynyt.

Vaikka kuva onkin kaunis, siinä on niin paljon informaatiota, että siitä on vaikea sanoa mitään. Siksi analyysia jatkettiin käyttämällä ohjelmia (Ingenuity Pathway Analysis, GSEA, STRING), joilla etsittiin yhteyksiä muuttuneiden geenien välillä. Kävi ilmi, että muuttuneiden geenien joukossa oli joukko samaan reaktioreittiin kuuluvia molekyylejä. Tätä molekyylijoukkoa kutsutaan Notch interaktomiksi "pääproteiinin", Notch1:n mukaan (lisää Notch-proteiineista täältä). Alla olevassa naisellisen punaisessa kuvassa on muutama esiin noussut reaktioreitti, joista suurimpaan loppuartikkeli keskittyy.

Koska tässä tehdään oikeaa tiedettä, ei pelkkä bioinformatiikka riitä. Seuraavaksi näitä tuloksia validoitiin näyttämällä RT-qPCR:n ja ddPCR:n avulla, että Notch1 lähetti-RNA:n määrä on laskenut ja vastaavasti siihen sitoutuvan mikroRNA:n, miR-139:n määrä on laskenut. Notch1 määrän lasku saatiin näytettyä toteen, kuten alla olevasta kuvasta näkee (** tarkoittaa, että tulos on tilastollisesti merkittävä ja oikea 99% tarkkuudella. * on vastaavasti 95% tarkkuus). Valitettavasti ddPCR ei antanut miR-139:lle samaa tilastolllista merkittävyyttä, vaikka ns trendi olikin nähtävissä. Näin käy joskus, aina ei kaikki mene niinkuin haluaisi. Tässä yhteydessä pitääkin pohdiskella eri menetelmien tarkkuutta sekä sitä, mikä on ylipäätään mahdollista osoittaa nykyisillä menetelmillä. Nothc1:n määrän kasvu kuitenkin korreloi miR-139:n määrän laskun kanssa, joten oikeilla jäljillä varmasti oltiin.

Tämäkään ei riitä vielä tiedemaailmalle, joten seuraavaksi astuttiin askel edemmäs, eli katsottiin, miten Notch1-proteiinin määrä oli muuttunut. Tätä varten tehtiin immunohisotlogisia analyysejä eli kyseinen proteiini "merkattiin" aivoleikkeestä vasta-aineella. Tältä ne näyttivät:

Oikeassa artikkelin kuvassa on paljon muutakin, mutta tähän yksikertaisuuden vuoki vain Notch1 värjäys :) Eli ylhäällä vasemmalla on leike kontrollieläimeltä ja oikealla aivovamman saaneelta. Alhaalla on suurennus ylemmän kuvan neliöstä. Notch1-proteiini näkuu tumman ruskeina pisteinä, joita on aivovamman saaneella enemmän.

Mitä jäi käteen?

Niin kutsuttu Notch-signaalireitin aktivoituminen on aiemmin yhdistetty muun muassa synapsien muokkautuvuuteen (synaptic plasticity), aivojen korjausmekanismeihin ja verisuonten muodostumiseen. Vastaavasti reaktioreitin vaimentuminen voidaan yhdistää erilaisiin aivovamman aiheuttamiin haittoihin, kuten epilepsiaan, masennukseen ja muistiongelmiin (lähteet: artikkelissa viitteet numeroilla 61-74). Joten tässä löydettiin taas yksi palapelin palanen oikeaan paikkaan. Kyyninen huomautus: kukaan ei tiedä montako palaa kyseisessä palapelissä on tai mitä kuva esittää, mutta hei, tällaista tiede on.

Tällaista tällä kertaa. Nyt kun saisi vielä oman artikkelin ulos...

-Ninni

Ristipistot - käsitöiden mikroskooppinen harrastus

Koska oma tekele muistuttaa tällä hetkellä lähinnä krapulaista kaalinpäätä (koska akuutti lankavaje iski), niin keräsinpä tähän inspiraatioksi muillekin käsityöintoisille biokemia- ja tiedefaneille sopivia ristipistomalleja. Kuvista suurin osa on Etsystä tai Pinterestistä, erinäisiltä käyttäjiltä.

Helpoimmasta päästä ovat tietenkin erilaiset yksinkertaiset molekyylit ja paljon tekstiä sisältävät mallit. Miten olisi vaikkapa tämä "vain hyviä fiboja"-serotoniinimolekyyli, perinteinen DNA-ketju tai vielä legendaarisempi ristipistotyölausahdus "Home sweet home" biokemistin silmin? Näistä on hyvä aloittaa kun akuutti ristipistointo iskee, koska mallit ovat nopeita toteuttaa etkä tarvitse kymmeniä eri sävyjä samasta väristä.

Mikrobiologiasta kiinnostuneiden iloksi vaikuttaisi siltä, että hyvin suuri joukko erilaisia bakteereja, viruksia, hiivoja ja sieniä on jo saanut ristipistomuotonsa. Etsy on noita ohjeita (ja valmiita tekopakkauksia!) aivan pullollaan joten sieltä vain kaivelemaan! Söpöjäkin ovat ku mitkä.

Lisäksi netistä löytyy valtavasti ristipisto-ohjeita erilaisiin planettoihin ja taivaankappaleisiin liittyen, kymmeniä variaatioita alkuainetaulukosta (tai sen avulla muodostettuja sanoja, esim. kuparin ja telluriumin yhdistelmä CuTe) sekä anatomisesti korrekteja sydämiä ja muita ruumiinosia. 

Mutta yleisesti ottaen olin vähän pettynyt, koska löysin jotenkin todella vähän sellaisia malleja, joista ois tullut heti se tunne, että niitä on pakko päästä tekemään. Ainoa "WOW"-efekti oli mustalle pohjakankaalle monivärisellä langalla tehty hermosolu, josta en ny löydä kuollaksenikaan kuvaa. Kuvitelkaa siis alla oleva malli mustallapohjalla ja sini-violetti-punaisella langalla tehtynä (saattoi siinä ehkä olla vielä jotain kimallettakin mukana, hmm-m...).

Vihdoin jotain kivaa

Koko viime syksy oli aika rankkaa ja viimeisimmät postaukseni ovatkin olleet aika negatiivissävytteisiä. Anyway, tammikuun aikana alkoi pikkuhiljaa tuntua, että alan hieman kotiutua Tukholmaan :)

Vaikka harmitti aika kovasti, kun Tukholman paras kaveri muutti takaisin toiselle puolelle maapalloa, niin on silti tuntunut, että täällä on alkanut olla aika mukavaa. Uskon, että tämä saattaa osittain johtua myös siitä, että näen taas joka päivä auringonvaloa, millä on ihan piristävä vaikutus. Lisäksi olen alkanut jälleen käymään uimassa ja olin unohtanut, miten hauskaa se on. Ei ole tullut juurikaan uitua sitten sen jälkeen kun joskus 12 tai 13 vuotiaana lopetin uintiharrastuksen.

Olin tammi-helmikuun vaihteessa Cambridgessa European Bioinformatics Instituten (EMBL-EBI) järjestämällä Data Visualisation kurssilla, joka kesti viisi päivää. Aihe oli ihan älyttömän mielenkiintoinen ja opin tosi paljon. 

Lensin Englantiin jo aiempana viikonloppuna ja vietin lauantaina ja sunnuntain Lontoossa, jossa minun oli tarkoitus hengailla erään väikkäriopiskelijan kanssa, johon olin vähän tutustunut (nyt kutsuisin jo kaveriksi), mutta nähtiin loppujen lopuksi vain muutaman tunnin ajan, sillä tämän mummo oli kuollut paria päivää aikaisemmin ja hän joutui lähtemään hautajaisiin. Tapasin kuitenkin sitten toisen väikkäriopiskelijan, joka oli tämän aiemmin mainitun työkaveri ja vietettiin hauska päivä Sherlock Holmes museossa ja nähtävyyksiä katsellen.

Hienoa katutaidetta Brick Lanella

Lähdin sunnuntai-iltapäivällä kohti Cambridgea ja huomasin jonkin ajan kuluttua, kun olin odotellut bussia sateessa, että kampus, jossa kurssi järjestettiin oli tosi eristyksissä Cambridgesta, eikä sinne kulkenutkaan joukkoliikennettä sunnuntaisin.  Pääsin loppujen lopuksi perille taksilla ja tapasin muutaman muun kurssilaisen.

Paras kuva ikinä

Oli pakko kokeilla ilmaista suihkumyssyä. Huomatkaa myös Histoni t-paita.

En sen tarkemmin viitsi kopioida kurssin sisältöä, mutta aiheesta kiinnostuneille voin suositella Munzner: Visualization Analysis & Design -kirjaa. Mielelläni suosittelen kurssia myös mikäli se järjestetään myös ensi vuonna erityisesti, jos joku työskentelee bioinformatics tai big data juttujen parissa :)

Terkuin, Henna

P.S: Kevät tulee!!

Genome Campus, Hinxton