Erilaisia ilmaisohjelmia, joista tykkään

Edellisen kevyemmän postauksen jälkeen asiapitoisempaan. Biokemistin työ on harvemmin pelkkää märkälabraa - jotenkin tulokset pitää tulkitakin. Tähän käytetään erilaisia työkaluja. Jotkut niistä ovat maksullisia, mutta yllättäen netti on ilmaisia sovelluksia pullollaan. Osaan pitää syöttää tietoja, osa on tietokantoja, jotka antavat hämmästyttävän määrän tietoa hakusanan perusteella. Tässä lista muutamasta itseäni hyödyttäneestä ohjelmasta:

QuickCalcs

Mikä: Laskuri

Missä: http://graphpad.com/quickcalcs/

Ylläpitäjä: GrahPad Software, Inc

GraphPad:n nimen alla on myös tilastonhallintaohjelma, jolla saa oikein näpsäköitä kuvia aikaan. Tässä on kyseessä kuitenkin selainpohjainen pikalaskija. Alkuvalikko antaa erilaisia vaihtoehtoja:

Itse olen käyttänyt lähinnä Outlier-testiä (Continuous data ->Grubb's test to detect an outlier) , jolla voi arvioida onko labratuloksista jokin epäilyttävän erilainen kuin muut. Tuloksen voi saada p-arvolla 0.05 tai 0.01. Tämä tarkoitaa, että tulos on joko 95% tai 99% varmuudella luotettava.

Brain RNA-Seq

Mikä: tietokanta

Missä: http://web.stanford.edu/group/barres_lab/brain_rnaseq.html

Ylläpitäjä: Stanfordin yliopisto

Brain RNA-Seq on oikeastaan tietokanta, joka on koostettu selvittämällä muutoksia RNA:n määrässä hiiren aivokuoren eri solutyypeissä (artikkeli, jossa tiedot on julkaistu, löytyy täältä). Esimerkiksi, kun sisään syöttää rhodopsiinin eli silmien näköpurppuran geeninimen Rho, saa seuraavanlaista tietoa:

The Human Protein Atlas

Mikä: Tietokanta

Missä: http://www.proteinatlas.org/

Ylläpitäjät: SciLifeLab, Uppsalan yliopisto ja KTH Royal Institute of Technology

Vänkä tietokanta, joka sisältää kuvia kudosnäytteistä. Ideana on kuvien avulla näyttää, mihin proteiinit sijoittuvat kudoksissa, solun sisällä, maljalla kasvatettavissa soluissa tai syöpäsoluissa.

STRING

Mikä: Tietokanta

Missä: http://string-db.org/

Ylläpitäjä: Swiss Institute of Bioinformatics, BBF Center for Protein Reserach ja European Molecular Biology Laboratory

STRING on tietokanta, johon voi laittaa proteiinin nimen ja sivusto koostaa eri lähteistä siihen liittyviä proteiineja ja piirtää verkoston söpöillä pastellinvärisillä palloilla. Jos haluaa olla pro, sivustolta saa ladattua txt-tiedoston, jossa on merkitty mikä on yhteydessä mihinkin ja kuinka vahvasti. Tämän tiedoston voi sitten ladata vaikka Cytoscape-ohjelmaan, jolla saa piirrettyä pelkistetympiä kuvia. Tällaisen verkoston saa rhodopsiini:

Näitä olisi vielä vaikka kuinka! Pitää varmaan tehdä joskus kakkososa :)

-Ninni