Sekaisin(ko?)

Mieliala vaihtelee, gradun kirjoitus takkua ja aika meinaa loppua, ulkona on niiiiiiiiin hirveän nättiä, tekee mieli siivota, voisin nukkua koko päivän... Mieli on sekaisin ku vaatekaappi (kaikki on omissa lokeroissaan, mutta pinot on sekaisin), johtuneeko menkoista vai stressistä vai keväästä - sen kun joku kertois. Siksi päätinki tehä tälläsen sillisalaattipostauksen, missä on vähä kaikkea.

 

Nönönönnööö, paskat tiedemiehet

... kun ette osaa edes proteiinienne rakenteita ratkaista ilman tavallisia kaduntallaajia. Tää alkuepäinen uutinenhan on jo vanha (2011), mutta se tuli taas jossain päin internettiä vastaan, ja viesti oli vähän sellanen "haha, boob scientists". Kyseessä on siis uutinen siitä, kuinka tietokonepelaajat ratkaisivat reesus-apinoilla esiintyvän AIDS:n kaltaisen viruksen proteaasin (pilkkoo muita proteiineja) rakenteen 10 päivässä FoldIt-ohjelman avulla. Rakennetta oli aiemmin yritetty ratkaista tutkijoiden toimesta proteiinikemian keinoin, mutta siinä ei oltu onnistuttu. Asia oli vaan esitetty vähän tutkijoille haistatellen siinä kyseenomaisessa postauksessa (tai sitte mieli on vaan herkällä), mutta kyllä minä mieleni niin kovasti pahoitin (no jaa, en oikeastaan, mutta vähän pisti silmään silti). Tapaus oli siis loistava, mutta postauksen esitystapa vaan oli huono.

Ainahan tieteessä ei mene kaikki kuten Strömsössä. Enemmänkin se on sääntö, että ongelmia ilmaantuu jossain vaiheessa. If it can go wrong, it will go wrong. Tässäkin tapauksessa tutkijat olivat kyllä saaneet ulos raakadataa kyseisen proteaasin rakenteesta (röntgensädediffraktometria-menetelmän avulla), mutta tämän datan käsittely ei oikein onnistunut. Yleensä raakadata käydään läpi tietokoneohjelmalla, joka käyttää raakadatan tietoa luodakseen proteiinista kolmiulotteisen rakennekuvan.  Tätä yritettiin, mutta ei onnistuttu, vaikka samankaltaisia proteaaseja pystyttiin käyttämään mallina. Kyseinen proteaasi on siis entsyymi ja niistä on usein vaikeaa muodostaa rakennekuvia, kun pitää ottaa huomioon n+1 asiaa (ligandin ja substraattien pääsy entsyymin aktiiviseen kohtaan, rakenne-elementtien asettuminen, pH:n vaikutus, vesimolekyylien asettuminen jne jne).

FoldIt on siis ohjelma tai "peli", jonka avulla kuka tahansa voi valita pelin tietokantaan syötetyn proteiinimolekyylin ja muutella sitä (sidoksien pituuksia jne pieniä muutoksia) niin, että rakenteesta tulee mahdollisimman toimiva ja energiatehokas. Tämän tyyppinen optimointi ja kokonaisuuksien hallinta on vaikeaa ja työlästä tehdä tiekoneella. Siksi onkin mahtavaa, että tämä tehtävä on saatu muutettua pelimuotoon, niin moni on pelistä innostunut ja samalla voidaan edistää tiedettä. Thumbs up!

https://fold.it

Linkkejä

Yksi tiedeyhteisön hyviä puolia on kriittisyys. Artikkeleita luetaan, arvostellaan, hehkutetaan, mutta myös vedetään takaisin. Itse asiassa yllättävän usein ja vieläpä huippulehdistä (joissa kritiikin määräkin on kyllä suurempi). Jos tämä puoli kiinnostaa niin kannattaa seurata tälläistä blogia/sivustoa kuin Retraction Watch.

Ryhmätöiden tekemisessä on usein se ongelma, että ei tiedä tekeekö muut mitään tai että tehdyt jutut pitää erikseen sovittaa yhteen. Tähän löytyy ratkaisuksi ainakin Google Drive, jossa voi tehdä kaikkia perusdokumentteja (taulukko, teksti, diaesitys), jakaa niistä linkki muille ryhmäläisille ja muokata dokumentteja yhdessä reaaliajassa netin yli. Ryhmäesitysten teko yhdessä ei oo ikinä ollut näin helppoa. Kunhan siis muutkin oikeasti tekee jotain (eikä saa ryhmäänsä pelkästään lusmuja). Plussaa myös se, että dokumentti on aina saatavilla (kunhan netti löytyy) eikä esitystä voi unohtaa kotiin niinku saattaa käydä jos muistitikulla yrittää tuoda esitystä. 

Tekis mieli lukea tiedejulkaisuja vähän kaikilta tieteenaloilta, mutta ei jaksa lähtä selaamaan yksittäisiä lehtiä läpi joka kuukausi ja Tieteen Kuvalehti menee jo vähän liian populääriksi luettavaksi? Ei hätää, vilkaiseppa sivustolle Science Daily. Sieltä löytyy laaja-alaisesti helppolukuisia artikkeleita, jotka kaikki perustuvat oikeisiin tiedejulkaisuihin ja viitteet on kohillaan!

 

Histoni täyttää vuosia!

Ensi vuosi on siis vuosijuhlavuosi ja oon ihan innoissani, koska tällä kertaa pääsen vieraaksi enkä keittiöön kuten viimeksi (vaikka sekin oli hyvä kokemus). Oon myös innoissani siitä, kun Henu ehdotti/kyseli/mietti aiemmin ruokailun yhteydessä, että pitäskö Histonin järkätä jotain tanssikertausta vujuja varten. Hep! Voin opettaa valssia ja foksia tai pitää ihan vaan yleisiä tanssikertoja, missä soi musiikki ja askelia kerrataan jos on tarve. Kuuntelin jo yhden illan hyviä harjoitusvalssikappaleita :3 Tässä on yksi:

Toinen juttu, mikä vujuista tuli mieleen on, että pitäisikö tehdä sellainen biokemia-teemainen geokätkö? Niitä ei vielä Oulun alueella ole näkynyt ja muutenkin taitavat olla aika harvinaisia. Kyseessä olisi mysteerikätkö eli koordinaatit pitäisi selvittää vaikkapa vastaamalla biokemia-teemaisiin kysymyksiin (esim. mikä on korkein laboratoroiden turvaluokitus) tai lukemalla biokemia-aiheinen tarina. Onko tää ihan tyhmä idea vai käyttiskamaa?!?!?!  

-Gradupaineinen Krista

PS. Kokeilin laittaa tän tekstin ajastimella, katotaan miten käy. EI TOIMINU :/