Ninnin matka tietokonenörtiksi alkaa

Nörttiyden ulkoisia merkkejä. Check.

Viimeisen vuoden aikana minulle on usein iskenyt riittämättömyyden tunne. Tämä ei liity siihen, että minulla menisi töissä jotenkin huonosti tai että olisin hukkumassa töihin. Ei, minusta vain tuntuu siltä että aivojeni kapasiteetti ei yksinkertaisesti riitä siihen mitä haluaisin tehdä. Minulla on käytettävissäni valtava määrä tietoa, mutta ymmärryskykyni ei riitä muodostamaan kokonaiskuvaa siitä. Ainakaan siinä määrin kuin minä haluaisin. Juteltuani työkaverini kanssa päädyimme toteamaan, ettei kenenkään ihmisen pääkoppa riitä siihen mitä yritämme tehdä.

Hieman masentava alustus, vai mitä?

Itse en antanut tämän lannistaa. Pelkkä kynä ja paperi ei ole enää vuosikymmeniin riittänyt. Sitä varten meillä on tietokoneet!  Suomessa olemme siitä onnekkaita, että kenenkään projekti ei ihan heti kaadu laskentatehon puutteeseen. Yliopiston tutkijat saavat käyttää ilmaiseksi CSC:n (ent Center for Scientific Computing, nyttemmin Tieteen tietotekniikan keskus) ylläpitämiä tietokoneklustereita. Lisäksi täällä Kuopiossa on Bioinformatiikkakeskus, jonka palveluista täkäläiset voivat käyttää (ironista kyllä, tätä kirjoittaessa en löytänyt heidän nettisivujaan. Lienevät vielä uudistusten kourissa).

Energiajuomaa. Check.

Joten laskentatehoa löytyy, mutta mitä ajan takaa? Tutkimukseni käsittelee monimutkaisia epigeenettisiä ilmiöitä, jotka aivovamma aiheuttaa aivoissa. Haluan yrittää hahmotaa, miten ulkoinen fyysinen tekijä voi muuttaa aivojen biokemiaa niin että potilaalle alkaa kehittyä ns sekundaarisia vaivoja (kirjoitin niistä aiemmin täällä). Tällä hetkellä voimme havannoida lopputulosta useilla eri menetelmillä, käyttäytymistesteillä, immunohistologialla, MRI kuvantamisella, eri molekulaarisilla emnetelmillä jne, mutta näistä saamme vain hajatietoa.  Minä haluaisin tietää miksi ja miten asioita tapahtuu, mutta tämän hetken taidoillani en kykene seulomaan tästä valtavasta informaationmäärästä sitä olennaista.

Vaikka naivi nuori tutkija olenkin, en sentään usko ratkaisevani tätä kaikkea yksin. Minulle riittää jos pystyisin hahmottamaan edes pienen osan siitä mitä tapahtuu. Tätä varten minun täytyisi kuitenkin hallita tietokoneiden käyttö paremmin kuin nyt.

Ylimäärin näyttöjä. Check.

Joten tuumasta toimeen. Kuluvan kesän tavoiteena on opetella ohjelmoinnin alkeita. Aloitin python-ohjelmointikielestä, koska useat ihmiset vinkkasivat että se on aloittelijaystävällisin. Opettelussa käytän apuna kaverilta saatuja ohjelmointikurssin materiaaleja, sekä sivustoa nimeltään learnpython.org. Jälkimmäinen varsinkin yllätti positiivisest. Ohjelmoinnista on ehkä turhaan tehty hirveä mörkö. Kyllähän tämä vaatii kärsivällisyyttä ja pitkää pinnaa, mutta enköhän minä tämänkin opi! Kesä huipentuu elokuussa järjestettävään Machine Learning -kurssiin, mutta siitä sitten myöhemmin enemmän.

Joten tästä se lähtee.

Hello world!

-Ninni, The Wannabe Nerd