Lingua scientiae

En ole kielitieteilijä, mutta välillä tieteellisten sanojen takaa löytyy hienoja/huonoja tarinoita tai kaukaa haettuja selityksiä. Toisinaan sanan etymologia on täysin päin honkia, mutta sana itsessään on vakiintunut ja jäänyt käyttöön. Kokosin tähän muutamia tieteellisiä sanoja, joihin olen törmännyt vuosien ankaran googlettelun seurauksena.

1. Pipetti (1818)

Ranskankielisestä sanasta pipette, joka taas tulee vanhan ranskan sanasta pipe ja feminiini-diminituuvi suffiksista -ette (esim. kitchen, kitchenette eli tätä suffiksia käytetään kun puhutaan pienestä esineestä tai asiasta). Alkujaan vanhan latinan sanasta "pipa", putki/piippu. Kyseessä on siis kirjaimellisesti pienehkö putki.

2. Vitamiini (1920)

Alkujaan puolalaisen biokemistin Casimir Funkin kehittämä termi (vitamine), joka tulee latinan sanasta vita (elämä) ja englanninkielen sanasta amine (amino-). Tämä siksi, että aluksi vitamiinien ajateltiin olevan elämälle välttämätttömiä yhdisteitä, jotka sisältävät aminohappoja. Myöhemmin todettiin, että eihän näissä mitään aminohappoja ole ja sanan lopun e-kirjain pudotettiin pois (vitamine -> vitamin). Vitamiinien nimeäminen onkin sitten jo aivan oma tarinansa.

3. Proliferaatio (eli erilaistuminen, 1859)

Ranskan sanasta prolifére, tuottaa jälkeläisiä. Alkujaan latinan sanoista proles, jälkeläinen, ja ferre, tuottaa. Eli hyvin perinteinen tie tämän alan sanastoon, ei yllätyksiä tällä saralla.

4. HeLa-solulinja (1951)

HeLa-solulinjan tarina on kohtuullisen karmaiseva ja kuvaa hyvin aikaa ennen eettistä lainsäädäntöä. Kyseinen solulinjahan on siis peräisin Henrietta Lacks-nimiseltä tummaihoiselta naiselta, joka nyt vaan sattui sairastumaan kohdunkaulan syöpään. Myöhemmin hän myös kuoli ko. sairauteen, mutta ei ennenkuin syöpäkasvaimesta oli hänen tietämättään kerätty soluja. Näistä soluista sitten muodostettiin solulinja, joka on nykyään yksi yleisimmin käytetyistä solulinjoista syöpätutkimuksessa - Lähes jokainen syöpää tutkiva ryhmä ympäri maapallon on käyttänyt sitä jossain vaiheessa tutkimustaan.

5. Sytoplasma (eli solulima, 1874)

Kreikan sanoista kytos, ontto/kori, ja plasma, muovattu/tuotettu/tehty. Suomeksi solulima on siis muovattu, ontto tila (miltä se varmaan on ekalla kerralla mikroskoopissa näyttänytkin).

Jokaisella termillä on tarinansa - osalla mielenkiintoisempia ja monimutkaisempia kuin toisilla. Lähes kaikilla tieteen sanoilla on kuitenkin sama perusta - latina. Allekirjoittaneelle tämä on  eriyisen mielenkiintoista, näin kun noita latinan opintoja tuli lukiossa suoritettua.

Mutta eipä muuta tällä erää, seuraavalla kerralla sitten varmaan gradupaineilua (vielä 1,5 kk to go, alakaa jännittää pikkuhiljaa) tai muuta kriiseilyä arkeen liittyen. Vi ses.

Krista

PS. Extrana vielä englanninkielen sana curfew, eli ulkonaliikkumiskielto. Sanan alkuperä on ranskan sanassa  couvre-feu, joka viittaa ajankohtaan, jolloin kynttilät ja katulamput sammutetaan. Siis silloin kuin vielä katulamput toimi öljyllä ja oli erikseen olemassa ammattilainen, joka hoiti näiden lyhtyjen sytyttämisen ja sammuttamisen. 

Viisauden vähennys

Tähän piti tulla sivistävää asiaa aivoista, mutta kuinka ollakaan viime viikolla kävin läpi arkeani häiritsevän operaation, joka häiritsi ajatustyötäni; minulta nimittäin poistettiin kaksi viisaudenhammasta. Tämän seuraukseni olin viikon ajan kykenemätön järjelliseen toimintaan. Korvauksena pyrin valottamaan tuntemuksiani prosessia ennen, sen aikana ja sen jälkeen.

Ennen hampaiden poistoa

Hi-hii, jännää. Kaikkia aina voivottelevat asiaa. Ei kai se niin paljoa satu? Minkä takia ihmisellä muuten on viisaudenhampaita? Oi suuri ja mahtava wikipedia, kerro minulle! *blaah blaah... reikiintymisriski...blaah blaah...* Ok, ei näitä nyt vain on. Edellisellä vierailulla hammaslääkärille otettiin röntgenkuva leuoista, jotta nähdään hampaiden asento. Ei mitään hätää, minun hampaani eivät ole kuten tämä:

(Kuva täältä: http://www.jawdoctor.com/wisdom-teeth-lancaster.php)

Ehei, minun hampaani olivat sievästi juuret supussa ja kivasti rivissä muiden kanssa. Tuttu tiesi kertoa, että viisaudenhampaista voi eristää kantasoluja. Pitäisiköhän pokkana mennä hampaiden kanssa kolkuttelemaan naapurilabran ovea, josko siellä osattaisiin ottaa kantasolut talteen.

Niin hetkonen, mihin niitä viisaudenhampaita tarvitsee? Dunno lol.

Hammaslääkärillä

Kiva lääkäri, kiva hoitaja, eipä tässä mitään. Penisilliiniä? Enpä ole aiemmin syönyt antibiootteja, mutta tässä tilanteessa on varmaan fiksua varoa tulehduksia. Särkylääkeki menee siinä samalla. Vihreä paperisuoja naamalle, teippiä leukaan ja anti mennä. Eihän tämä puuduttaminen satu yhtAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA..isssssssssssssss..ikenet... Onpas hassu tunne kielessä. Heh, kihelmöi. Sitten nitkutetaan hampaita. Hoitaja kertoo juttuja koulutuspäivillä kuulluista asioista. Noin, ylähammas lähti kepeästi. Harmi ettei täältä suojan alta näe mitään, kuulema hampaista jää roikkumaan hermoja. Sitten alahammas. Auts, tuo ei tunnu kivalta.. hetkonen, eihän puudutuksessa pitäisi tuntua mitään. Hey Doc, pistähän lisää. Miten niin pitää porata? Ei minua ikinä ole porattu. Ja hammas pitää saada halki? "Siististi supussa" ei kai automaattisesti olekaan helppo. Kuuluuko sen pitää noin kovaa ääntä? Narsk, sinne meni toinenkin hammas. Muutama tikki ja valmista on. Sitten keskustelua lääkärin kanssa. Kahta sorttia kipulääkkeitä ja kylmäpussi naamalle. Siis hetkonen, pitääkö tämän kanssa lähteä apteekkiin? Oho, poski ei tunne kylmää.

Apteekissa

Hämmästyttävän hyvin pystyy asioimaan sanomatta sanaakaan ja osoittelemalla asioita. Tästä lähin säästän asiakaspalvelijoiden kielenkantimia ja olen aina näin hiljaa. Saan huvittuneita katseita jääpussi naamallani, mutta kun lääkäri käski pitää sitä niin tämä tyttöhän tottelee.

Kotona

Poskea kihelmöi tökittäessä. Juomisesta ei tule mitään. Särkylääke meinaa tarttua kiinni hampaan jättämään kuoppaan. Illalla alkaa järkyttävä jomotus.

1d post operaatio

Leuka ja toinen puoli kielestä edelleen jumissa. Kaveri kirjoittaa irkkiin miten hänen viisaudenhampaansa vain kiskaistiin pois, eikä tuntunut missään. Haista p... Jatkuva leuan jomotus johtaa tunteeseen oksettamisesta. mielenkiintoista. Yhtäkkiä kuumeinen olo. Huomenna lääkäriin hakemaan antibiootteja...

2d post operaatio

...tai sitten ei, kuume laski. Pitäkää bioottinne! >:(

3-5d post operaatio

Särkylääkkeiden vaikutus loppuu kellontarkasti. Saisiko jotain tällaista hyödynnettyä ihmisellä biologisena herätyskellona? Jos vaikka jokin aine aiheuttaisi tietyn ajan päästä vessahädän, johon ihminen herää. Yöllisten herätysten takia nukun päivisin uskomattomia määriä. Syöminen on vaikeaa.

6d post operaatio

Pää hajoaa kivunjyskeeseen leuassa! Tämän piti kestää vain viikon! Huomenna heti aamusta lääkäriin!

7d post operaatio

Peijakas, nukuimpas hyvin. Ja oh-hoh, turvotus on laskenut ja vain pieni vähäpätöinen kipu haittaa keskittymistä. Jaa, taisi YTHS säästyä kiukkuisen Ninnin hyökkäykseltä :) Tikkien pitäisi sulaa itsekseen. Tuo prosessi on aina vähän hämmentänyt. Ei tämä nyt niin kamalaa ollut, eihän? Ja tiedättekö mikä on parasta? Tammikuussa sama toisen puolen hampaille!

Tässä vielä opetusvideota aiheesta:

Vieraskynä: Paheelliset parabeenit

Jo vuosia tietyt kosmetiikkamerkit ovat mainostaneet tuotteiden etiketeissä ”Paraben free”. Tämä on koskenut etenkin apteekin tuotteita, mutta selkeänä trendinä viime aikoina on voinut havaita parabeenittomuuden siirtymisen myös markettien hyllyille. Nyt ollaan siis tilanteessa, että voin periaatteessa kävellä minne tahansa kauppaan ja napata itselleni sen uuden kasvovoiteen, luonnollisesti ja täysin ilman parabeeneja, mikäs sen parempaa! Ei mutta hetkinen.. mitäs ne parabeenit oikein olivatkaan?

Parabeenit ovat säilöntäaineita, joita käytetään ruoissa, juomissa, lääkkeissä ja erityisesti kosmetiikassa. Kemialliselta rakenteeltaan parabeenit ovat homologinen sarja p-hydroksibentsoehapon estereitä, joilla on alkyyliryhmä C-4 asemassa. Parabeenit voidaan luokitella metyyli-, etyyli-, n-propyyli-, isopropyyli-, n-butyyli-, isobutyyli- ja bentsyyliparabeeneihin. Näistä metyyli- ja propyyliparabeeni ovat yleisimmät, ja ne esiintyvät tyypillisesti yhdessä tuotteissa, tavallisia ovat myös yhdistelmät ftalaattien kanssa. Tämän lisäksi parabeenit muodostivat kandiaiheeni, jota onkin tullut hehkutettua ympäriinsä (ehkä jo rasittavissakin määrin). Ja kyllä vain, kandissa on myös mahdollista toteuttaa pinnallista puolta mikäli sellaista löytyy ja kaivella vaikkapa kosmetiikan saloja. Pakko sanoa näin jälkikäteen, ettei hullumpi kurssi!

           http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jat.1358/pdf

Miksi parabeenit sitten ovat niin pahiksia, että niitä tulisi vältellä? Vai onko kosmetiikkajättien parabeenittomuus vain ovela markkinointikikka? Ns. virallisella linjalla parabeenit on luokiteltu turvallisiksi ja Euroopan Kosmetiikkadirektiivissä on erikseen pykälä, mikä sallii kosmetiikkatuotteissa enimmillään 0,4 % konsentraation yhden parabeenin ollessa kyseessä ja 0,8 % konsentraation parabeeniseoksissa. Ja ovathan parabeenit edullisia tuottaa ja omaavat loistavat antimikrobiaaliset ominaisuudet, mikä takaa tuotteen säilymisen käyttökelpoisena mahdollisimman pitkään. Miksi siis luopua hyvästä?

Parabeenit ovat lipofiilisiä ja imeytyvät helposti ihon läpi, parhaiten ihon läpäisee metyyliparabeeni, joka on myös yleisimmin käytetty. Kauan uskottiin, etteivät parabeenit kerry elimistöön, mutta tutkiskellessani artikkeleja selvisi, että lähes kaikissa viimevuosina toteutetuissa tutkimuksissa ympäri maailmaa parabeeneja on löytynyt poikkeuksetta ihmisten virtsasta. Tämä viittaa parabeenien epätäydelliseen hydrolysoitumiseen metaboliitikseen p-hydroksibentsoehapoksi eli niitä jää kuin jääkin elimistöön. Parabeeneilla on todettu olevan estrogeenistä aktiivisuutta, mikä ilmenee niiden kyvyssä sitoutua estrogeenireseptoriin ja vaikuttaa luontaisen estrogeenin tavoin. Liika estrogeeni taas ei ole hyvästä, minkä vuoksi parabeenien kyky matkia estrogeeniä on yhdistetty erilaisiin terveysriskeihin, kuten oksidatiiviseen stressiin sekä syöpäkasvainten syntyyn ja kehittymiseen. Tutkittaessa rintasyöpäkudoksia niistä on löytynyt lähes poikkeuksetta parabeeneja. Useat rintasyövät sijoittuvat rinnan ulommalle yläkvadrantille, jonne myös parabeenia sisältävät deodorantit yltävät, mikä tukee parabeenien osallisuutta rintasyövän synnyssä. Parin viikon ajan syöpätäyteisiin artikkeleihin syventyessä tulikin aika tehokkaasti kuviteltua itselle rintasyöpä. 

Täytyy myöntää, että aiheeseen perehdyttyäni olen hieman sekaisin. Elin vuosia hyväuskoisuudessa kosmetiikan turvallisista ainesosista, minkä vuoksi parabeenicoktailille on tullut altistuttua aika intensiivisesti. Nykyisin tulee automaattisesti lojuttua tuskastuttavan pitkä aika INCI-listojen parissa, mikä ohjailee tehokkaasti ostopäätöksiä. Tuli yksi päivä tutkailtua suihkussakin purnukoitten kylkiä ja sieltähän se trio löytyi: methylparaben, ethylparaben, butylparaben. Toivossa on hyvä elää, että terveyshaitat ovat edes osittain perättömiä, koska kyseisen suihkuaineen väitettiin sopivan erinomaisesti myös vauvojen kylvetykseen! Jokainen vetäköön oman johtopäätöksensä parabeenihypetyksestä, mutta seuraavan kerran kun tämän tytön ostoskoriin tarttuu deodorantti, järkeä tai ei, sans paraben.

-Heta

Kahden kampuksen väliä

Minullakin on alkanut taas biokemiallisempi arki. Opiskelua on takana jo päälle kuukausi maustettuna runsaalla pyöräilyllä. Lämmin syyskuun alku on jo vaihtunut koleaan lokakuuhun. Syksyn ensimmäinen biokemian kurssi tuli ja meni ja nyt kalenteri täyttyykin ruotsin luennoista, itsenäisesti tehtävistä ohjelmointiharjoituksista ja kandin tutkielman alkuun saamisesta (hui).

Ensivaikutelmat Kontinkankaan kampuksesta ovat haaleat. Käytävät ovat tosi valkoisia, kun on tottunut Linnanmaan kampuksen ihaniin Legon värisiin seiniin. Kontinkangas tuntuu myös tosi autiolta verrattuna Linnanmaahan. Linnanmaalla on aina jotain menoa. Vähintään kerran viikossa, joku soittaa musiikkia aulassa ja myy bilelippuja tai sitten siellä tapahtuu jotain muuta, mitä voi jäädä pällistelemään. Kerrankin Soopalaiset (partiolaisia) olivat pystyttäneet keskusaulaan teltan ja hyörivät siellä retkikamppeissa. Ja aina kaikki jutut vain tuntuvat tapahtuvan siellä Linnanmaalla päin.

Erittäin lavastettu kuva. Taustalla Kontinkankaan kiltahuone.

Toisaalta Kontinkankaalla on paljon vähemmän häiriötekijöitä opiskelua ajatellen. Tai no tänään keskittymistä kyllä vaikeutti se, että lääkisopiskelijat keskustelivat ongelmallisista synnytyksistä, joissa olivat ilmeisesti olleet mukana, parin metrin päässä minusta, kun yritin lukea kirjastossa. Kontinkankaan kiltahuonekin (eli Kontu) alkaa pikkuhiljaa tuntua ihan kodikkaalta, vaikka se on vieläkin aika steriili. Se on kuitenkin paljon tilavampi kuin Linnanmaan serkkunsa ja paljon lähempänä luentosaleja.

Kävin tänään kurkkamassa, miltä opiskelijoiden labratilat näyttävät ja hienoahan siellä oli. Harmittaa, etten tajunnut ottaa kuvaa, mutta tilat ja välineet näyttivat paljon paremmilta kuin aiemmin (Vortex Genie 2 vanhan 1:en sijaan!! :D).

Siitä huolimatta, että biokemian opiskelijat joutuvatkin nyt seikkailemaan kahden eri kampuksen välillä, kaikki on sujunut ihan sulavasti. Syyskuun alkupuoli järjestettiin kokonaan Kontinkankaalla, eikä minulla olisi ollut mitään ongelmia osallistua luennoille, jos en olisi pienryhmäohjauksen takia joutunut olemaan Linnanmaalla fuksien kanssa. Nyt taas, kun biokemian kursseja ei tällä hetkellä ole, ja nyt kun kolmosvuosikurssilaiset käyvät vain valinnaisilla kursseilla, myös biokemisteille tarkoitettu ruotsin kurssi järjestetään Linnanmaalla, vaikka se alkoikin Kontinkankaan puolella. Tähän mennessä en siis ole joutunut vaihtamaan kampusta kesken päivän, muuta kuin pienryhmäohjauksen takia. Täytyy kyllä todeta, että sitä 7,5 km:n matkaa edestakaisin pyöräillessä reisilihakset kehittyy...

Vaateliasta tarinointia

Aina silloin tällöin herää keskustelu soveliaasta labrapukeutumisesta. Nyt ei ole kyse niinkään etiketistä ja/tai itsensä paljastelusta, vaan siitä miten on järkevää pukeutua oman turvallisuutensa ja käytännöllisyyden kannalta. Tässä vähän omia mietteitäni asiaan liittyen.

Perusvaatetus

Maanantain asukuva.

Tiistain asukuva.

Yleensä käytän labrassa labratakkia, joka peittää hyvin käsivarret ja kehon, mutta jättää jalat paljaaksi (ainakin osittain). Tästä syystä suosin yleensä peittäviä alaosia, kuten housuja tai hameita paksujen sukkahousujen kanssa. Joskus näkee porukkaa vaikkapa soluviljelyssä paljain säärin vetämässä menemään - ihan hieman pelottaa, että mitäs sitte ku päälle kaatuu vaikka karsinogeeniset formaliinit tai infektiiviset solususpensiot.Yläosan kanssa ei ole niin väliä, kun ne yläraajat on kuitenki siellä takin suojissa piilossa. Eikä sinne labratakin alle mielellään mitään kovin paksua paitaa tai hupparia ota kun kuuma tullee.

Kuvissa pari erilaista labrassa käyttämääni asua. 

Kengät

Mitkä tahansa matalakorkoiset/korottomat, helposti jalkaan menevät ja miellyttäviltä tuntuvat kengät käy. Lähinnä siksi, että jaksaa sen koko pitkän päivän sitte seisoskella/köpötellä pitkin labraa tarvittaessa. Useimmat käyttää crocseja tai muita vastaavia kenkiä. Korot on toki kivoja, mutta jalat väsyy niissä nopeammin ja korot vaan on kuolemaksi kenkäsuojille (taisin jopa ehtiä sisään viruslabraan ennenku suoja hajosi, kun sinne kerran koroissa menin).

        Itellä on käytössä vanhat (ja likaiset, vaikka kuinka steriilisti työskennellään niin kyllä sitä likaaki silti on jossain) oranssit ballerinat, jotka on kevyet ja mukavat jalassa. Saa helposti heitettyä jalasta pois jos vaikka pitää rampata soluviljelyn (erilliset kengät) ja päälabran välillä. Jalkapöytäähän nämä ei toki hirveästi suojaa, mikä olis myös hyvä ominaisuus labrakengille.

Kukkuu.

Kankaat

Kankaalla ei niinkään ole merkitystä hyviä labravaatteita valitessa, korkeintaan muutamissa poikkeustilanteissa. Ainoa asia, joka tulee mieleen on tekokuidut, joista löytyy muutamia (tilannekohtaisia) haittoja:

1. Hengittävyys, ei aina yhtä hyvä kuin luonnonkuiduissa. Jos vaikka joutuu työskentelemään pitkään +37 C kasvatushuoneessa tai laitehuoneessa, jonka laitteet puskee lämmintä ilmaa ulos yötä päivää.

2. Palonarkuus. Harvoin enää nykyään labroissa käytetään liekkiä tai bunsen-poltinta, MUTTA jos sellainen sattuu olemaan ja hiha vähän kärähtää, niin tekokuitukangas palaa aika ilkeästi ihoon kiinni.

3. Sähköisyys. Kyllä se pientä ihmistä ketuttaa kun tekokuitukangas tuottaa hankaussähköä kehoon ja sen takia sähkövaakaan ei voi koskea (lukemat heittää päin mäntyä) tai kevyemmät reagenssit tarttuu hanskoihin :(

Gradupuintia

Moni sukulainen/tuttava on kysynyt, mitä graduni käsittelee. Vastaan tähän yleensä ympäripyöreästi, että tutkin post-traumaattista epilepsiaa eli miksi jotkut ihmiset sairastuvat epilepsiaan esimerkiksi auto-onnettomuuden jälkeen. Tätä seuraa lähes aina jatkokysymys: Mutta mitä sinä käytännössä teet siellä? Koska hätäpäissään keksitty selitys menee autuaasti ohi suurimmalta osalta, koetan nyt aukaista tekniikoita, joita käytämme. Aion oikoa mutkia roimasti, joten biokemistien on sitten turha motkottaa, etten käsitelly kaikkia molekyylikoneistoja. Kirjoitin käymieni kurssien ja tänä kesänä oppimani pohjalta, mutta siltä varalta, että lukija haluaa selvennystä, laitan tekstin sekaan linkkejä (teksti näkyy tumman punaisena), joita klikkaamalla pääsee selventävälle sivulle. Mutta, mutta, näin tämä kutakuinkin menee:

0. Lyhyt teoria

Aloitetaan biokemistien evankeliumilla:

DNA --> RNA --> proteiini

Toisin sanoen geenit koostuvat DNA:sta, joka puolestaan koostuu nukleotideiksi kutsutuista osista. Nukleotideja on neljää erilaista riippuen siitä minkälainen emäsosa niissä on. Emäkset ovat adeniini (A), tymiini (T), sytosiini (C) ja guaniini (G). Vähän niinkuin tietokoneella on 1 ja 0, geeneillä on A, T, C ja G.

Geenit määrittävät mitä me olemme, joten on meille kaikille edullista, että ne ovat turvassa solun tumassa. Koska lähes kaikki elämälle tärkeät prosessit tapahtuvat solun sisällä, mutta tuman ulkopuolella, täytyy geenien tieto jotenkin välittää tuman ulkopuolelle geenejä vaarantamatta. Tähän tulee apuun RNA. Geeni luetaan (älä kysy miten, tila ei riitä) ja sen emäsjärjestys kopioidaan RNA:han. Tämä niin kutsuttu viesti-RNA kuljetetaan tumasta ulos edelleen käytettäväksi. Tuman ulkopuolella viesti-RNA luetaan (tyydy tähän, muista tilanpuute) ja sen emäsjärjestyksen mukaan rakennetaan proteiini siten, että erityinen molekyylikoneisto tulkitsee järjestyksessä kolme ensimmäistä emästä vastaamaan yhtä aminohappoa, seuraavat kolme jotain toista ja näistä rakennetaan pitkä aminohappoketju, eli proteiini.

Tähän väliin huomautan, että ihmisen DNA on kaksijuosteinen. Tämä tarkoittaa, että kaksi pitkää DNA molekyyliä muodostaa tikkaita muistuttavan mallin, jossa kaksi emästä muodostaa tikkaan puolat siten että A ja T ovat aina vierekkäin, samoin C ja G. Tämä rakenne on huomattavasti pysyvämpi kuin yksinäinen juoste. Samalla myös voidaan säädellä geenien käyttöä, sillä lähetti-RNA:n muodostamista varten rakenne on aukaistava (tikkaat "halkaistaan" osittain). Solu osaa säädellä kaksoisrakenteen aukaisua tarpeen mukaan ja tarpeetomat kohdat ovat suljettuina, jotta vältytään virheiltä.

Sitten hypätäänkin lukiotasolta yliopistoon. Kaikki DNA ei johdakaan proteiinin rakentamiseen. Geenien sisään ja niiden väliseen tilaa oon koodattu myös pieniä pätkiä, jotka käännetään kyllä RNA:ksi, mutta ei proteiiniksi. Muutaman välivaiheen jälkeen niistä muodostetaan mikroRNA:ta (miRNA), eli noin 20 nukleotidia pitkiä ketjuja. Näiden molekyylien tehtävänä on toimia säätelijöinä. miRNA sitoutuu tiettyyn lähetti-RNA:han estäen proteiinin tuottamisen.

Miksi tämä on niin mielenkiintoista? Useiden sairauksien yhteydessä on huomattu, että potilaiden elimien miRNA tasot poikkeavat normaalista. Näiden muutosten takana on osittain elimistön yritys korjata tilannetta, mutta toisaalta osa saattaa aiheuttaa taudin oireita. Jos siis saamme selville mitkä miRNA:t aiheuttavat sairastumisen, voimme yrittää estää niiden toiminnan ja parantaa siten sairauden.

1. RNA eristys

Kyllä, me käytämme koe-eläimiä. Aivotutkimuksessa käytetään paljon rottia ja hiiriä. Minun käyttämäni näytteet ovat rotista. Halukkaat saavat  rauhassa pahoittaa mielensä, kerron oman mielipiteeni jossain tulevassa avautumispostauksessa.

Kudos X suljetaan koeputkeen ja solut hajotetaan liuottamalla ja ravistelemalla, jolloin niiden sisältö vapautuu nesteeseen. Käytän eristykseen hivenen muokattua kloroformiuuttoa. Perusidea on, että näytteeseen lisätään kloroformia, ravistellaan ja erotetaan sentrifuugilla (kone pyörittää näytettä ja eri nesteet kerrostuvat tiheytensä perusteella). Tässä tapauksessa erottuu kolme kerrosta: ylimpänä on vesifaasi, johon vesilliukoinen DNA ja RNA jää. Keskellä on valkoisena saostumana proteiinit ja alimpana kloroformi ja kaikki loput solun ainesosat. Tästä on helppo vakaalla kädellä pipetoida ylin kerros toiseen putkeen. Tästä eteenpäin käytän ns. valmiskittiä. Toisin sanoen tietyt yritykset myyvät välineitä mm RNA:n eristykseen. Nämä välineet ovat yleensä tehokkaampia kuin perinteinen eristys ja lopputulos on puhtaampi. En halua kummemmin mainostaa mitään tuotetta, joten kerron yleisperiaateena, että RNA:ta puhdistetaan etanolilla ja sentrifugoidaan pienen siivilän avulla niin että lopputuloksena on puhdasta RNA:ta. 

2. cDNA synteesi

Seuraavaksi RNA käännetään DNA:ksi. Miksikö? Koska seuraavat tekniikat sitä vaativat ja samalla saamme eroteltua halutun miRNA.n erilleen. Käytännössä tämä tapahtuu sekoittamalla keskenään osan näytettä, alukkeita, satunnaisia nukleotideja ja erityisiä entsyymejä. Tämä seos laitetaan PCR-laitteeseen. PCR-laite on vähän niinkuin ajastimella toimiva munankeitin; laite osaa lämmittää ja jäähdyttää näytettä halutuin aikavälein. Tämä on olennaista, sillä eri lämpötiloilla säädellään synteesin eri vaiheiden kulkua. Lämpötilat ja aikavälit vaihtelevat riippuen käytettävistä kemikaaleista ja alukkeiden valmistajan ohjeista. Karkeasti voi sanoa, että lämpötilan nosto aukaisee juosteen, lasku auttaa liittämään ne yhteen.

Ensimmäiseksi kaksoisjuoste aukaistaan ja alukkeet kiinnitetään. Aluke on pieni pätkä DNA:ta, joka kiinnittyy tiettyyn, vastaavaan kohtaan RNA:ta. Alukkeita on kaksi ja ne rajaavat halutun osan molekyylistä. Tässä tapauksessa ne kiinnittyvät halutun mikroRNA.n molempiin päihin.

Käänteiskopioijaentsyymii tunnistaa alukkeet ja alkaa rakentaa miRNA:lle paria, aivan kuten DNA:ssa. Lopputuloksena on kaksi yhteenkiinnittynyttä molekyyliä, joista  toinen on haluttu puolisko miRNA:sta käännettynä DNA:ksi

3. qPCR

qPCR eli quantitative PCR eli "määrällinen" PCR mittaa molekyylien määrää. Tätä voi käyttää esimerkiksi sairaan ja normaalin kudoksen erojen selvittämiseen. Laite monistaa uudelleen DNA:ta uusilla alukkeilla. Tällä kertaa kone mukana on fluoresoivaa väriainetta. Jokaisella "kierroksella", kun syntyy uusia DNA-molekyylejä, fluoresenssin määrä muuttuu ja kone rekisteröi muutoksen. Ajamalla ensin standardisuoran, johon laittaa tietystä määrästä DNA:ta tehdyn laimennossarjan, voidaan päätellä tuntemattoman näytteen konsentraation.

4. Tulosten analysointi, reaktioreitit, tilastolliset testit

Tässähän pitää tietää, ettei mikään elämässä ole yksinkertaista. Pätee myös biokemiassa. Yksi ainoa mikroRNA saattaa vaikuttaa satoihin proteiineihin. Jotta saisin selville mihin tällä hetkellä tutkittavana oleva molekyyli vaikuttaa, täytyy minun saada käsiini valtava määrä tietoa kyseisen miRNA:n kanssa yhtä aikaa ilmestyvistä geeneistä, eri reaktioreiteistä, taudeista, jotka saattaisivat liittyä tähän ynnä muuta ynnä muuta.  Lisäksi tietenkin saatujen tulosten täytyy olla tilastollisesti merkittäviä ennen kuin niistä voi vetää johtopäätöksiä. Yleisimmin käytettyjä tilastollisia testejä on Studentin t-testi.

Tiede onkin yhä enenemässä määrin tilastotiedettä ja tietokoneanalyysejä. Lisäksi on olemassa useita tietokantoja, joihin syötetään tutkimustuloksia kaikkien nähtäväksi ja käytettäväksi. Olen vielä jumissa edellisessä vaiheessa, mutta eiköhän tästäkin asiasta tule kirjoitettua seuraavien kuukausien aikana.

Huh-huh, kylläpäs tämä venähti. Tästä lähtien ohjaan kaikki utelijat lukemaan tätä blogia. Pitäisiköhän painattaa käyntikortteja, jossa on blogin osoite?

-Ninni

PROfessionals

Kaikki tämän blogin vakiokirjoittajat ovat tai ovat olleet tai pienryhmäohjaajia (lyhennettynä PROt eli siis parhaat). Pienryhmäohjaaja on juurikin se hämärä tyyppi, joka ohjaa pienet fuksit (= yliopiston ekaluokkalaiset) sisään yliopisto-opiskelun saloihin eli vastaa vaikkapa kysymyksiin "missä on opintotoimisto?", "miten ilmoittaudun kursseille?" tai "voiko ruokaillessa ottaa enemmän kuin yhden palan leipää?". 
        Tässä hommassa on havaittavissa myös tietty jatkumo (you'll see). Memmun ehdotuksesta (kiitos!) sitten päätettin kasata tälläinen yhteisteksti, jossa jokainen muistelee/pohtii omaa PRO-aikaansa.

Krista

Tässähän täytyy nyt tietää, että olen ollut PRO:na kaksi peräkkäistä vuotta ja senkin jälkeen vielä vara-PROna. "Ammattitaito" on siis rautaisa (tai ainakin kuparinen) ja kokemusta sekä mielipiteitä on yli oman tarpeen ja muiden sietokyvyn. Myös tämä teksti on pitkä kuin linnanjuhlien kutsuvierasluettelo.

Ninni on päässyt näkemään minut silloin kun olin vielä aloitteleva PRO. Sisäisesti etsin vielä toimivaa ohjaustapaa, mutta yritin kyllä vakuuttaa pienille fukseille olevani kaikkivoipa ja -tietävä kansalliseepos, jolta saa kysyä niitä kuuluisia typeriä kysymyksiäkin. En tiedä kuinka onnistuin, mutta hyvää palautetta sain eikä kovin moni fuksi ainakaan jäänyt pois kyydistä (Yhtä lukuunottamatta. Kuulemma pienryhmäohjausta ei kannattanut hänen mielestään käydä, koska siitä ei saa tarpeeksi opintopisteitä... Hei haloo, olisikohan siinä PRO:ssa jokin muu tärkeämpää kuin nopat? Vieläkin puistattaa koko muisto...).

Muutamien yksittäisten muistojen lisäksi ekasta PRO-vuosikerrastani muistan parhaiten pienryhmäni koon - 12 henkeä! Ihan älytön määrä ihmisiä ohjattavaksi, nimiä opeteltavaksi jne. Ja minä sain vielä porukan molemmat ja ainoat Niinat (opin muistamaan teidän sukunimet oikein päin vasta hallitusvuonna, anteeksi vaan). Katkeruus maksimus. No ei, mukavan haastavaa, mutta silti palkitsevaa oli. All in all, sen verran hyvä mieli jäi, että lähdin mukaan myös tulevana vuonna.

Seuraava vuosi menikin sitten jo vahvalla rutiinilla, varsinkin ku ryhmän koko oli tippunut puoleen - vain vaivaiset 6 henkeä. Jotenkin koin pienemmän ryhmäkoon paremmaksi, jopa intiimimmäksi, vaikka edellisenä vuonna saatiinkin enemmän kysymyksiä ja parempaa keskustelua aikaan useamman ihmisen voimin (vai olinko vain kehittynyt PRO:na ja osasin vastata kysymyksiin ennenkuin niitä edes esitettiin?). Tämän vuoden ihmemuisto: Muistan kun yksi fuksipalleroisistani kysyi harrastanko jotain urheilua ku on tuollaiset habat. Häh, joku huomas, että minussa on jotain lihastakin?! Jee!

VaraPRO-vuosi on helppo kiteyttää näin: Tehkää niinkuin minä sanon, eikä niinkuin minä tein. Pari kertaa pääsin myös ohjaamaankin, eli kai minusta jotain käytännön hyötyäkin sitten oli.

Yleisesti ottaen suosittelen PRO:ksi lähtemistä. Aivan kultaisen kokemuksen lisäksi ko. hommastahan saa pientä korvausta, mikä ei sekään mene hukkaan nykyisellä opintotuella. Lisäksi esiintymiskokemusta karttuu, oppii tuntemaan uudet uhr...fuksit ekana ja oppii organisoimaan (sekä aikatauluja että ohjauskertoja).

Ninni

Tänä syksynä pyörähti käyntiin viides opiskeluvuosi, joten muistot ensimmäisestä vuodesta alkavat vähän hämärtyä. Muistan, että pienryhmässäni oli paljon ihmisiä, joista yhdellä oli sama nimi kuin minulla, yhdestä en kuullut ensimäisen päivän jälkeen mitään ja yksi oli diplomi-insinööri. Nolottaa vähän, mutta muiden henkilöllisyydet piti tarkistaa "luokkakuvastamme". Pienryhmänohjaaja jäi huomattavasti paremmin mieleen.

Minulla kävi tuuri saadessani pienryhmänohjaajakseni Kristan. Ei sillä, muutkin ohjaajat olivat hyviä, mutta Krista on hyvin samanhenkinen kuin itse olen. Elävimmin jäi mieleen hehkutus karpaloista ja viimeisellä ohjauskerralla tarjoiltu chilisuklaakakku. Ja kuten yläpuolen ja alapuolen kirjoittajat, minäkin toimin myöhemmin ohjaajana.. Herran vuonna 2012 sain ohjattavakseni kuusi pelokasta fuksia, joista (ylläripylläri) yksi oli Henna. Henna erottui muista, koska tulevan järjestöaktiivin haistaa jo kaukaa.

Päätin hakea ohjaajaksi vähän ex tempore, mutta ratkaisu tuntui heti oikealta. Olen lähtöisin isosta perheestä, joten useamman ihmisen kaitseminen/huomioonottaminen yhtä aikaa ei tuntunut erityisen hankalalta. Ohjauksen ohjenuorana käytin kahta periaatetta: 1. Jos en osaa jotain, sanon sen suoraan, 2. Oletusarvoisesti kaikki biokemistit ovat maailman parhaita ihmisiä. Toimin seuraavana vuonna varaohjaajana, mutta eipä minua paljoa silloin tarvittu (Hyvä pojat!).

Kummastakaan pienryhmästä ei tullut erillista, yhtenäistä porukkaa, varmaankin koska sellainen eriytyminen vähän sotii Histonin yleistä henkeä vastaan. Miksi nysvätä pienessä ryhmässä, kun voi pitää hauskaa koko killan voimin? Vasta muutettuani pois Oulusta olen tajunnut, kuinka valtavan kaveripiirin biokemistit muodostivatkaan. Aina oli joku lähdössä seuraksi syömään, aina oli joku soittamassa huonoa musiikkia kilttiksellä. Eikä koskaan ollut niin tökeröä keskustelunavausta, etteikö joku siihen olisi tarttunut. Sinä pieni fuksi siellä: nauti fuksiudesta. Olet kaikkien mielestä uusi ja jännä, joten nyt on helpointa tutustua myös vanhempiin opiskelijoihin.

 

Henna

Kävi nyt sitten niin, että minustakin tuli PRO. Vielä alkukeväästä ajattelin, etten nyt ota mitään extrahommaa ja huolehdin vain näistä velvollisuuksista, jotka olen jo haalinut itselleni, mutta toisin kävi. Olen toiminut fuksien kaitsijana nyt vasta pari viikkoa, joten osaan antaa ainoastaan ensivaikutelmat siitä, millaista tämä on ollut.

Kun olin itse Ninnin fuksipienokainen (ja Kristan varapienokainen), kaikki näytti ainakin fuksin silmissä sujuvan helpommin. Olimme pieni ryhmä, vain 6 fuksia. Oli tosi matala kynnys kysyä asioista. Varsinkin ensimmäisenä opiskeluvuonna pienryhmäohjaajat oli mulle jonkinlaisia esikuvia, Niinassa ja muissakin pienryhmäohjaajissa on paljon asioita, joita ihailen edelleen ja tuntuu nyt tosi omituiselta olla (ehkä) samassa asemassa jollekin toiselle. En oikeastaan hirveästi muista PRO-kerroista mitään. Lähinnä sen, että ne olivat tosi sujuvia. En tajua, miten Ninni onnistui vetämään kaiken niin hyvin.

Olin tavallaan ajatellut vielä itseäni vähän fuksina. En jotenkin voi uskoa, että tämä on jo kolmas opiskeluvuosi. Kuvittelin, että en ainakaan käyttäisi pienryhmäohjauksessa sellaista sanastoa, mitä uudet opiskelijat ei ymmärrä, mutta heti ensimmäisenä päivänä aloin puhumaan prujuista, selittämättä ensin mitä ne ovat. Tajusin onneksi kysyä, että olinko selittänyt sitä sanaa. Asiat ei muutenkaan ole sujuneet ehkä ihan niin jouhevasti kuin etukäteen kuvittelin. Ajattelin, että 11 opiskelijaa ei paljoa eroa 6:sta, mutta se viisi lisää on aika paljon. Joudun ihan tosissani miettimään mihin 12 ihmistä mahtuu, niin että keskustelu kaikkien välillä on mahdollista. Ohjaamista vaikeuttaa myös se, että omat luentoni ovat toisella puolen Oulua kuin fuksien. Tähän mennessä ohjauskertani ovat ehkä vähän enemmän minun luennointiani kuin mitä toivoisin. Ongelma tässä tyylissä on myös se, että kärsin ehkä hienoisesta esiintymiskammosta. Korvaan tämän opetuksen mahdollisen sekavuuden sillä, että lähettelen fukseille romaanin mittaisia maileja, jossa kertaan asiat.

Yllättäen minun fuksini eivät ole ollenkaan niin pelokkaan oloisia kuin minun pienryhmäni silloin parin vuoden takaa. Ainakin ne vaikuttavat paljon rohkeammilta kuin mitä itse olin (tai sitten vain peittävät hermostuneisuuden hyvin). Toivon kovasti, että olen tälle jalolle fuksivuosikerralle helposti lähestyttävä hahmo, jolta saa aina tulla kysymään, vaikka minua ei näekkään joka päivä.

Tässä ja tulevissa lukuvuosissa minua huolestuttaa se pysyvätkö Histonit edelleen yhtä tiiviinä porukkana. Yritän tehdä parhaani, että fuksit tutustuisivat myös vanhempiin opiskelijoihin eri kampuksilla olosta huolimatta, mutta saa nähdä miten käy. Tällä hetkellä näyttää vielä ihan hyvältä, mutta toisaalta en ole oikein päässyt näkemän pikkuisiani ohjauskertojen ulkopuolella, joten paha sanoa mitään. Ainakin olen saannut ne innostettua mukaan syksyn ekoihin tapahtumiin.