Miten teepuuöljy liittyy mikrobiologiaan?

Mulla oli vielä eilen hirveä paniikki sen kanssa, mistä aion kirjoittaa. Olen ollut aika kiireinen opintojen kanssa, joten tämä kirjoittaminen jäi tosi viime tippaan. Memmu oli onneksi pelastava enkeli ja ehdotti, että kirjoittaisin teepuuöljystä.

Teepuuöljyllä (Tea tree oil) ei ole oikeasti mitään tekemistä teen kanssa. Teepuuöljyä saadaan tislattua Melaleuca alternifolia -nimisestä myrttikasvista, jota kasvaa Australiassa. Aborginaalit ovat käyttäneet teepuuöljyn lehtiä haavojen ja palovammojen hoitoon jo tuhansia vuosia sitten. 1920-luvulla australialaiset lääkärit desinfioivat haavoja öljyllä. Sillä myös yritettiin estää leikkauksen jälkeiset tartunnat. [1]

Terpiini-4-oli [3]. Teepuuöljy sisältää 30-48 % tätä. [2]

 Tällaisen hyvin paljon luontaistuotekaupan mainoslehtisen tuotekuvaushenkisen aloituksen jälkeen herääkin sitten kysymys: toimiiko se oikeasti? Teepuuöljylle ei ole ilmeisestikkään tehty tarpeeksi kliinisiä tutkimuksia (tai ei ollut ainakaan vielä vuonna 2011 enkä sen jälkeen äkkiseltään löytänyt mitään), jotta se voitaisiin luokitella lääkkeeksi, mutta sitä kuitenkin käytetään esimerkiksi finnien, haavaumien ja flunssan hoitoon. [2]

Teepuuöljyn ja sen ainesosien vaikutusta bakteereihin on kuitenkin tutkittu laboratoriossa, esimerkiksi käytettäessä yhdessä antibioottien kanssa. Australialaisissa yliopistoissa tehtiin koe, jossa käytettiin Staphylococcus aureus (ruokamyrkytysbakteeri) -, Escherichia coli (ulostebakteeri) - ja Staphylococcus epidermidis (eräs ihmisen iholla normaalisti elävä bakteeri) -bakteereja, antibiootteja ja teepuuöljyä. [4]

Tutkimus tehtiin, koska bakteerit kehittävät yleensä melko nopeasti resistenssin antibiooteille (eli ne eivät enää kuole tai lakkaa lisääntymästä, vaikka antibioottia olisikin niiden ympäristössä) ja haluttiin nähdä voitaisiinko teepuuöljyä käyttää bakterien tappamiseen tai desinfiointiin. Tutkimuksessa kokeiltiin myös yhdistää teepuuöljyn ja eri antibioottien käyttö ja tutkimuksessa todettiin, ettei teepuuöljyn tai terpiini-4-olilla oli vaikutusta antibioottiresistenssin syntyyn. Tutkimuksessa todetaan, ettei teepuuöljyn yleistyvällä käytöllä pitäisi olla haittaa antibioottiresistenssin syntymisessä. Joissain tapauksissa tarvittava antibiootin määrä väheni, kun teepuuöljyä käytettiin yhdessä sen kanssa.[4] Kuitenkin uudemmassa tutkimuksessa tältä vuodelta todetaan, että on saatu ristiriitaisia tuloksia resistenssin kehittymistä teepuuöljystä. Suurin osa tutkimuksista kuitenkin puoltaa sitä, että teepuuöljyn käyttö ei vaikuta resistenssin kehittymiseen. Jälkimmäisessä tutkimuksessa myös povataan, että kasveista eristettyjä öljyjä (siis muitakin kuin teepuuöljyä) voitaisiin tulevaisuudessa käyttää yhdessä antibioottien kanssa, jos keksitään hyvä tapa yhdistää ne lääkkeksi. [5]

[1]http://www.cancer.org/treatment/treatmentsandsideeffects/complementaryandalternativemedicine/herbsvitaminsandminerals/tea-tree-oil

[2] http://ec.europa.eu/health/ph_risk/committees/04_sccp/docs/sccp_o_160.pdf

[3] http://en.wikipedia.org/wiki/Terpinen-4-ol

[4] http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3264233/

[5] http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3950955/ 

P.S: Loppukevennyksenä tällainen tosi hassu video, jonka kuvasin labrassa. Top quality.

Lingua scientiae

En ole kielitieteilijä, mutta välillä tieteellisten sanojen takaa löytyy hienoja/huonoja tarinoita tai kaukaa haettuja selityksiä. Toisinaan sanan etymologia on täysin päin honkia, mutta sana itsessään on vakiintunut ja jäänyt käyttöön. Kokosin tähän muutamia tieteellisiä sanoja, joihin olen törmännyt vuosien ankaran googlettelun seurauksena.

1. Pipetti (1818)

Ranskankielisestä sanasta pipette, joka taas tulee vanhan ranskan sanasta pipe ja feminiini-diminituuvi suffiksista -ette (esim. kitchen, kitchenette eli tätä suffiksia käytetään kun puhutaan pienestä esineestä tai asiasta). Alkujaan vanhan latinan sanasta "pipa", putki/piippu. Kyseessä on siis kirjaimellisesti pienehkö putki.

2. Vitamiini (1920)

Alkujaan puolalaisen biokemistin Casimir Funkin kehittämä termi (vitamine), joka tulee latinan sanasta vita (elämä) ja englanninkielen sanasta amine (amino-). Tämä siksi, että aluksi vitamiinien ajateltiin olevan elämälle välttämätttömiä yhdisteitä, jotka sisältävät aminohappoja. Myöhemmin todettiin, että eihän näissä mitään aminohappoja ole ja sanan lopun e-kirjain pudotettiin pois (vitamine -> vitamin). Vitamiinien nimeäminen onkin sitten jo aivan oma tarinansa.

3. Proliferaatio (eli erilaistuminen, 1859)

Ranskan sanasta prolifére, tuottaa jälkeläisiä. Alkujaan latinan sanoista proles, jälkeläinen, ja ferre, tuottaa. Eli hyvin perinteinen tie tämän alan sanastoon, ei yllätyksiä tällä saralla.

4. HeLa-solulinja (1951)

HeLa-solulinjan tarina on kohtuullisen karmaiseva ja kuvaa hyvin aikaa ennen eettistä lainsäädäntöä. Kyseinen solulinjahan on siis peräisin Henrietta Lacks-nimiseltä tummaihoiselta naiselta, joka nyt vaan sattui sairastumaan kohdunkaulan syöpään. Myöhemmin hän myös kuoli ko. sairauteen, mutta ei ennenkuin syöpäkasvaimesta oli hänen tietämättään kerätty soluja. Näistä soluista sitten muodostettiin solulinja, joka on nykyään yksi yleisimmin käytetyistä solulinjoista syöpätutkimuksessa - Lähes jokainen syöpää tutkiva ryhmä ympäri maapallon on käyttänyt sitä jossain vaiheessa tutkimustaan.

5. Sytoplasma (eli solulima, 1874)

Kreikan sanoista kytos, ontto/kori, ja plasma, muovattu/tuotettu/tehty. Suomeksi solulima on siis muovattu, ontto tila (miltä se varmaan on ekalla kerralla mikroskoopissa näyttänytkin).

Jokaisella termillä on tarinansa - osalla mielenkiintoisempia ja monimutkaisempia kuin toisilla. Lähes kaikilla tieteen sanoilla on kuitenkin sama perusta - latina. Allekirjoittaneelle tämä on  eriyisen mielenkiintoista, näin kun noita latinan opintoja tuli lukiossa suoritettua.

Mutta eipä muuta tällä erää, seuraavalla kerralla sitten varmaan gradupaineilua (vielä 1,5 kk to go, alakaa jännittää pikkuhiljaa) tai muuta kriiseilyä arkeen liittyen. Vi ses.

Krista

PS. Extrana vielä englanninkielen sana curfew, eli ulkonaliikkumiskielto. Sanan alkuperä on ranskan sanassa  couvre-feu, joka viittaa ajankohtaan, jolloin kynttilät ja katulamput sammutetaan. Siis silloin kuin vielä katulamput toimi öljyllä ja oli erikseen olemassa ammattilainen, joka hoiti näiden lyhtyjen sytyttämisen ja sammuttamisen. 

Viisauden vähennys

Tähän piti tulla sivistävää asiaa aivoista, mutta kuinka ollakaan viime viikolla kävin läpi arkeani häiritsevän operaation, joka häiritsi ajatustyötäni; minulta nimittäin poistettiin kaksi viisaudenhammasta. Tämän seuraukseni olin viikon ajan kykenemätön järjelliseen toimintaan. Korvauksena pyrin valottamaan tuntemuksiani prosessia ennen, sen aikana ja sen jälkeen.

Ennen hampaiden poistoa

Hi-hii, jännää. Kaikkia aina voivottelevat asiaa. Ei kai se niin paljoa satu? Minkä takia ihmisellä muuten on viisaudenhampaita? Oi suuri ja mahtava wikipedia, kerro minulle! *blaah blaah... reikiintymisriski...blaah blaah...* Ok, ei näitä nyt vain on. Edellisellä vierailulla hammaslääkärille otettiin röntgenkuva leuoista, jotta nähdään hampaiden asento. Ei mitään hätää, minun hampaani eivät ole kuten tämä:

(Kuva täältä: http://www.jawdoctor.com/wisdom-teeth-lancaster.php)

Ehei, minun hampaani olivat sievästi juuret supussa ja kivasti rivissä muiden kanssa. Tuttu tiesi kertoa, että viisaudenhampaista voi eristää kantasoluja. Pitäisiköhän pokkana mennä hampaiden kanssa kolkuttelemaan naapurilabran ovea, josko siellä osattaisiin ottaa kantasolut talteen.

Niin hetkonen, mihin niitä viisaudenhampaita tarvitsee? Dunno lol.

Hammaslääkärillä

Kiva lääkäri, kiva hoitaja, eipä tässä mitään. Penisilliiniä? Enpä ole aiemmin syönyt antibiootteja, mutta tässä tilanteessa on varmaan fiksua varoa tulehduksia. Särkylääkeki menee siinä samalla. Vihreä paperisuoja naamalle, teippiä leukaan ja anti mennä. Eihän tämä puuduttaminen satu yhtAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA..isssssssssssssss..ikenet... Onpas hassu tunne kielessä. Heh, kihelmöi. Sitten nitkutetaan hampaita. Hoitaja kertoo juttuja koulutuspäivillä kuulluista asioista. Noin, ylähammas lähti kepeästi. Harmi ettei täältä suojan alta näe mitään, kuulema hampaista jää roikkumaan hermoja. Sitten alahammas. Auts, tuo ei tunnu kivalta.. hetkonen, eihän puudutuksessa pitäisi tuntua mitään. Hey Doc, pistähän lisää. Miten niin pitää porata? Ei minua ikinä ole porattu. Ja hammas pitää saada halki? "Siististi supussa" ei kai automaattisesti olekaan helppo. Kuuluuko sen pitää noin kovaa ääntä? Narsk, sinne meni toinenkin hammas. Muutama tikki ja valmista on. Sitten keskustelua lääkärin kanssa. Kahta sorttia kipulääkkeitä ja kylmäpussi naamalle. Siis hetkonen, pitääkö tämän kanssa lähteä apteekkiin? Oho, poski ei tunne kylmää.

Apteekissa

Hämmästyttävän hyvin pystyy asioimaan sanomatta sanaakaan ja osoittelemalla asioita. Tästä lähin säästän asiakaspalvelijoiden kielenkantimia ja olen aina näin hiljaa. Saan huvittuneita katseita jääpussi naamallani, mutta kun lääkäri käski pitää sitä niin tämä tyttöhän tottelee.

Kotona

Poskea kihelmöi tökittäessä. Juomisesta ei tule mitään. Särkylääke meinaa tarttua kiinni hampaan jättämään kuoppaan. Illalla alkaa järkyttävä jomotus.

1d post operaatio

Leuka ja toinen puoli kielestä edelleen jumissa. Kaveri kirjoittaa irkkiin miten hänen viisaudenhampaansa vain kiskaistiin pois, eikä tuntunut missään. Haista p... Jatkuva leuan jomotus johtaa tunteeseen oksettamisesta. mielenkiintoista. Yhtäkkiä kuumeinen olo. Huomenna lääkäriin hakemaan antibiootteja...

2d post operaatio

...tai sitten ei, kuume laski. Pitäkää bioottinne! >:(

3-5d post operaatio

Särkylääkkeiden vaikutus loppuu kellontarkasti. Saisiko jotain tällaista hyödynnettyä ihmisellä biologisena herätyskellona? Jos vaikka jokin aine aiheuttaisi tietyn ajan päästä vessahädän, johon ihminen herää. Yöllisten herätysten takia nukun päivisin uskomattomia määriä. Syöminen on vaikeaa.

6d post operaatio

Pää hajoaa kivunjyskeeseen leuassa! Tämän piti kestää vain viikon! Huomenna heti aamusta lääkäriin!

7d post operaatio

Peijakas, nukuimpas hyvin. Ja oh-hoh, turvotus on laskenut ja vain pieni vähäpätöinen kipu haittaa keskittymistä. Jaa, taisi YTHS säästyä kiukkuisen Ninnin hyökkäykseltä :) Tikkien pitäisi sulaa itsekseen. Tuo prosessi on aina vähän hämmentänyt. Ei tämä nyt niin kamalaa ollut, eihän? Ja tiedättekö mikä on parasta? Tammikuussa sama toisen puolen hampaille!

Tässä vielä opetusvideota aiheesta:

Vieraskynä: Paheelliset parabeenit

Jo vuosia tietyt kosmetiikkamerkit ovat mainostaneet tuotteiden etiketeissä ”Paraben free”. Tämä on koskenut etenkin apteekin tuotteita, mutta selkeänä trendinä viime aikoina on voinut havaita parabeenittomuuden siirtymisen myös markettien hyllyille. Nyt ollaan siis tilanteessa, että voin periaatteessa kävellä minne tahansa kauppaan ja napata itselleni sen uuden kasvovoiteen, luonnollisesti ja täysin ilman parabeeneja, mikäs sen parempaa! Ei mutta hetkinen.. mitäs ne parabeenit oikein olivatkaan?

Parabeenit ovat säilöntäaineita, joita käytetään ruoissa, juomissa, lääkkeissä ja erityisesti kosmetiikassa. Kemialliselta rakenteeltaan parabeenit ovat homologinen sarja p-hydroksibentsoehapon estereitä, joilla on alkyyliryhmä C-4 asemassa. Parabeenit voidaan luokitella metyyli-, etyyli-, n-propyyli-, isopropyyli-, n-butyyli-, isobutyyli- ja bentsyyliparabeeneihin. Näistä metyyli- ja propyyliparabeeni ovat yleisimmät, ja ne esiintyvät tyypillisesti yhdessä tuotteissa, tavallisia ovat myös yhdistelmät ftalaattien kanssa. Tämän lisäksi parabeenit muodostivat kandiaiheeni, jota onkin tullut hehkutettua ympäriinsä (ehkä jo rasittavissakin määrin). Ja kyllä vain, kandissa on myös mahdollista toteuttaa pinnallista puolta mikäli sellaista löytyy ja kaivella vaikkapa kosmetiikan saloja. Pakko sanoa näin jälkikäteen, ettei hullumpi kurssi!

           http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jat.1358/pdf

Miksi parabeenit sitten ovat niin pahiksia, että niitä tulisi vältellä? Vai onko kosmetiikkajättien parabeenittomuus vain ovela markkinointikikka? Ns. virallisella linjalla parabeenit on luokiteltu turvallisiksi ja Euroopan Kosmetiikkadirektiivissä on erikseen pykälä, mikä sallii kosmetiikkatuotteissa enimmillään 0,4 % konsentraation yhden parabeenin ollessa kyseessä ja 0,8 % konsentraation parabeeniseoksissa. Ja ovathan parabeenit edullisia tuottaa ja omaavat loistavat antimikrobiaaliset ominaisuudet, mikä takaa tuotteen säilymisen käyttökelpoisena mahdollisimman pitkään. Miksi siis luopua hyvästä?

Parabeenit ovat lipofiilisiä ja imeytyvät helposti ihon läpi, parhaiten ihon läpäisee metyyliparabeeni, joka on myös yleisimmin käytetty. Kauan uskottiin, etteivät parabeenit kerry elimistöön, mutta tutkiskellessani artikkeleja selvisi, että lähes kaikissa viimevuosina toteutetuissa tutkimuksissa ympäri maailmaa parabeeneja on löytynyt poikkeuksetta ihmisten virtsasta. Tämä viittaa parabeenien epätäydelliseen hydrolysoitumiseen metaboliitikseen p-hydroksibentsoehapoksi eli niitä jää kuin jääkin elimistöön. Parabeeneilla on todettu olevan estrogeenistä aktiivisuutta, mikä ilmenee niiden kyvyssä sitoutua estrogeenireseptoriin ja vaikuttaa luontaisen estrogeenin tavoin. Liika estrogeeni taas ei ole hyvästä, minkä vuoksi parabeenien kyky matkia estrogeeniä on yhdistetty erilaisiin terveysriskeihin, kuten oksidatiiviseen stressiin sekä syöpäkasvainten syntyyn ja kehittymiseen. Tutkittaessa rintasyöpäkudoksia niistä on löytynyt lähes poikkeuksetta parabeeneja. Useat rintasyövät sijoittuvat rinnan ulommalle yläkvadrantille, jonne myös parabeenia sisältävät deodorantit yltävät, mikä tukee parabeenien osallisuutta rintasyövän synnyssä. Parin viikon ajan syöpätäyteisiin artikkeleihin syventyessä tulikin aika tehokkaasti kuviteltua itselle rintasyöpä. 

Täytyy myöntää, että aiheeseen perehdyttyäni olen hieman sekaisin. Elin vuosia hyväuskoisuudessa kosmetiikan turvallisista ainesosista, minkä vuoksi parabeenicoktailille on tullut altistuttua aika intensiivisesti. Nykyisin tulee automaattisesti lojuttua tuskastuttavan pitkä aika INCI-listojen parissa, mikä ohjailee tehokkaasti ostopäätöksiä. Tuli yksi päivä tutkailtua suihkussakin purnukoitten kylkiä ja sieltähän se trio löytyi: methylparaben, ethylparaben, butylparaben. Toivossa on hyvä elää, että terveyshaitat ovat edes osittain perättömiä, koska kyseisen suihkuaineen väitettiin sopivan erinomaisesti myös vauvojen kylvetykseen! Jokainen vetäköön oman johtopäätöksensä parabeenihypetyksestä, mutta seuraavan kerran kun tämän tytön ostoskoriin tarttuu deodorantti, järkeä tai ei, sans paraben.

-Heta

Kahden kampuksen väliä

Minullakin on alkanut taas biokemiallisempi arki. Opiskelua on takana jo päälle kuukausi maustettuna runsaalla pyöräilyllä. Lämmin syyskuun alku on jo vaihtunut koleaan lokakuuhun. Syksyn ensimmäinen biokemian kurssi tuli ja meni ja nyt kalenteri täyttyykin ruotsin luennoista, itsenäisesti tehtävistä ohjelmointiharjoituksista ja kandin tutkielman alkuun saamisesta (hui).

Ensivaikutelmat Kontinkankaan kampuksesta ovat haaleat. Käytävät ovat tosi valkoisia, kun on tottunut Linnanmaan kampuksen ihaniin Legon värisiin seiniin. Kontinkangas tuntuu myös tosi autiolta verrattuna Linnanmaahan. Linnanmaalla on aina jotain menoa. Vähintään kerran viikossa, joku soittaa musiikkia aulassa ja myy bilelippuja tai sitten siellä tapahtuu jotain muuta, mitä voi jäädä pällistelemään. Kerrankin Soopalaiset (partiolaisia) olivat pystyttäneet keskusaulaan teltan ja hyörivät siellä retkikamppeissa. Ja aina kaikki jutut vain tuntuvat tapahtuvan siellä Linnanmaalla päin.

Erittäin lavastettu kuva. Taustalla Kontinkankaan kiltahuone.

Toisaalta Kontinkankaalla on paljon vähemmän häiriötekijöitä opiskelua ajatellen. Tai no tänään keskittymistä kyllä vaikeutti se, että lääkisopiskelijat keskustelivat ongelmallisista synnytyksistä, joissa olivat ilmeisesti olleet mukana, parin metrin päässä minusta, kun yritin lukea kirjastossa. Kontinkankaan kiltahuonekin (eli Kontu) alkaa pikkuhiljaa tuntua ihan kodikkaalta, vaikka se on vieläkin aika steriili. Se on kuitenkin paljon tilavampi kuin Linnanmaan serkkunsa ja paljon lähempänä luentosaleja.

Kävin tänään kurkkamassa, miltä opiskelijoiden labratilat näyttävät ja hienoahan siellä oli. Harmittaa, etten tajunnut ottaa kuvaa, mutta tilat ja välineet näyttivat paljon paremmilta kuin aiemmin (Vortex Genie 2 vanhan 1:en sijaan!! :D).

Siitä huolimatta, että biokemian opiskelijat joutuvatkin nyt seikkailemaan kahden eri kampuksen välillä, kaikki on sujunut ihan sulavasti. Syyskuun alkupuoli järjestettiin kokonaan Kontinkankaalla, eikä minulla olisi ollut mitään ongelmia osallistua luennoille, jos en olisi pienryhmäohjauksen takia joutunut olemaan Linnanmaalla fuksien kanssa. Nyt taas, kun biokemian kursseja ei tällä hetkellä ole, ja nyt kun kolmosvuosikurssilaiset käyvät vain valinnaisilla kursseilla, myös biokemisteille tarkoitettu ruotsin kurssi järjestetään Linnanmaalla, vaikka se alkoikin Kontinkankaan puolella. Tähän mennessä en siis ole joutunut vaihtamaan kampusta kesken päivän, muuta kuin pienryhmäohjauksen takia. Täytyy kyllä todeta, että sitä 7,5 km:n matkaa edestakaisin pyöräillessä reisilihakset kehittyy...

Vaateliasta tarinointia

Aina silloin tällöin herää keskustelu soveliaasta labrapukeutumisesta. Nyt ei ole kyse niinkään etiketistä ja/tai itsensä paljastelusta, vaan siitä miten on järkevää pukeutua oman turvallisuutensa ja käytännöllisyyden kannalta. Tässä vähän omia mietteitäni asiaan liittyen.

Perusvaatetus

Maanantain asukuva.

Tiistain asukuva.

Yleensä käytän labrassa labratakkia, joka peittää hyvin käsivarret ja kehon, mutta jättää jalat paljaaksi (ainakin osittain). Tästä syystä suosin yleensä peittäviä alaosia, kuten housuja tai hameita paksujen sukkahousujen kanssa. Joskus näkee porukkaa vaikkapa soluviljelyssä paljain säärin vetämässä menemään - ihan hieman pelottaa, että mitäs sitte ku päälle kaatuu vaikka karsinogeeniset formaliinit tai infektiiviset solususpensiot.Yläosan kanssa ei ole niin väliä, kun ne yläraajat on kuitenki siellä takin suojissa piilossa. Eikä sinne labratakin alle mielellään mitään kovin paksua paitaa tai hupparia ota kun kuuma tullee.

Kuvissa pari erilaista labrassa käyttämääni asua. 

Kengät

Mitkä tahansa matalakorkoiset/korottomat, helposti jalkaan menevät ja miellyttäviltä tuntuvat kengät käy. Lähinnä siksi, että jaksaa sen koko pitkän päivän sitte seisoskella/köpötellä pitkin labraa tarvittaessa. Useimmat käyttää crocseja tai muita vastaavia kenkiä. Korot on toki kivoja, mutta jalat väsyy niissä nopeammin ja korot vaan on kuolemaksi kenkäsuojille (taisin jopa ehtiä sisään viruslabraan ennenku suoja hajosi, kun sinne kerran koroissa menin).

        Itellä on käytössä vanhat (ja likaiset, vaikka kuinka steriilisti työskennellään niin kyllä sitä likaaki silti on jossain) oranssit ballerinat, jotka on kevyet ja mukavat jalassa. Saa helposti heitettyä jalasta pois jos vaikka pitää rampata soluviljelyn (erilliset kengät) ja päälabran välillä. Jalkapöytäähän nämä ei toki hirveästi suojaa, mikä olis myös hyvä ominaisuus labrakengille.

Kukkuu.

Kankaat

Kankaalla ei niinkään ole merkitystä hyviä labravaatteita valitessa, korkeintaan muutamissa poikkeustilanteissa. Ainoa asia, joka tulee mieleen on tekokuidut, joista löytyy muutamia (tilannekohtaisia) haittoja:

1. Hengittävyys, ei aina yhtä hyvä kuin luonnonkuiduissa. Jos vaikka joutuu työskentelemään pitkään +37 C kasvatushuoneessa tai laitehuoneessa, jonka laitteet puskee lämmintä ilmaa ulos yötä päivää.

2. Palonarkuus. Harvoin enää nykyään labroissa käytetään liekkiä tai bunsen-poltinta, MUTTA jos sellainen sattuu olemaan ja hiha vähän kärähtää, niin tekokuitukangas palaa aika ilkeästi ihoon kiinni.

3. Sähköisyys. Kyllä se pientä ihmistä ketuttaa kun tekokuitukangas tuottaa hankaussähköä kehoon ja sen takia sähkövaakaan ei voi koskea (lukemat heittää päin mäntyä) tai kevyemmät reagenssit tarttuu hanskoihin :(

Gradupuintia

Moni sukulainen/tuttava on kysynyt, mitä graduni käsittelee. Vastaan tähän yleensä ympäripyöreästi, että tutkin post-traumaattista epilepsiaa eli miksi jotkut ihmiset sairastuvat epilepsiaan esimerkiksi auto-onnettomuuden jälkeen. Tätä seuraa lähes aina jatkokysymys: Mutta mitä sinä käytännössä teet siellä? Koska hätäpäissään keksitty selitys menee autuaasti ohi suurimmalta osalta, koetan nyt aukaista tekniikoita, joita käytämme. Aion oikoa mutkia roimasti, joten biokemistien on sitten turha motkottaa, etten käsitelly kaikkia molekyylikoneistoja. Kirjoitin käymieni kurssien ja tänä kesänä oppimani pohjalta, mutta siltä varalta, että lukija haluaa selvennystä, laitan tekstin sekaan linkkejä (teksti näkyy tumman punaisena), joita klikkaamalla pääsee selventävälle sivulle. Mutta, mutta, näin tämä kutakuinkin menee:

0. Lyhyt teoria

Aloitetaan biokemistien evankeliumilla:

DNA --> RNA --> proteiini

Toisin sanoen geenit koostuvat DNA:sta, joka puolestaan koostuu nukleotideiksi kutsutuista osista. Nukleotideja on neljää erilaista riippuen siitä minkälainen emäsosa niissä on. Emäkset ovat adeniini (A), tymiini (T), sytosiini (C) ja guaniini (G). Vähän niinkuin tietokoneella on 1 ja 0, geeneillä on A, T, C ja G.

Geenit määrittävät mitä me olemme, joten on meille kaikille edullista, että ne ovat turvassa solun tumassa. Koska lähes kaikki elämälle tärkeät prosessit tapahtuvat solun sisällä, mutta tuman ulkopuolella, täytyy geenien tieto jotenkin välittää tuman ulkopuolelle geenejä vaarantamatta. Tähän tulee apuun RNA. Geeni luetaan (älä kysy miten, tila ei riitä) ja sen emäsjärjestys kopioidaan RNA:han. Tämä niin kutsuttu viesti-RNA kuljetetaan tumasta ulos edelleen käytettäväksi. Tuman ulkopuolella viesti-RNA luetaan (tyydy tähän, muista tilanpuute) ja sen emäsjärjestyksen mukaan rakennetaan proteiini siten, että erityinen molekyylikoneisto tulkitsee järjestyksessä kolme ensimmäistä emästä vastaamaan yhtä aminohappoa, seuraavat kolme jotain toista ja näistä rakennetaan pitkä aminohappoketju, eli proteiini.

Tähän väliin huomautan, että ihmisen DNA on kaksijuosteinen. Tämä tarkoittaa, että kaksi pitkää DNA molekyyliä muodostaa tikkaita muistuttavan mallin, jossa kaksi emästä muodostaa tikkaan puolat siten että A ja T ovat aina vierekkäin, samoin C ja G. Tämä rakenne on huomattavasti pysyvämpi kuin yksinäinen juoste. Samalla myös voidaan säädellä geenien käyttöä, sillä lähetti-RNA:n muodostamista varten rakenne on aukaistava (tikkaat "halkaistaan" osittain). Solu osaa säädellä kaksoisrakenteen aukaisua tarpeen mukaan ja tarpeetomat kohdat ovat suljettuina, jotta vältytään virheiltä.

Sitten hypätäänkin lukiotasolta yliopistoon. Kaikki DNA ei johdakaan proteiinin rakentamiseen. Geenien sisään ja niiden väliseen tilaa oon koodattu myös pieniä pätkiä, jotka käännetään kyllä RNA:ksi, mutta ei proteiiniksi. Muutaman välivaiheen jälkeen niistä muodostetaan mikroRNA:ta (miRNA), eli noin 20 nukleotidia pitkiä ketjuja. Näiden molekyylien tehtävänä on toimia säätelijöinä. miRNA sitoutuu tiettyyn lähetti-RNA:han estäen proteiinin tuottamisen.

Miksi tämä on niin mielenkiintoista? Useiden sairauksien yhteydessä on huomattu, että potilaiden elimien miRNA tasot poikkeavat normaalista. Näiden muutosten takana on osittain elimistön yritys korjata tilannetta, mutta toisaalta osa saattaa aiheuttaa taudin oireita. Jos siis saamme selville mitkä miRNA:t aiheuttavat sairastumisen, voimme yrittää estää niiden toiminnan ja parantaa siten sairauden.

1. RNA eristys

Kyllä, me käytämme koe-eläimiä. Aivotutkimuksessa käytetään paljon rottia ja hiiriä. Minun käyttämäni näytteet ovat rotista. Halukkaat saavat  rauhassa pahoittaa mielensä, kerron oman mielipiteeni jossain tulevassa avautumispostauksessa.

Kudos X suljetaan koeputkeen ja solut hajotetaan liuottamalla ja ravistelemalla, jolloin niiden sisältö vapautuu nesteeseen. Käytän eristykseen hivenen muokattua kloroformiuuttoa. Perusidea on, että näytteeseen lisätään kloroformia, ravistellaan ja erotetaan sentrifuugilla (kone pyörittää näytettä ja eri nesteet kerrostuvat tiheytensä perusteella). Tässä tapauksessa erottuu kolme kerrosta: ylimpänä on vesifaasi, johon vesilliukoinen DNA ja RNA jää. Keskellä on valkoisena saostumana proteiinit ja alimpana kloroformi ja kaikki loput solun ainesosat. Tästä on helppo vakaalla kädellä pipetoida ylin kerros toiseen putkeen. Tästä eteenpäin käytän ns. valmiskittiä. Toisin sanoen tietyt yritykset myyvät välineitä mm RNA:n eristykseen. Nämä välineet ovat yleensä tehokkaampia kuin perinteinen eristys ja lopputulos on puhtaampi. En halua kummemmin mainostaa mitään tuotetta, joten kerron yleisperiaateena, että RNA:ta puhdistetaan etanolilla ja sentrifugoidaan pienen siivilän avulla niin että lopputuloksena on puhdasta RNA:ta. 

2. cDNA synteesi

Seuraavaksi RNA käännetään DNA:ksi. Miksikö? Koska seuraavat tekniikat sitä vaativat ja samalla saamme eroteltua halutun miRNA.n erilleen. Käytännössä tämä tapahtuu sekoittamalla keskenään osan näytettä, alukkeita, satunnaisia nukleotideja ja erityisiä entsyymejä. Tämä seos laitetaan PCR-laitteeseen. PCR-laite on vähän niinkuin ajastimella toimiva munankeitin; laite osaa lämmittää ja jäähdyttää näytettä halutuin aikavälein. Tämä on olennaista, sillä eri lämpötiloilla säädellään synteesin eri vaiheiden kulkua. Lämpötilat ja aikavälit vaihtelevat riippuen käytettävistä kemikaaleista ja alukkeiden valmistajan ohjeista. Karkeasti voi sanoa, että lämpötilan nosto aukaisee juosteen, lasku auttaa liittämään ne yhteen.

Ensimmäiseksi kaksoisjuoste aukaistaan ja alukkeet kiinnitetään. Aluke on pieni pätkä DNA:ta, joka kiinnittyy tiettyyn, vastaavaan kohtaan RNA:ta. Alukkeita on kaksi ja ne rajaavat halutun osan molekyylistä. Tässä tapauksessa ne kiinnittyvät halutun mikroRNA.n molempiin päihin.

Käänteiskopioijaentsyymii tunnistaa alukkeet ja alkaa rakentaa miRNA:lle paria, aivan kuten DNA:ssa. Lopputuloksena on kaksi yhteenkiinnittynyttä molekyyliä, joista  toinen on haluttu puolisko miRNA:sta käännettynä DNA:ksi

3. qPCR

qPCR eli quantitative PCR eli "määrällinen" PCR mittaa molekyylien määrää. Tätä voi käyttää esimerkiksi sairaan ja normaalin kudoksen erojen selvittämiseen. Laite monistaa uudelleen DNA:ta uusilla alukkeilla. Tällä kertaa kone mukana on fluoresoivaa väriainetta. Jokaisella "kierroksella", kun syntyy uusia DNA-molekyylejä, fluoresenssin määrä muuttuu ja kone rekisteröi muutoksen. Ajamalla ensin standardisuoran, johon laittaa tietystä määrästä DNA:ta tehdyn laimennossarjan, voidaan päätellä tuntemattoman näytteen konsentraation.

4. Tulosten analysointi, reaktioreitit, tilastolliset testit

Tässähän pitää tietää, ettei mikään elämässä ole yksinkertaista. Pätee myös biokemiassa. Yksi ainoa mikroRNA saattaa vaikuttaa satoihin proteiineihin. Jotta saisin selville mihin tällä hetkellä tutkittavana oleva molekyyli vaikuttaa, täytyy minun saada käsiini valtava määrä tietoa kyseisen miRNA:n kanssa yhtä aikaa ilmestyvistä geeneistä, eri reaktioreiteistä, taudeista, jotka saattaisivat liittyä tähän ynnä muuta ynnä muuta.  Lisäksi tietenkin saatujen tulosten täytyy olla tilastollisesti merkittäviä ennen kuin niistä voi vetää johtopäätöksiä. Yleisimmin käytettyjä tilastollisia testejä on Studentin t-testi.

Tiede onkin yhä enenemässä määrin tilastotiedettä ja tietokoneanalyysejä. Lisäksi on olemassa useita tietokantoja, joihin syötetään tutkimustuloksia kaikkien nähtäväksi ja käytettäväksi. Olen vielä jumissa edellisessä vaiheessa, mutta eiköhän tästäkin asiasta tule kirjoitettua seuraavien kuukausien aikana.

Huh-huh, kylläpäs tämä venähti. Tästä lähtien ohjaan kaikki utelijat lukemaan tätä blogia. Pitäisiköhän painattaa käyntikortteja, jossa on blogin osoite?

-Ninni