Science day 2016

Tunnelmia.

Tiistaina oli Kontinkankaan kampuksen Tiedepäivät eli Science Day. Kyseessä on vuosittainen tapahtuma, jossa teema vaihtuu, mutta tyyli pysyy - Se on kuin pieni paikallinen tiedekonferenssi, jossa esitellään tällä kampuksella tehtävää tiedettä posterien ja puheiden muodossa,  vierailevien kansallisten huippututkijoiden puheita unohtamatta. Tänä vuonna Tiedepäivät järjestettiin 13. kertaa ja teemana oli "Regulation of the immune system - From bench to bedside". Tämä tapahtuma on avoin kaikille Kontinkankaan kampuksella asustaville henkilöille, niin tutkijoille kuin opiskelijoillekkin. Silti en siellä hirveästi opiskelijoita nähnyt (muutamaa lääketieteen opiskelijaa lukuunottamatta), joten ajattelin taas kerran vähän hehkuttaa tätä tapahtumaa, josko joku vaikka ensi vuonna eksyisi paikalle. Varsinkin jos olette aloittamassa tai tekemässä maisteriopintoja ja pohditte mahdollisesti tekevänne harjoittelut/kesätöitä/lopputyön tutkimuksen parissa Oulussa, niin kannattaa käydä tässä tapahtumassa vähän nuuskimassa itseä kiinnostavia aiheita ja tutkimusryhmiä. 

Ilmainen kahvi ja nisu ei tietenkään haittaa myöskään, vink vink!

Such program - much wow

Aamupäivällä kuultiin immunologian suomalaisten huippututkijoiden puheita heidän tutkimuksistaan. Aamun aloittivat akatemiaprofessori Riitta Lahesmaa Turun yliopistosta ja professori Olli Silvennoinen Tampereen yliopistosta. Molempien puheet olivat hyvinkin syvällä heidän omissa tutkimuksissaan, jotka sattuivat vielä käsittelemään samaa signaalireittiä (JAK-STAT) vähän eri kohtiin keskittyen ja erilaisia menetelmiä käyttäen. Kivoja puheita, joskin olisin toivonut että puheiden järjestys olisi ollut toisinpäin, sillä Silvennoinen kertoi hyvin taustaa tästä signaalireitistä ja tutkii sen "aiempaa" osaa eli JAK:ia (lyhenne muuten tulee sanoista Just Another Kinase :3 ). Lahesmaa taas keskittyi hyvin vahvasti STAT/T-solu-teemaiseen tutkimukseensa ja tämän aiheen kokonaiskuva meinasi jäädä alussa vähän hämäräksi kun ei itse ole alan asiantuntija.

Tutkimusesitelmiä jatkoivat emeritusprofessori Markku Mäki ja professori Timo Vesikari Tampereen yliopistosta. Heidän esityksensä olivat jotenkin kevyempiä ja käytännönläheisempiä. Toisaalta aiheina olivat keliakia immunologisena tautina sekä yhteisrokotteen kehittäminen noro- ja rotavirusta vastaan joten yhteys käytännön lääketieteeseen ja hoitoihin on varsin selkeä. Vaikka nämä teemat olivat aivan toisesta maailmasta kuin oma tutkimukseni, niin pidin näistä puheista melkein enemmän kuin aiemmista enemmän tutkimusteemaisista (ja edes vähän omaan alaani liittyvistä) puheista. Hyvät puhujat tunnistaa yleensä siitä, että he saavat yleisönkiinnostumaan ja reagoimaan :)

Iltapäivällä omakustanteisen lounaan jälkeen olivat vuorossa lyhyet (10 min) puheet Kontinkankaan omien tutkimusryhmien nuorten tutkijoiden esittäminä. Allekirjoittaneelle nämä olivat tämän Tiedepäivän parasta antia, sillä noin lyhyessä ajassa ei voi alkaa jaarittelemaan ja tutkimustulokset pitää esittää mahdollisimman selkeästi ja ytimekkäästi. Eli puheet oli helppo ymmärtää, tarjolla oli paljon erilaisia teemoja ja puhujia oli mukava seurata (koska samaistuminen). Tämä osa Tiedepäivää on myös se, jota haluaisin suositella opiskelijoille. Muutamassa tunnissa ehtii tutustua useaan eri tutkimusaiheeseen ja jos uskaltaa niin näiden puhujien kanssa voi mennä keskustelemaan lisää jos aihe kiinnostaa (kontaktit on tärkeitä!) :) Tästä Tiedepäivästä jäi allekirjoittaneelle mieleen mm. tutkimukset TUFT1-geenin geenivirheeseen liittyvästä perinnöllisestä sairaudesta, ennenaikaisen syntymän proteomiikasta ja nuorten kannabiksen käytön ja psykoosin välisestä yhteydestä. 

Muistiinpanovälineet ja abstraktivihkonen.

Muuta mukavaa - posterit ja herkut

Tiedepäiviin kuuluu isona osana myös tutkimusryhmien tekemät posterit, joissa kerrotaan uusimpia tutkimustuloksia. Postereita on PALJON (tänä vuonna yli sata) eli tutkimusryhmällä on usein enemmän kuin yksi posteri. Nämä posterit ovat nähtävillä koko päivän ja yleensä niistä saa edes jonkinlaisen käsityksen siitä mitä mikin tutkimusryhmä tutkii (psst, tutkimusryhmän johtajan nimi on usein esitetty tekijöiden kohdalla viimeisenä, kannattaa ottaa nimi ylös jos tutkimus on kiinnostava).  Nämä ovat se toinen osa Tiedepäivää, joita suosittelen opiskelijoiden vilkaisemaan. Jos ei muuta niin vaikka lounalle mennessä voi ohimennen vilkaista. Postereita on kuitenkin niin paljon, että ei tarkoitus olekaan lukea kaikkia postereita ajatuksella läpi vaan saada yleiskuva siitä kuka tekee mitäkin ja mikä voisi itseä kiinnostaa. Siihen nämä posterit ovat oikein käteviä.

Posteri- ja ihmismerta.

Toisekseen, yleensä kaikkiin konferensseihin liittyy jonkin sortin kahvitarjoilu tai mainoskrääsän jakaminen. Tänä vuonna kahveja oli tarjolla kahdet (aamulla ja iltapäivällä) ja pullaakin tietenkin myös, voisilmäpullia aamulla ja porkkanapiirakkaa iltapäivällä, om nom :3 Joku tuote-esittelijäkin oli paikalla, sen verran huomasin että FACS-menetelmästä puhuttiin ja pöydässä oli myös tarjolla toffeekarkkeja. Pienituloinen opiskleija (tai muuten vaan pihi ihminen niinkuin minä) iloitsee kaikesta ilmaisesta.

Tiedettä suomeksi, onko sitä?

Henulla oli sen verran kiire, että blogitekstin kirjoitus siirtyy. Tähän väliin siis linkkimerta ála Krista.

Isojen painotalojen julkaisuja - eivät syynissä tällä kertaa.

Haluaisin lukea  kevennetysti kirjoitettuja tiede-aiheisia tekstejä suomeksi. Niitä pirulaisia on vaan hankala löytää. Mitä siis tehdä, kun Tieteen Kuvalehti tuntuu liian lasten kuvasatukirjalta ja New Scientist-lehti on mahtava, mutta väärällä kielellä? Lähdin lyhyelle tutkimusmatkalle netin ihmemaailmaan Google-sedän avustamana etsimään, josko löytäisin hyvän suomenkielisen tiedejulkaisun, joka on tarpeeksi kevyt, mutta kertoo silti asiat tarpeeksi yksityiskohtaisesti. Matkan aikana jouduin toteamaan, että pitää käydä kirjastossa lukemassa kaikki isot suomenkieliset tiedejulkaisut läpi (että voisin arvioida niitä kunnolla) ja että tähän tekstiin on pakko lisätä myös pelkästään netistä löytyviä tiedejulkaisuja. Tässä siis listaa pienemmistä tiedejulkaisuista, joista suurin osa on luettavissa myös netin välityksellä.

 

Sanomalehtien ja muun median tiede-osiot

Isoilla mediayhtiöillä on usein jonkin sortin pieni tiedeosio liitettynä julkaisuihinsa. Näistä löytyy usein suomalaisten tutkijoiden tekemiä tiedejulkaisuja sekä helposti popularisoitavia tai tiedemaailmaa kuohuttavia tutkimustuloksia. Tiedettä on pyritty tekemään mahdollisimman ymmärrettäväksi (mikä on mahtava juttu!), mutta väistämättä samalla menetetään tutkimuksen tarkat yksityiskohtaiset tulokset ja hypetetään mahdollisia vaikutuksia (kritiikkiä löytyy harvemmin). Lähteenä viitataan usein tutkijaan tai tutkimuksen julkaisseeseen lehteen.

Itse seurailen aina silloin tällöin Helsingin Sanomien tiede -osiota. Mukavaa näissä jutuissa on niiden laaja-alaisuus sekä visuaalinen anti - tekstejä on helppo lukea ja niihin on yleensä lisätty kuva, joka liittyy nyt edes yleisesti ottaen artikkelin aiheeseen (mutta ei kuvia artikkelissa julkaistuista kuvaajista ja kuvista, tietenkään). Toinen hyvä sivusto on Ylen tiede-sivusto. Plussaa tämä sivusto saa siitä, että useisiin artikkeleihin liittyy aiheeseen paremmin perehtyvä dokumentti, jonka voi sitten halutessaan katsoa. Huono puoli on hitaahko päivitystiheys, uusia juttuja ei välttämättä tule päivittäin.

 

Pienet, ryhmä/ammattikohtaiset julkaisut

Lähes jokaiselle ammattiryhmälle löytyy oma jäsenlehtensä, yleensä ammattiliittojen tai -järjestöjen tuottamina. Tästä syystä näistä julkaisuista löytyy paljon asiaa itse käytännön työhön ja työelämäpolitiikkaan liittyen, vähemmän taas uusista löydöksistä ja tutkimustuloksista. Toisaalta tämä ei ole kyllä allekirjoittanutta (järjestöaktiivia) haitannut.

Hyviä julkaisuja biokemistille tässä ryhmässä ovat esimerkiksi Luonnontieteilijä (LAL:n jäsenlehti), Kemia-lehti (Kemistiseurojen jäsenlehti) ja Duodecim-lehti (Suomalaisen Lääkäriseuran aikakausjulkaisu). Sekä Luonnontieteilijä- että Kemia-lehti sortuvat ajoittain aika painavaan poliittiseen keskusteluun, mutta sisältävät usein myös hyviä juttuja yksittäisten henkilöiden työelämästä ja urapoluista. Duodecim-lehdessä taas on paljon keskustelua erilaisista hoitosuosituksista, mutta samalla hyviä, lyhyitä katsauksia eri sairauksiin ja niihin liittyviin uusimpiin tutkimustuloksiin.

Mielenkiintoinen, viihteellinen artikkeli uusimmassa Kemia-lehdessä.

 

Pelastavat enkelit? Tiedeblogitko?

Netti on pullollaan kaikenlaisia blogeja erilaisilla teemoilla, myös tiedeblogeja löytyy. Tiedeblogien vahvuus mielestäni on ehdottomasti niiden henkilökohtaisuus, mutta samalla se on niiden heikkous. Kirjoitukset ovat aitoja ja hyvin tosielämää kuvaavia, mutta niiden laatu vaihtelee kirjoittajan mukaan (kaikki tieteentekijät eivät todellakaan ole juornalisteja) ja mielipiteet ovat ajoittain voimakkaita. Erilaisia tiedeblogeja on yllättävän paljon, myös suomeksi, kunhan jaksaa hieman etsiä. Eli jokaiselle löytyy kyllä sopivaa luettavaa! Itse olen seurannut mm. Kaiken takana on loinen-blogia (pidän leppoisasta mutta tietoa jakavasta kirjoitustyylistä) sekä Tieteen kananpojat-blogista (oululaisia biologeja! Harmmilisen pitkä päivitysväli).

Summa summarum, tuskin alan tilaamaan mitään varsinaista lehteä, mutta jatkan kyllä erilaisten suomenkielisten tiedejulkaisujen lukemista netin välityksellä.

-Krista

Ps. Miksi suomeksi? No, vaikka tiettyjen sanojen suomennokset ovatkin aika kauheaa finglishiä eikä näin pienelle kielelle/lukijakunnalle kannata hirveän aikaavievästi (lue: kallista) alkaa kirjoittamaan niin voi pojat ompa mukavaa lukea omalla äidinkielellään! Niin sujuvaa, eikä mikään kohta jää ymmärtämättä sen takia, että just nyt ei jaksa alkaa käyttämään sanakirjaa. Lisäksi pysyy perässä kotimaansa tieteen uusimmista löydöksistä ja kehityksestä.

Aivotutkimuksesta

Oletteko huomanneet ilmiö, että jos on kipeä keskellä viikkoa ja jää pois töistä, unohtaa mikä viikonpäivä on? Pahoittelut että postaus on myöhässä :(

Viimeiset pari kuukautta töissä on mennyt immunohistologian opetteluun. Olen viilaillut kolmoisvärjäysprotokollaani, joka ei vain suostu toimimaan. Tekee mieli kiukutella, mutta yritän muistuttaa itselleni, että olen vakavasti otettava aikuinen ihminen. Aiheen innoittamana (?) ajattelin kertoa erilaisista tavoista kuvata aivoja ja sen toimintaa.

Immunohistologia[1]

Immunohistologiassa tarkoituksena on tunnistaa tiettyjä molekyylejä kudosnäytteistä. Aivojen tapauskessa tämä yleensä tarkoittaa aivojen leikkaamista äärimmäisen ohuiksi (itselläni 10 µM) siivuiksi. Näitä siivuja käsitellään eri kemikaaleilla, jotka värjäävät tiettyjä osia soluista. Lopuksi otetaan kuva mikroskoopin avullla ja voila, kaunis kuva on valmis.

Miksi tätä kutsutaan immunohistologiaksi? Nimi juontuu immuunipuolustuksen vasta-aineiden käytöstä. Kuvitellaan vaikka että haluan värjätä kaikki hermosolut leikkeestäni. Tätä varten minun täytyy tietää jokin molekyyli, joka esiintyy vain neuroneissa. Tähän käytetään yleisesti molekyyliä nimeltään Hexaribonucleotide Binding Protein-3, tunnetummalta nimeltään NeuN. NeuN:ää löytyy muutamaa poikkeusta (mm pikkuaivojen purkinjen solut) lukuunottamatta kaiksita neuroneista. Tätä proteiinia varten tarvitaan siis vasta-aine, joka sitoutuu juuri tähän. Tämä saadaan aikaan esimerkiksi kanin avulla. Kun kanin verenkiertoon laitetaan NeuN:ää (tai osia siitä), kanin immuniteetti tunnistaa vierasaineen ja muodostaa molekyylin, vasta-aineen, joka tunnistaa sen. Kyseisen eläimen pernan soluja voidaan käyttää tuottamaan lähes loputtomasti kyseista vasta-ainetta (soluviljelmällä, ei eläimellä itsellään höpsöt). 

Vasta-aineen tuottamisen jälkeen se pitää vielä visualisoida. Tämä voi tapahtua esimerkiksi liittämällä vasta-aineeseen fluoresoivaa ainetta, jolloin ne alueet, joihin vasta-ainetta on sitoutunut, voidaan nähdä fluoressenssimikroskoopilla. 

Olen tänään opetusvideotuulella, joten tässä on ensimmäinen:

 

Edit: Meni melkeen viiko huomata, että laitoin tähän väärän videon :D Toisaalta tuo on kyllä sen verran näyttävä että taidan jättää sen paikalleen. Respect tuolle videon tutkijalle. Täytyy olla äärimäisen pitkä pinna. Kuitenkin, tarkoituksena oli pistää tämä hissimusiikilla ryyditetty mainosvideo:

CLARITY[2]

Entä jos kerron, että kokonaiset aivot voidaan tehdä läpinäkyviksi ja värjätä sitten erilaisilla väreillä vähän samaan tapaan kuin immunohistologiassa? CLARITY niminen tekniikka kehitetttiin Stanfordin yliopistossa ja menetelmä julkaistiin Naturessa (alkuperäinen artikkeli (Chung et al) täällä)

CLARITY-menetelmässä aivojen lipidit korvataan hydrogeelillä, jolloin ne muuttuvat läpinäkyviksi. Läpinäkyvillä aivoilla voi tutkia valtavaa määrää eri molekyylejä kokonaisissa avoissa pelkkien leikkeiden sijaan. Näin eri aivoalueiden yhteyksiä on helpompi hahmottaa. Nature on julkaissut tästä hienon videon:

Kukapa ei haluaisi tehdä töitä läpinäkyvien aivojen kanssa?

Optogenetiikka[3]

Optogenetiikka kuulostaa äkkiseltään epäilyttävän paljon korvavalon-tapaiselta hämärähommalta, mutta oikeasti kyseinen tekniikka on vahvasti tieteellinen.Tässä tekniikassa ei työnnetä ledejä korviin. Sen sijaan aivojen souluihin siirretään valolle proteiinia, esimerkiksi channelrhodopsiini-nimistä proteiinia, joka reagoi siniseen valoon avaamalla ionikanavan ja aktivoimalla siten hermosolun. Syntyvä jännitteen muutos voidaan havainnoida elektrodeilla. Channelorhodopsiinin lisäksi on löydetty muitakin proteiineja, jotka reagoivat eri valon aallonpituuksiin.

Ai miksikö tämä on niin jännää? Jos saataisiin kehitettyä tapa merkata yhtä aikaa kaikki eri solutyypit eri proteiineilla, voitaisiin vertailla esimerkiksi epilepsiaa sairastavien ja terveiden aivoja toisiinsa ja yrittää päätellä kuinka kohtauksia pääsee kehittymään! 

Ah, kyllä neurotiede on jännää!

-Ninni


[1] http://www2.uef.fi/fi/aivi/merja-lukkari :D
[2] duh, http://www.nature.com/nature/journal/v497/n7449/full/nature12107.html#affil-auth
[3] http://www.nature.com/nmeth/journal/v8/n1/full/nmeth.f.323.html

Jatkuvuuden pohdintaa ja uusia elämänvaiheita

Ollakko valmistumiskriisi vai ei?

Vaikka zikavirus jyllää, niin päätin kuitenkin kirjoittaa itsekeskeisesti omasta elämäntilanteestani. Kuten Krista niin minäkin valmistun ensi kuussa (ollaan sopivasti samaa vuosikurssiakin)! Sain vihdoin tammikuun alussa gradun ladattua Laturiin (opinnäytteiden palautuspaikka yliopiston netissä) ja nyt odotellaan sitten ensin arvosanaa ja heti perään tutkintopapereita! Kuukauden päästä minuakin saa kutsua Master of Science (M.Sc.) tai vaihtoehtoisesti filosofian maisteriksi (FM). Mahtava tunne. Vielä mahtavamman siitä tekee se, että olen jo päässyt työelämään kiinni ja muutin takaisin kotipaikkakunnalleni. Samalla kuitenkin nousee myös erittäin haikea olo, sillä nyt on aika jättää opiskeluajat taa ja vaihtaa tutuista ja erittäin (aikataulullisesti) vapaista ympyröistä työntekijän arkirytmiin. 

Tästä päästäänkin sujuvasti jatkuvuuden pohtimiseen. Olen tämän neljännesvuosisadan aikana käynyt peruskoulun, lukion ja nyt valmistun yliopistosta. On ollut aikoja, kun olen ollut jokaisen koulutusasteen nuorin ja myöhemmin vuorostaan vanhin. Aina uuden koulun aloittaessa on kaikki ollut luonnollisesti uutta, jännittävää, kenties pelottavaakin, mutta aina ovat vanhemmat opiskelijat tahi opetushenkilökunta pitänyt huolta, että kärryille pääsee. Jokaisessa siirtymässä on myöskin omat sosiaaliset piirit enemmän tai vähemmän muuttuneet. Aina alkuun on saanut olla täysin ummikko, mutta opintojen edetessä on saanut valita ja muovata omaa opintopolkuaan ja, tärkeimpänä, aina ollut selkeä päämäärä - valmistuminen.

[Välikriiseily] Nyt, kun valmistun FM, niin edessä oli valinta, että jatkaakko suoraan tohtoriopintoihin (kuten on aika yleistä) vai hakeakko töitä maisterin papereilla. Olen jo useamman vuoden ajan ajatellut, että kunhan valmistun, niin ainakin yritän ensin kokeilla työelämää, sillä tohtorinopinnot ehtii myöhemminkin suorittaa. Minulla ei siis ole selkeästi ollut suoraa paloa lähteä jatkokouluttautumaan, tosin sitäkään mahdollisuutta ei ole poissuljettu. Toisaalta tuntuu, että jos tällainen selkeä palo olisi ollut, niin en ehkä olisikaan ollut sormi suulla, että mikä on seuraava isompi tavoite, jota kohti kulkea. Olen nyt saavuttanut aika monta isoa tavoitettani samalla kertaa (valmistuminen, työllistyminen, paikkakunta) ja pitäisi miettiä seuraavaa isoa tavoitetta, mutta onneksi omaan muitakin elämää ohjaavia haaveita joita pohtia inspiraatiota odotellessa.

Olen siis jo aloittanut tutkijan työt ja tällä hetkellä olen työpaikan nuorin ja luonnollisesti uusin työntekijä. On ollut erittäin mielenkiintoista siirtyä opiskelijaelämän "vanhan jarrun", joka aina sai jakaa neuvojaan nuoremmille opiskelijoille, asemasta takaisin ummikon asemaan. Tai ei tietenkään täysin ummikon, mutta uuden jännän äärellä tässä ollaan. Olen jo kuukauden aikana pannut merkille, että jatkuvuuden (yliopisto opintojen sujuvuuden tahi työpaikan kirjoittamattomien sääntöjen) kannalta on tärkeää tiedonsiirto eri opiskelija/työntekijä -"sukupolvien" välillä. Tämän takiahan Histonin hallituksellakin on aina toimenkuvakohtaiset testamentit uusille hallituksen jäsenille. Olen yrittänyt lohduttautua tiedostamalla asian tärkeyden, jotta en tuntisi oloani hölmöksi kysellessäni muille itsestäänselvistä asioista. Lisäksi aiemman elämänkokemuksen perusteella tiedän, ettei siinä loppujen lopuksi kauaa mene, kun olen karistanut ummikkomaisuuden jaloistani ja olen raudan luja ammattilainen ;)

... Sekavan postin take home message siis yrittää olla - kysele paljon asiasta ja asian vierestä kollegoilta, niin "hiljainen tieto" välittyy eteenpäin. Loppukevennykseksi arkistojen kätköistä Histonin ummikko-Memmu ja kotiin unohtuneet villasukat.

Ekoissa vappusouduissa allekirjoittaneen villasukat olivat jääneet kotiin. Vaihtoehtoisesti geneettinen ihme pitkävarvas-Memmu ilmeentyi.

Liebe Grüβe,
Memmu

PS: Aina on hyvä, että useampi ihminen tietää jonkun spesifisen tärkeän asian tai menetelmän, sillä jos joskus ko. henkilö lähtisi talosta, jää jäljelle joku toinen, joka vielä tuntee asian.

Pientä edistystä töissä

Ensinnäkin, look at them! My precioussss-s-ss-s...

Sain siis tänään leikattua viimeisenkin noin 40 kielinäytteestä (hiiren). En mitenkään nopeasti tai täysipäiväisesti tehnyt hommia näiden näytteiden kanssa, aloitin näiden leikkaamisen kuitenkin jo lokakuussa eli sellainen rapeat kolme kuukautta meni. Välillä keskityin enemmän katsausartikkelin tekoon ja ompahan sattunut matkalla muitakin hidasteita (kuten se ex tempore Norjan tiedetapaaminen). Toisaalta tuli taas eilen huomattua että se noin kolme tuntia on maksimi mitä jaksan/pystyn päivittäin veivata mikrotomin kampea - oikea käsi (kampikäsi) alkaa kipuilemaan hyvin nopeasti eikä keskittyäkään jaksa täysillä ihan mahdottomia (keskittyminen on tärkeää, että ei vahingossa leikkaa sormeaan irti tuolla partaterämaisella leikkausosalla jne.).

Kohtalaisen iso hommahan noissa kyllä oli. Laskeskelin että olen leikannut yhteensä noin 20 000 leikettä, metreinä se on jotain 150 m. Nämä leikattiin siis "nauhana" eli käytännössä koko näytteen läpi (parafiiniblokista kun leikkaa peräkkäisiä leikkeitä, jäävät ne leikkeet reunoistaan kiinni luoden täten leike"nauhan"). Tämä on työlästä ja aikaavievää, mutta tarpeen ajoittain. Yleensähän immunohistokemiaa varten leikataan vaan yksittäisiä leikkeitä, esimerkiksi silloin kun tehdään patologisia määrityksiä potilaan syöpätyypistä. Mutta seuraavaksi pääsenkin siihen jännittävämpään vaiheeseen eli tekemään immunohistokemiallisia värjäyksiä noista mun leikkaamista näytteistä! Katsotaan kuinka käy (eli toimiiko vasta-aineet ja mitä löydöksiä voidaan tehdä niiden perusteella).

Sitten se toinen homma mitä olen tässä viime syksyn ja tammikuun tehnyt eli tuo systemaattinen katsausartikkeli. Olen nyt päässyt sellaiseen vaiheeseen, että kaikki artikkelit on käyty kerran läpi ja katsausartikkeliin laitettavat alkuperäiset tutkimusartikkelit on valittu. Olen alkanut lukemaan valittuja artikkeleja kunnolla läpi ja jaottelemaan niitä erilaisiin luokkiien tulevien kappaleiden teeman mukaisesti. Tässä kohdin törmäsin yhteen ongelmaan - mikä on järkevä kappalejaottelu? Puhunko tutkimuksista niiden metodien mukaan (immunohistokemia vs. solukokeet), tulosten mukaan (positiiviset vs. neutraalit vs. negatiiviset), sairaustyyppien mukaan (rintasyöpä vs. ihosyöpä) vaiko aivan jollain muulla tavalla? Keskusteltiin ohjaajan kanssa ja päädyttiin ainakin tällä erää jakoon syöpätyyppien mukaan, koska yleensä tutkijat keskittyvät tutkimuksissaan yhteen syöpätyyppiin ja lukiessaan tällaista katsausartikkelia heitä kiinnostanee pääasiassa se, mitä juuri siitä heidän kohdesyövästään tiedetään ja on tutkittu. Tästä pääsemmekin seuraavaan ongelmaan eli...

Mitä syöpäjaottelua käytän? Jos mietitään asiaa patologisesti ja kudostyyppien kannalta, jaetaan syövät ryhmiin sen mukaan, mistä kudoksesta ne ovat peräisin. Esimerkiksi, leukemiat saavat alkunsa veren ainesosia muodostavista luuytimen soluista kun taas sarkoomat saavat alkunsa sidekudoksen soluista. Mutta syövät voidaan jakaa luokkiin myös niiden anatomisen sijainnin mukaan eli siis esimerkiksi keuhko- ja suolistosyöpiin. Tutkimuksessa nämä ryhmät menevät iloisesti sekaisin kun toiset tutkivat kivessyöpiä ja toiset yleisesti vaikkapa myeloomia. Käytännössä nämä ryhmät kuitenkin menevät aivan täysin ristiin. Otetaampa esimerkiksi vaikka rintasyöpä. Suurin osa, arviolta yli 95%, rintasyövistä on karsinoomia, jotka saavat alkunsa maitorauhasten tai -tiehyeiden epiteelikudoksesta. Mutta rintasyöpä voi olla myös angiosarkooma (veri- tai imusuonen  sidekudoksesta lähtöisin), phyllodes-kasvain (pehmytkudoksen sarkooma, rinnan sidekudoksesta peräisin), Pagetin tauti nännissä (kun maitotiehyen karsinooma leviää nänniin), tulehduksellinen rintasyöpä (kun syöpäsolut tukkivat imusuonet ja rinta tulehtuu) tai joku karsinoomien alatyyppi. Että milles jaolle tässä nyt sitten rupeaisi...

Lähteet: American Cancer Society ja Bookside Associates.

-Krista

Ps. Helmikuussa tapahtuu kun joku saattaa vihdoin ja viimein päästä valmistumaan (miten tässä nyt näin kävi? & en tiedä juhlinko). Lisäksi yritän päästä mukaan Tiedepäiville, joko posterilla tai puheella, perjantaina se selviää!

Soija ja estrogeeni

Soijapapu [3]

Genisteinin rakenne. [2]

Olen muutaman kerran kuullut, että soija on hirvittävän epäterveellistä ja, että sen sijaan kannattaisi suosia jotain muuta proteiininlähdettä. Päätinkin siis selvittää, mikä soijassa oikein on pielessä, jos on ja pitääkö sen paikkaansa.

Soijasta kirjoitellaan vähän ristiriitaisia juttuja. Joskus sen uutisoidaan vähentävän riskiä sydän- ja verisuonitauteihin, ja syöpään. Erilaisiin väitteisiin on vastattu paljon asiantuntevammin kuin itse pystyisin eräässä parin vuoden takaisessa Hesarin artikkelissa [1], joten en viitsi turhaan toistaa artikkelin asioita. Soijaa on kyllä tutkittu paljon, mutta ei läheskään tarpeeksi, jottai voitaisiin varmasti sanoa sen olevan terveellinen tai epäterveellinen. Jos soijan käyttö on satunnaista, on tuskin syytä huolestua.

Estradiolin rakenne. [4]

Mikä soijassa on mielenkiintoista?
Soija sisältää kahta erilaista isoflavonia: genisteinia ja daidzeinia. Samantapaisia molekyylejä löytyy myös monista siemenistä ja vihanneksista. Näiden molekyylien rakenne on hyvin samantapainen estrogeenihormonin kanssa, joten on epäilty, että soijan isoflavonit voivat myös sitoutua estrogeenireseptoreihin, eli naissukupuolihormonien reseptoreihin. Seuraava asia on hyvin pelkistetty versio siitä, mitä todellisuudessa tapahtuu, mutta siis, kun estrogeeni sitoutuu reseptoriinsa, se on viesti solulle siitä, että pitää alkaa tuottamaan tiettyjä proteiineja, joita estrogeeni ja estrogeenireseptori säätelevät. Tällaisia proteiineja ovat esimerkiksi maitorauhasten kasvua lisäävät proteiinit, ja muut sukupuoliseen kehitykseen liittyvät jutut. Näiden lisäksi estrogeenillä on myös tärkeä rooli alkionkehityksessä. [5]

Koska tiedetään, että genistein pystyy sitoutumaan erääseen estrogeenireseptoreista [5], on kaksi vaihtoehtoa sille, mitä voi tapahtua: genistein voi kiinnittyä estrogeenireseptoriin aiheuttamatta minkäänlaista reaktiota ja estää samalla estrogeenin pääsyn omaan reseptoriinsa tai genistein saattaa aiheuttaa reseptorissa saman reaktion kuin estrogeeni. Asiaa on tutkittu paljon rotilla ja on huomattu, että genisteinilla on ollut useita epätoivottuja vaikutuksia. Täytyy kuitenkin muistaa, että rotan aineenvaihdunta on erilaista kuin ihmisellä eli rottakokeiden tulokset tarkoittavat ainoastaan, että ihmiseltä saattaa löytyä samanlainen vaikutus. Ihmisiltä ei ole ainakaan vielä löytynyt samantapaisia vaikutuksia, mutta toki asiaa täytyy vielä tutkia enemmän ennen kuin mitään voi sanoa varmasti.

Lähteet:
[1] Tuuli Vattulainen, "Uskaltaako soijaa syödä?", Helsingin sanomat 3.4.2014 http://www.hs.fi/hyvinvointi/a1396413275380 
[2] "Genistein-3D-balls" by Jynto (talk) - Own workThis chemical image was created with Discovery Studio Visualizer.. Licensed under CC0 via Commons - https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Genistein-3D-balls.png#/media/File:Genistein-3D-balls.png
[3] "Soybean.USDA". Licensed under Public Domain via Wikimedia Commons - https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Soybean.USDA.jpg#/media/File:Soybean.USDA.jpg
[4] "Oestradiol-3D-balls". Licensed under Public Domain via Commons - https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Oestradiol-3D-balls.png#/media/File:Oestradiol-3D-balls.png 

[5] Heldrig N. et al. 2007, "Estrogen Receptors: How Do They Signal and What Are Their Targets?"

Physiological Reviews
http://physrev.physiology.org/content/87/3/905

Vieraskynä: Biokemistinä kasvitieteiden maailmassa

Vuosi 2016 aloitetaan vieraskynä-kirjoituksella, jossa Benu kertoo kasvifysiologian opiskelusta Oulussa biokemistipohjalta. Hän kiinnostui kasvifysiologiasta alun perin lihansyöjäkasviharrastuksen kautta, sillä kasvifysiologian menetelmiä hyödyntäen on mahdollista hankkia uhanalaisia lajeja ilman niiden keräämistä luonnosta.

Kasveihin liittyvä tiede on hyvin monimuotoista. Esimerkiksi kasviekologia keskittyy kasvien vuorovaikutukseen ympäristön ja muiden lajien kanssa, kun taas kasvipatologit tutkivat taudinaiheuttajia. Kasvifysiologiaan kuuluvat kaikki kasvien elintoimintoihin liittyvät fysiologiset ja kemialliset prosessit. Kasvifysiologiaa opiskelemalla saa siis tietoa kasvien aineenvaihdunnasta, niiden kasvuun vaikuttavista tekijöistä ja vaikkapa niissä tuottuvista lääkeaineista. Ihmiskunta on hyvin riippuvainen kasveista – kasvit toimivat niin ravintona, hengittämämme hapen lähteenä kuin ekosysteemien tukipilarina. Kun ajattelet luontoa, tulee mieleen varmasti metsä, eli kasvien luoma ympäristö. Kasvifysiologia auttaa siis ymmärtämään maailmaa paremmin. Jos ei mitään muuta niin opit ainakin sen, mikä pitää ruukkukasvisi hengissä!

Koeputkikasvitkin tarvitsevat valoa ja kosteutta

Biokemian opinnot, ainakin Oulussa, keskittyvät vahvasti ihmisiin. Biokemistille kehittyykin helposti putkinäkö, eli asioita ajattelee vain eläinsolujen ja bakteerisolujen kannalta. Tietyt periaatteet, kuten geenit ja soluhengitys, ovat yhteisiä kasveille ja ihmisille. Kasveilla on kuitenkin useita eläimistä eroavia piirteitä ja mekanismeja, kuten soluseinät ja fotosynteesi.  Kasvifysiologian opinnot siis laajentavat biokemistin näkökantaa.

Kasvifysiologian perusteiden hallinnasta saattaa biokemisti hyötyä myös työelämässä, jos tuleva työpaikka liittyy esimerkiksi lannoiteteollisuuteen, elintarviketeollisuuteen, luontaistuotteisiin, lääkekehitykseen tahi metsäteollisuuteen.

Kirjaimellisesti vihreää kemiaa

Kasvifysiologiaa opiskellakseen biokemistin ei tarvitse käydä ylimääräisiä biologian kursseja – tarvittavat perustiedot kuuluvat biokemian opintoihin. Biologien ensimmäisten vuosien opintoihin kuuluu kasvitieteen peruskursseja jotka antavat laajempaa pohjatietoa jos sitä kokee tarvitsevansa, esimerkiksi Kasvibiologian perusteet (756341A).

Haastavampia opintoja kaipaaville parasta antia tarjoavat laboratoriokurssit, jotka Oulun yliopiston kasvifysiologialla ovat lähes poikkeuksetta korkeatasoisia. Ne tulevat myös nopeasti täyteen, joten kursseille voi olla vaikea päästä. Kasvien solukkoviljely (752688S) tarjoaa hyvät tiedot solukkoviljelystä, eli kasvisolujen kasvattamisesta steriileissä olosuhteissa. Toisin kuin eläinsolut, kasvisolut kykenevät muodostamaan uuden yksilön erilaistumattomasta solukosta, ja näin on mahdollista tuottaa kopioita vaikka hyvää satoa tuottavasta yksilöstä, uhanalaisista lajeista (esimerkiksi kaupoissa myytävät orkideat) tai muuten erityislaatuisista kasveista (kuten Oulun pääkirjaston ja Oulun yliopiston edustalla kasvavat punakoivut).

Tutkimuskäytössä kasvisolukkoa voi kasvattaa myös maljoilla

Kasvien geneettinen transformaatio (756625S) on kurssi, jota suosittelen kaikille bioalaan tai lääketieteeseen erikoistuville, sillä se antaa perusteellisen johdannon GM-kasveihin. GM-kasvit ovat kuuma puheenaihe, ja niistä kulkee paljon huhupuhetta sekä väärää tietoa. Tämän takia asiantuntijatehtävään tähtäävän olisi hyvä omata faktatietoa niistä. Kurssilla selviää, mitä geenimuunnellut kasvit ihan oikeasti ovat, miten niitä voidaan hyödyntää tutkimuksessa ja tutustutaan niiden tuottamiseen tarvittaviin tekniikoihin käytännössä sekä (hyvin tiukkaan) GMO-lainsäädäntöön.

Hurja GMO-mutantti? Ei, vaan väärään suuntaan kasvava maissi.

Luonnontieteellisessä tiedekunnassa on meneillään suuria muutoksia mistä johtuen kurssitarjonta vaihtelee vuosittain - kannattaa tarkistaa mitä kursseja on saatavilla!

-Benu