Vieraskynä: Hullun bakteerimuijan biokemian kurssit Würzburgin yliopistossa

Kesä lähestyy ja samalla myös mun biokemian opintojen aloitus täällä Saksassa! Aattelin näin pitkänperjain kunniaksi kertoa tässä postauksessa siitä, että millasia kursseja oon suunnitellut opiskelevani täällä ja miksi. Nää kurssit ei oo vielä alkamassa moneen viikkoon, että en vielä tiedä konkreettisesti millaista luennoilla käyminen ja opiskelu täällä Saksassa sitten on.

Oon suunnitellut käyväni täällä kesälukukauden aikana seuraavat kurssit:

Pathogenicity of microorganisms A

Pathogenicity of microorganisms B

Molecular Oncology

Lab Rotation Oncology

Elektronenmikroskopie und Bildverarbeitung in der Strukturbiologie

A2 Deutch

Listan alkupäässä komeilee kaksi mikrobiologian laitoksen kurssia ja onko se mikään ihme, ku oon tunnetusti tämmönen crazy bacteria lady. Kurssin nimesrä päätellen kurssi käsittelee eri patogeenisia mikro-organismeja eli kaikkea mistä mää just tykkään! Yliopiston nettisivuilla oli todella huonosti kurssi kuvauksia tai tietoa kurssien sisällöstä, niin en tarkalleen tiedä mikä pohjatietotaso kursseille vaaditaan tai mitkä on oppimistavoitteet jne. Mää lähetin mun Learning Agreementin (=dokumentti, jossa on opiskelusuunnitelma ja sen lisäksi vaihtarin, kotiylipiston kv-koordinaattorin eli Jarin ja vaihtoyliopiston yhdyshenkilön allekirjoitukset) biologian koulutusohjelman vaihtarivastuuhenkilölle ja hän sanoi, että mun kurssivalinnat on okei eli varmaan tuun pärjäämään kaikilla suunnittelemillani kursseilla.

Mikrobilsan lisäksi oon valinnut pari onkologian kurssia: Molecular Oncology ja Lab rotation Oncology, joista jälkimmäinen on laboratorioharjoituskurssi. En kyllä yhtään tiedä tarkalleen mitä lab rotation tarkoittaa (eikä taaskaan ollut kurssikuvauksia näkyvillä…), mutta tuo oli ainoa kiinnostavalta kuullostava labrakurssi kesälukukauden aikana. Onkologian labrakurssille otetaan vain 18 opiskelija ja mun vaihtarivastuuhenkilö sanoi, että mun pitää otta yhteyttä kurssin vastuu opettajaan ennen kurssin alkua, että saan tietää, voinko osallistua kurssille vai en.

Viimeinen biokemian kurssi eli tuo Elektronimikroskooppikurssi oli vähän villikortti, että jos en pystykkään esimerkiksi suorittamaan tuota labraharjoitusta. Ja sit lisäksi päätin opiskella täällä toisenkin saksan kurssin ja toivottavasti minulla on tuon kurssin jälkeen A2 -tason saksan kielitaito. Mietin pitkään, että tuleeko mun lukukaudesta liian rankka, koska viimeisellä viikolla A1 -kurssilla mulla meinas mennä hermo akkusatiivien ja datiivien kans. Mutta sitten tulin siihe tulokseen, että jos haluan oppia uuden kielen, niin paras ympäristö sen oppimiseen on nyt täällä vaihdossa.

Kaikki mun valitsemat biokemian kurssit on maisterivaiheen kursseja, koska täällä Würzburgin yliopistossa biokemian kandivaiheen kurssien opetuskieli on saksa. Ja toisaalta, mää oon just ja just valmistumassa kandiksi, niin onko mun järkee enää käydä kandikurssei ku niitä ei ehkä voi lukea mukaan maisteriin? Suurimmassa osassa mun luettelemia kursseja opetuskieli on englanti, mutta joidenkin kurssien kuvauksessa lukee deutch/englich, joten saapa nähdä paljonko niillä kursseilla sitten on opetusta englanniksi. Nuista kursseista kertyy mulle noin 35 op ja mulla on jo suoritettuna se saksan A1 kurssi (8 op). Oon valinnut nuita kursseja ehkä hieman liikaa (tavoitehan olisi siis suorittaa täällä vain 30 op), mutta on varaa jättää joku kurssi pois, jos se opetus onkin enimmäkseen saksaksi tai sisältö on mun tietotasoon nähden liian vaikea.

Mutta, ootan innolla lukukauden alkua ja kurssien alkamista! Varsinkin ootan nuita patogeenikursseja, koska sellasia meillä ei oikeastaan Oulussa ole ja haluan oppia lisää esimerkiksi mun lemppisbakusta S.aureuksesta :)

Eppu

Mun kandi-&vaihtolaiffia voi seurata parhaiten seuraavista somekanavista:

ig: eppuuu_

sc: eppuuuu

Vieraskynä: Kansainvälisen opiskelijavaihdon ensiaskeleet

Hei *käden heilutus emoji*

Mun nimi on Eevasisko ja oon viittä vaille valmis kandi Oulun yliopistosta biokemian koulutusohjelmasta. Mun sivuaine on ylläripylläri kemia ja hitaasti mutta varmasti valmistuvan kirjallisuusturkielmani aihe on ”Metisilliiniresistentti Staphylococcus aureus”.  Oon kotoisin ihka ihanalta Pohjois-pohjanmaanlta pienestä Oulaisten kunnasta. Oon elänyt lapsuuteni ja nuoruuteni böndellä ja sen huomaa viimeistään mun vahvasta murteesta.

Oon tällä hetkellä saksassa vaihdossa ja kirjottelenkin tätä postausta yliopiston pääkirjastossa. Biokemian osa-alueista lähinnä mun sydäntä on mikrobiologia sekä onkologia ja ehkä siksi mää valitsinkin vaihtokohteekseni Würzburgin yliopiston, koska täällä on tarjolla kursseja mun kiinnostuksen kohteista eikä näitä sisältöjä opeteta meillä Oulussa niin laajasti. Lisäksi mua on aina kiinnostanut Saksa ja sen monipuolinen teollisuus, joten päätin hakeutua kandiopintojeni aikana tänne Saksaan vaihtoon.

Kuva 1. Würzburg am Main. Tää kaupunki on best.

Saksassa kesälukukausi alkaa vasta 24.4., mutta mää saavuin tänne jo 6. päivä maaliskuuta. Nyt varmaan herää kysymys, että miksi muutin tänne melkeen kaksi kuukautta ennen itse opintojen alkua. No siksi, että halusin osallistua vaihto-opiskelijoille ilmaiselle saksan kielen intenssiivikurssille ja mulla ei oikeestaan ollut opintoja jäljellä/kursseja käymättä Oulussa. Ennen Würzburgiin saapumista osasin saksaa ehkä kaksi sanaa, joten nopea ja tiivis saksan kielen alkeiskurssi tuli todellakin tarpeeseen. Intenssiivikurssi kesti maaliskuun ajan ja sain siitä A1 tason todistuksen saksan kielitaidosta. Kolmas syy jo maaliskuussa Saksaan muuttamiselle oli se, että täällä saksassa opiskelija-asunnot vuokrataan koko lukukauden ajaksi, eli minun tapauksessa kämppäni vuokrasuhde täällä Saksassa alkoi jo 1.3.2017 ja loppuu syyskuun 30. päivä. Eli jos oisin tullut tänne vasta huhtikuun loppu puolella, olisin joutunut maksaan ”turhasta” maaliskuun vuokran tänne Saksaan.

Samalla saksan A1 kurssilla minun kanssani oli paljon mukavia vaihto-opiskelijoita ympäri maailmaa. Meille muodostui heti yhtenäinen porukka, jonka kassa olemme käyneet lounaalla ennen saksan luentoja tai tutustumassa viikonloppuisin Würzburgin yöelämään. Lisäksi kurssin opettaja oli tosi hyvä, jämpti ja nuori, mikä teki saksan opiskelusta entistä mukavampaa ja helpompaa.

Kuva 2. Saksan intenssiivikurssin porukka. Viimesenä päivänä kurssia koko porukka kokoontui yhteen Zentrum für Sprachen pihalle. Jokainen oli valmistanut oman maansa ruokia ja niitä sitten yhdessä maisteltiin ja vietettiin ihana aurinkoinen perjantai yhdessä. Amerikkalaiset toivat mäkkäristä ranskiksia, italialaset tomaattipastaa ja slovakialainen poika toi kotimaansa viiniä. Itse olin hieman laiska ja toin mukanani vain kaksi rasiaa salmiakkia, mutta mikä muu olisi suomalaisempaa kuin tuo musta ”karkki”, joka saa ulkomaalaiset irvistämään.

Olen siis vaihdossa Würzburgin yliopistossa kesälukukauden 2017 ajan. Kesälukukausi alkaa vasta 24.4. ja kurssien luennot loppuvat 27. heinäkuuta kieppeillä. Eli just silloin kun Suomen opiskelijakavereilla alkaa hurja vapun vietto, niin mää saan istahtaa luentosalin penkille. Kurssien tentit pidetään elokuun alkupuolella ja siinä elokuun puolivälissä tai loppupuolella mun ois tarkotus palata takaisin Suomeen ja rakkaaseen Ouluun <3 Mullois kans hurja haave tehdä harjoittelu täällä elokuun ajan (koska mun kämpän vuokrasoppari kestää syyskuun loppuun asti), mutta ainakaan vielä mulla ei oo ollut aikaa etsiä harkkapaikkoja, niin saapa nähdä. Lisäksi saksalaiset on pelotellu meitä vaihtareita heinä-elokuun yli +30 asteen helteillä, joten en tulisko siitä harjottelun tekemisestä tuossa helteessä mitään.

Oon todella paljon tykännyt olla täällä Saksassa. Oon saanut kavereita, kämppiselämä sujuu hyvin ja täällä on helppo liikkua joko julkisilla tai kävellen. Würzburgin kaupunki on niin paljon erilainen kuin Oulu tai muutkaan Suomen kaupungit ja musta tuntuu et ihmettelen tän kaupungin kauneutta joka päivä. Saksalaiset ovat todella ystävällisiä ja avuliaita. Musta tuntuu, et rakastun tähän kaupunkiin päivä päivältä enemmän.

Eppu

Mun kandi-&vaihtolaiffia voi seurata parhaiten seuraavista somekanavista:

ig: eppuuu_

sc: eppuuuu

Kiirettä ja ei niin Trömsömaista menoa

Hellou kaikki!

Tästä tulee nyt aika tylsä postaus kun ei ole paljon kuvia, koska viime aikoina oon ottanut  kuvia ainoastaan Western blottien kalvoista. Kirjoitan tätä myös maanantaiaamuna, koska viimeinen kuukausi on ollut aika haipakkaa, ku samaan aikaan on pitäny vastata artikkelista tulleisiin kommentteihin, on ollu kaikkea kivoja tapahtumia ja vastuuhommia joihin on lupautunu. Sitte ku tähän yhistetään vielä se, että kaikki ei oo menny ihan niinku Strömsössä (esimerkiksi lauantaina 5+ tuntia OYS:n yhteispäivystyksessä istumista...), niin soppa on valmis. 10h+ päivät on tullu taas tutuiksi.

On tässä tullut taas todettua kuinka epäkiitollinen menetelmä Western Blot oikeastaan onkaan, varsinki ku on hankalat näytteet. Ensin teet vähintään 3 täyttä päivää töitä, parhaimmillaan koko viikon jos vaikka näytteet tarvitsee käsittelyä, ja vasta sen jälkeen tiedät oletko onnistunut. Ja jos epäonnistut niin et voi oikeastaan tietää varmasti missä meni vikaan. Ongelma voi olla missä vain välillä huono näytekäsittely tai liian pieni näytemäärä aina huonoon vasta-aineeseen tai epäonnistuneisiin kalvon pesuihin. Alkuviikon siis paiskit hommia ja sitte loppuviikosta oot vaan että FUUUUU ja teet seuraavalla viikolla saman uusiksi. True story. Tässä vaiheessa voin suositella Milliporen Amicon Ultra-filttereitä proteiininäytteiden konsentroitiin - ilman näitä ei ois mun westernit onnistunu millään.

Oman makunsa tähän soppaan on tuonut myös kaikki kivat pikku yllärit, jotka tulee puskista. Esimerkiksi se kun väitöskirjaopintoihin kuuluvan pakollisen etiikan kurssin ensimmäinen infomaili menee jotakuinkin näin :"Tervetuloa kurssille. Ensimmäinen essee pitää palauttaa viikon päästä, good luck!". Jep jep, en muutenkaa ollu suunnitellu tätä viikkoa jo täyteen... Voisin muutenki jaappasta tuosta etiikan kurssista vaikka kuinka paljo ja kyllä, aion antaa palautetta myös. Siinä on paljon pieniä ongelmia, jotka tuppaa ärsyttämään ku on muutaki tekemistä. Toinen asia, mikä aina pääsee yllättämään on apurahojen hakemiset. Pitää olla tosi skarppina koko ajan seuraamassa millo haut aukeaa ja sulkeutuu, tietää mistä löytää tämä tieto ja mille organisaatioille ja säätiöille nyt edes kannattaa laittaa hakemusta. Pitää alkaa tehä listaa itelle, että mitä vois hakea ja mihi aikaan haut on suunnillee että vois ees vähä ennakoida. Ei oo nimittäin kiva jos kovin monesti tulee uudestaan tämä tilanne, että kuulet maanantaina apurahasta, jota voisit hakea, mutta jonka haku sulkeutuu lauantaina. Been there, done that...

Valehtelin, löysin yhen kuvan speksistä. Kasa tai lähmyläjä on parasta. Kuvannut Lasse Rautio.

Mutta ei tämä pelkkää kurjuutta ja pitkiä päiviä ole ollut. Samaan aikaan on ollut mm. PahkiSpeksin näytökset (olin puvustamassa), Histonin lanit (aina parasta), Humppabileet (Tanssitautisten järkkäämät tanssit, jossa saa hyvää ruokaa ja on kiva tanssia). Ai niin ja onhan tässä ollu myös Kontinkankaan kampuksen Tiedepäivä ja Biocenterin järjestämä Biocenter-päivä. Näistä tuo Biocenter-päivä oli kyllä hyvä, koska mikä voi mennä vikaan jos teemana on Fifty shades of fat?!?! Oli kyllä taas nii-in hyviä puheita ja laajalta skaalalta, että oli koko päivän hyvä mieli ja vielä oikeastaan koko loppuviikonki. Erityisesti mieleen jäi puheet rasvasolujen ja syöpäsolujen yhteispelistä (koska liippaa läheltä omaa tutkimusta) ja siitä miten äidin ylipaino vaikuttaa epigenetiikan kautta myös lapsen aineenvaihduntaan ja painoon (ei ole siis ihan tuulesta temmattu huomio, että läskit äidit saa läskejä lapsia). Vielä jännempää oli se, että nämä huonot vaikutukset saa todennäköisesti poistettua lisäämällä liikuntaa ennen ja raskauden aikana (ei tietenkään ihan raskauden loppuaikana) - tärkeämpää on se että saa aineenvaihduntansa aktivoitua, koska silloin myös geenien luenta muuttuu ja lapsestasikin tulee terveempi. Painon ei siis tarvitse laskea kunhan olet aktiivinen eli kaikki ei ole menetetty vaikka ylipainoa olisi tulevalle äidille kertynytkin!

Jospa tää tästä helpottais pikku hiljaa, onneksi on pääsiäisviikko ja varmoja lomapäiviä.

Savonmua, Kuopijo, mualiman napa.

Ookko nää Oulusta?

Pelkääkkö nää polliisia? No periaatteessa, käytännössä en, mutta Oulun murre kuulostaa paljon tutummalle kuin Kuopion. Milloin lie tarttuupi täältä Savonmaalta murre? Eli siis jälleen on palattu jännän äärille ja käännetty uusi kappale elämässä, kun on muutettu työn perässä Kajaanista Kuopioon. Takana on jo 6 viikkoa töitä yritysmaailmassa, mutten aio kirjoittaa siitä sen enempää tässä, koska suuri osa energiastani on kulunut kämpän etsimiseen, muuttoon ja tavaroiden purkuun / normaaliin arkeen tottumiseen. Todettakoot vain, että olen tämän hetkisistä bloggareista ainoa, joka ei vielä ole päätynyt tekemään väitöskirjaa maisterin jälkeen, joten toivottavasti tämä asia tuo myös erilaista näkökulmaa tänne blogiinkin [ei sillä, että väikkärissä olisi mitään pahaa, huom!] :)

Työmatkan oikopolku äkkijyrkän rinteen kautta.

Voin kyllä rehellisesti kertoa, että en ole jaksanut töiden jälkeen tehdä paljoa mitään arkisin. Olen ollut väsyneenä ja aika on juossut hullunlailla. Viidennen viikon kohdalla alkoi tuntua, että jaksaisi jopa tehdä jotain muutakin ja tällä viikolla olen pari kertaa käynyt lenkillä ja saanut kaverin houkuteltua kylään. Ensitunnelmia Kuopiosta: Oulu on aina ollut mielestäni litteä, mutta Kuopio on sitten sitäkin muodokkaampi ja järvien ympäröimä! Tosin täältä olen vasta nähnyt tämän mäen missä itse asun...

Alkaa tuntua jo keväältä!

Palatakseni aiempaan Henun kanssa tehtyyn blogipostaukseen sosiaalisesta elämästä - olen kyllä onnekas, että Ninni asui jo täällä! <3 Varsinkin ensimmäisillä viikoilla helpotti suunnattomasti olla "adoptiossa" uuden työn alkaessa ja muutenkin asettuessa. Hyvin soluttauduin yhteen väikkärintekijöiden tapaamiseenkin Ninnin mukana tutustumaan ihmisiin ;) Toinen kiva Histoni-kytkös on omalta fuksivuodelta Johanna, joka on kerran kirjoittanut tähänkin blogiin (täällä). Hän oli nyt viikonloppuna käymässä Kuopiossa ja me nähtiin ja samalla tapasin hänenkin kavereita! Eli kiitos ihanille ex-histonittarille, kun olen päässyt vähän sosialisoimaan! ^^ 

Täällä Kuopiossa asuu myös muutamia entisiä lukiokavereita, joten täysin Histoni-riippuvainen en ole. Se on jännää, miten olen jo kahdesti ulkomailla joutunut etsimään uusia kavereita ja kerran Kajaanissa leventämään sosiaalista piiriä, niin nyt on jälleen uudenlainen asetelma mitä lähteä rakentamaan (ja myöskin pelottavin asetelma, koska työelämä ja suomalaiset...). Mutta ihmiset ovat mukavia ja avoimella mielellä pääsee pitkälle! Ja AINIIN! Myös eräs nimeltämainitsematon "patukki" kävi yhtenä iltana olemassa minun Kuopio-opas. Hän on Kuopiosta kotoisin ja me ollaan tavattu varmaan vuonna 2012 ekan kerran Oulun Luonnontieteilijöiden tapahtumien yhteydessä. Näin muutaman vuoden tauon jälkeen herra vei minut pilikselle :D Ajeltiin valehtelematta varmaan kolme tuntia ympäriinsä. Että kannattaa verkostoitua siellä yliopistomaailmassa ;) Lämpimät kiitokset patukillekin!

Loppuun vielä; näillä näkymin olen Kuopiossa vähintään syksyyn, joten seuraava kappale on omistettu Kuopiolle ja savolaisille;

Terveisiä histoneille, tulkaahan syksyllä exQulle Kuopijoon!
<3: Memmu

Ei ihka oma artikkeli, mutta kuitenkin: Krooniset muutokset Notch1 interaktomissa dentate gyruksessa aivovamman jälkeen

Viimeinkin!

Oma artikkeli antaa odottaa, mutta olen mukana ohjaajani artikkelissa, joka julkaistiin vasta. Nyt voin kerrankin kertoa mitä meidän ryhmässä on tehty!

Kyseinen artikkelli kantaa otsikkoa: 

Chronically dysregulated NOTCH1 interactome in the dentate gyrus after traumatic brain injury

Artikkeli julkaistiin PlosOne -lehdessä ja sen voi lukea täältä.

PlosOne on niin sanottu open access -lehti, eli se on maksutta kaikkien luettavana. Eli tätä linkkiä on kiva jaella tutuille kun kaikki pääsevät sen näkemään. Ajatteli, että aukaisen tähän artikkelia pääpiirteissään.

Mitä tutkittiin? 

 

Olen ryhmässä, jossa tutkitaan aivovammaa ja sen aiheuttamaa epilepsiaa. Tämä artikkeli lähti siitä, että meillä oli käytössä kaksi analyysia samoista näytteistä, jotka olivat rotan hippokampuksen osasta nimeltään dentate gyrus. Tämä osa on siitä mielenkiintoinen, että aiemmissa tutkimuksissa on huomattu, että sieltä kuolee soluja aivovamman jälkeen. Ensimmäisessä analyysissä oli katsottu, kuinka suuri joukko eri lähetti-RNA-molekyylejä ilmentyi, eli toisin sanoen, mitkä geenit olivat näytteenottohetkellä aktiivisia. Huomatkaa, näyte oli otettu kolme kuukautta aivovamman saannin jälkeen, joten kyseessä on krooniset muutokset (→chronically dysregulated). Toisessa analyysissa katsottiin samoista näytteistä microRNA-molekyylien muuttuminen. MikroRNA:t ovat lyhyitä RNA-molekyylejä, jotka säätelevät geenine ilmentymistä sitoutumalla lähetti-RNA:han ja estämällä sen käytön. Eli vaikka geeni itsessään olisi aktiivinen, mikroRNA saattaa estää sen käytön.  Yksi mikroRNA saattaa säädellä useampien geenien ilmentymistä, joten niillä todellakin voi olla suuri vaikutus solujen toimintaan.

Mitä löytyi?

Kun aivovamman saanieden eläinten näytteitä verrattiin kontorlleihin, joilla ei ollut aivovammaa, saatiin selville joukko geenejä, joiden aktiivisuus oli muuttunut. Viereisessä (ah, niin kauniissa) kuvassa on kromosomit uloimmalla reunalla, muuttuneet lähetti RNA:t vastaavilla kohdillaan sekä muuttuneet mikroRNA:t sisimpänä. Kuvassa punaisella on ne geenit, joiten määrä on lisääntynyt ja sinisellä joiden on vastaavasti vähentynyt.

Vaikka kuva onkin kaunis, siinä on niin paljon informaatiota, että siitä on vaikea sanoa mitään. Siksi analyysia jatkettiin käyttämällä ohjelmia (Ingenuity Pathway Analysis, GSEA, STRING), joilla etsittiin yhteyksiä muuttuneiden geenien välillä. Kävi ilmi, että muuttuneiden geenien joukossa oli joukko samaan reaktioreittiin kuuluvia molekyylejä. Tätä molekyylijoukkoa kutsutaan Notch interaktomiksi "pääproteiinin", Notch1:n mukaan (lisää Notch-proteiineista täältä). Alla olevassa naisellisen punaisessa kuvassa on muutama esiin noussut reaktioreitti, joista suurimpaan loppuartikkeli keskittyy.

Koska tässä tehdään oikeaa tiedettä, ei pelkkä bioinformatiikka riitä. Seuraavaksi näitä tuloksia validoitiin näyttämällä RT-qPCR:n ja ddPCR:n avulla, että Notch1 lähetti-RNA:n määrä on laskenut ja vastaavasti siihen sitoutuvan mikroRNA:n, miR-139:n määrä on laskenut. Notch1 määrän lasku saatiin näytettyä toteen, kuten alla olevasta kuvasta näkee (** tarkoittaa, että tulos on tilastollisesti merkittävä ja oikea 99% tarkkuudella. * on vastaavasti 95% tarkkuus). Valitettavasti ddPCR ei antanut miR-139:lle samaa tilastolllista merkittävyyttä, vaikka ns trendi olikin nähtävissä. Näin käy joskus, aina ei kaikki mene niinkuin haluaisi. Tässä yhteydessä pitääkin pohdiskella eri menetelmien tarkkuutta sekä sitä, mikä on ylipäätään mahdollista osoittaa nykyisillä menetelmillä. Nothc1:n määrän kasvu kuitenkin korreloi miR-139:n määrän laskun kanssa, joten oikeilla jäljillä varmasti oltiin.

Tämäkään ei riitä vielä tiedemaailmalle, joten seuraavaksi astuttiin askel edemmäs, eli katsottiin, miten Notch1-proteiinin määrä oli muuttunut. Tätä varten tehtiin immunohisotlogisia analyysejä eli kyseinen proteiini "merkattiin" aivoleikkeestä vasta-aineella. Tältä ne näyttivät:

Oikeassa artikkelin kuvassa on paljon muutakin, mutta tähän yksikertaisuuden vuoki vain Notch1 värjäys :) Eli ylhäällä vasemmalla on leike kontrollieläimeltä ja oikealla aivovamman saaneelta. Alhaalla on suurennus ylemmän kuvan neliöstä. Notch1-proteiini näkuu tumman ruskeina pisteinä, joita on aivovamman saaneella enemmän.

Mitä jäi käteen?

Niin kutsuttu Notch-signaalireitin aktivoituminen on aiemmin yhdistetty muun muassa synapsien muokkautuvuuteen (synaptic plasticity), aivojen korjausmekanismeihin ja verisuonten muodostumiseen. Vastaavasti reaktioreitin vaimentuminen voidaan yhdistää erilaisiin aivovamman aiheuttamiin haittoihin, kuten epilepsiaan, masennukseen ja muistiongelmiin (lähteet: artikkelissa viitteet numeroilla 61-74). Joten tässä löydettiin taas yksi palapelin palanen oikeaan paikkaan. Kyyninen huomautus: kukaan ei tiedä montako palaa kyseisessä palapelissä on tai mitä kuva esittää, mutta hei, tällaista tiede on.

Tällaista tällä kertaa. Nyt kun saisi vielä oman artikkelin ulos...

-Ninni

Ristipistot - käsitöiden mikroskooppinen harrastus

Koska oma tekele muistuttaa tällä hetkellä lähinnä krapulaista kaalinpäätä (koska akuutti lankavaje iski), niin keräsinpä tähän inspiraatioksi muillekin käsityöintoisille biokemia- ja tiedefaneille sopivia ristipistomalleja. Kuvista suurin osa on Etsystä tai Pinterestistä, erinäisiltä käyttäjiltä.

Helpoimmasta päästä ovat tietenkin erilaiset yksinkertaiset molekyylit ja paljon tekstiä sisältävät mallit. Miten olisi vaikkapa tämä "vain hyviä fiboja"-serotoniinimolekyyli, perinteinen DNA-ketju tai vielä legendaarisempi ristipistotyölausahdus "Home sweet home" biokemistin silmin? Näistä on hyvä aloittaa kun akuutti ristipistointo iskee, koska mallit ovat nopeita toteuttaa etkä tarvitse kymmeniä eri sävyjä samasta väristä.

Mikrobiologiasta kiinnostuneiden iloksi vaikuttaisi siltä, että hyvin suuri joukko erilaisia bakteereja, viruksia, hiivoja ja sieniä on jo saanut ristipistomuotonsa. Etsy on noita ohjeita (ja valmiita tekopakkauksia!) aivan pullollaan joten sieltä vain kaivelemaan! Söpöjäkin ovat ku mitkä.

Lisäksi netistä löytyy valtavasti ristipisto-ohjeita erilaisiin planettoihin ja taivaankappaleisiin liittyen, kymmeniä variaatioita alkuainetaulukosta (tai sen avulla muodostettuja sanoja, esim. kuparin ja telluriumin yhdistelmä CuTe) sekä anatomisesti korrekteja sydämiä ja muita ruumiinosia. 

Mutta yleisesti ottaen olin vähän pettynyt, koska löysin jotenkin todella vähän sellaisia malleja, joista ois tullut heti se tunne, että niitä on pakko päästä tekemään. Ainoa "WOW"-efekti oli mustalle pohjakankaalle monivärisellä langalla tehty hermosolu, josta en ny löydä kuollaksenikaan kuvaa. Kuvitelkaa siis alla oleva malli mustallapohjalla ja sini-violetti-punaisella langalla tehtynä (saattoi siinä ehkä olla vielä jotain kimallettakin mukana, hmm-m...).

Vihdoin jotain kivaa

Koko viime syksy oli aika rankkaa ja viimeisimmät postaukseni ovatkin olleet aika negatiivissävytteisiä. Anyway, tammikuun aikana alkoi pikkuhiljaa tuntua, että alan hieman kotiutua Tukholmaan :)

Vaikka harmitti aika kovasti, kun Tukholman paras kaveri muutti takaisin toiselle puolelle maapalloa, niin on silti tuntunut, että täällä on alkanut olla aika mukavaa. Uskon, että tämä saattaa osittain johtua myös siitä, että näen taas joka päivä auringonvaloa, millä on ihan piristävä vaikutus. Lisäksi olen alkanut jälleen käymään uimassa ja olin unohtanut, miten hauskaa se on. Ei ole tullut juurikaan uitua sitten sen jälkeen kun joskus 12 tai 13 vuotiaana lopetin uintiharrastuksen.

Olin tammi-helmikuun vaihteessa Cambridgessa European Bioinformatics Instituten (EMBL-EBI) järjestämällä Data Visualisation kurssilla, joka kesti viisi päivää. Aihe oli ihan älyttömän mielenkiintoinen ja opin tosi paljon. 

Lensin Englantiin jo aiempana viikonloppuna ja vietin lauantaina ja sunnuntain Lontoossa, jossa minun oli tarkoitus hengailla erään väikkäriopiskelijan kanssa, johon olin vähän tutustunut (nyt kutsuisin jo kaveriksi), mutta nähtiin loppujen lopuksi vain muutaman tunnin ajan, sillä tämän mummo oli kuollut paria päivää aikaisemmin ja hän joutui lähtemään hautajaisiin. Tapasin kuitenkin sitten toisen väikkäriopiskelijan, joka oli tämän aiemmin mainitun työkaveri ja vietettiin hauska päivä Sherlock Holmes museossa ja nähtävyyksiä katsellen.

Hienoa katutaidetta Brick Lanella

Lähdin sunnuntai-iltapäivällä kohti Cambridgea ja huomasin jonkin ajan kuluttua, kun olin odotellut bussia sateessa, että kampus, jossa kurssi järjestettiin oli tosi eristyksissä Cambridgesta, eikä sinne kulkenutkaan joukkoliikennettä sunnuntaisin.  Pääsin loppujen lopuksi perille taksilla ja tapasin muutaman muun kurssilaisen.

Paras kuva ikinä

Oli pakko kokeilla ilmaista suihkumyssyä. Huomatkaa myös Histoni t-paita.

En sen tarkemmin viitsi kopioida kurssin sisältöä, mutta aiheesta kiinnostuneille voin suositella Munzner: Visualization Analysis & Design -kirjaa. Mielelläni suosittelen kurssia myös mikäli se järjestetään myös ensi vuonna erityisesti, jos joku työskentelee bioinformatics tai big data juttujen parissa :)

Terkuin, Henna

P.S: Kevät tulee!!

Genome Campus, Hinxton