Biokemistin kesävinkit

Kesätyövinkki ensi vuodelle!

Ensi viikolla käydään vähän läpi mitä biokemistejä (ja miksei muitakin) kiinnostavia asioita kesän aikana voi tehdä/nähdä eri paikoissa. Näin kesä-prologina kerrottakoot "asiantuntevasti" (eli allekirjoittanut ei ole itse käynyt tämmöisellä, mutta mikä käsitys on jäänyt...) hyvä vinkki kansainvälistä vaihtoa pohtivalle, mutta ei kurssien eikä gradun teon merkeissä. Tämä siis jatkona aiemmalle kesätyövinkki-postille.

Btw, kv-harjoitteluunhan pääsee myös aika mukavasti Erasmus+-tuen avulla EU:n sisällä, mutta itse aiheeseen eli eri yliopistoilla ja ainakin isommilla tutkimusintituuteilla on yleensä järjestetty kansainvälinen summer school, jonne koetetaan saada parhaat/lahjakkaimmat/ahkerimmat perustutkinto-opiskelijat (undergrads). Järjestäjien lehmänä ojassa on mainostaa omaa organisaatiotaan ja luoda suhteita mahdollisiin tuleviin väitöskirjan tekijöihin, sekä heidän kauttaan näiden kotiorganisaatioihin. Samalla he myös saavat suhteellisen halpaa työvoimaa edistämään tutkimusta kesäajalle. [Toim. huom. tämä on allekirjoittaneen oma mielikuva!]

No mikä ihme summer school sitten on?

Summer school on yleensä n. 6-10 viikon mittainen harjoittelujakso, jolloin vastaanottava instituutio hankkii asunnon (ei maksa vuokraa, saattaa olla solu), tarjoaa oheisohjelmaa ja, tärkeimpänä, myöntää stipendin kansainväliselle opiskelijalle, jotta tämä pystyy tulemaan tekemään tieteellistä tutkimusta heille. Näihin summer schooleihin täytyy hakea ajoissa (kuten yleensäkin kesätöihin) ja hakuajat saattavat olla aiemman vuoden marraskuulta saman kesän tammi-maaliskuulle asti. [Kannattaa tehdä se tieteellinen CV ja pyytää vaikka jonkun kurssin vetäjää suosittelijaksi!] Itse summer school saattaa ajallisesti sijoittua heinä-lokakuulle, sillä eri maissa vietetään kesälomakuukausia eri aikoihin (esim. Saksassa talvilukukausi alkaa lokakuussa ja kesälukukausi maaliskuussa). Ensisijaisesti yleensä näihin summer schooleihin haetaan maisterivaiheen opiskelijoita, sillä heillä on jo hieman laboratoriokokemusta. Mutta yrittänyttä ei laiteta ja jo aiemmin voi hakea!

Itse kuulin ensimmäisen kerran summer schoolista Wienissä: http://www.vbcphdprogramme.at/summer-school/ , mutta tiedän, että Oulusta on lähdetty myös Heidelbergiin syöpätutkimuksen pariin: http://www.dkfz.de/en/phd-program/Internship.html . Näin esimerkkeinä, noita eri vaihtoehtoja löytyy kyllä helposti hakemalla esim. "international summer school molecular biology".

Huomaa, että vinkkaaja tykkää Saksasta ja Itävallasta :D Otetaan sen kunniaksi kaksi Wienin kuvaa:

Hunndertwasserhaus

Steiermarkt

Liebe Grüβe,
Memmu

Ninnin seikkailut Amsterdamissa

Nokkelimmat varmaan huomaa, että Krista on kirjoitellu viime aikoina enemmän ja Ninni vähemmän. Mutta tälle on hyvä syy! Olen nimittäin ollut kaksi viikkoa iloisessa Amsterdamissa!

Kun kerroin lähipiirilleni, että lähden Hollantiin, sain vastaukseksi laajan kirjon kannabis-aiheisia vitsejä. Lukijoille terveisiä, että vielä ei ole tutkijan työ käynyt niin raskaaksi, että menisin kahdeksi viikoksi syömään taikakakkuja ulkomaille. Ihan työasioissa olin liikkeellä.

Olen tainnut mainita sysyn aikana, että yksi menetelmä ei lähtenyt toimimaan? Ryhmänjohtajamme bff pitää omaa ryhmään Amsterdamissa sairaalan patologian laitoksella ja he ovat saaneet menetelmän toimimaan. Totesimme, että on helpompaa ja halvempaa lennättää minut Amsterdamiin kuin hakata päätä seinään täällä Suomessa. Joten eikun matkaan!

02.05.2016 klo 03.30 Suomen aikaa

Vaikka olenkin aamuihminen, ensimmäisen lento Kuopiosta Helsinkiin lähtee vähän turhan aikaisin. Jos lento lähtee kello kuusi, package drop suljetaan vartin yli viisi joten matkaa täytyy lähteä meiltä kotoa puoli viisi. Terveisiä Kuopion liikenteelle: lentokentälle saisi mennä bussi myös aikaisin aamulla.. Onneksi on taksit.

Helsingissä nousen lyhyen odottelun jälkeen Amsterdamin koneeseen. Yllättäen minua tullaan tervehtipään lähtöportilla: muita tutkijoita AIVI:lta. Ilmeisesti Rotterdamissa järjestetään jokin konferenssi täsmälleen samaan aikaan minun reissuni aikana.

02.05.2016 klo 11.30 Amsterdamin aikaa.

Saavun Amsterdamiin ja koetan epätoivoisesti muistella miten pääsen lentokentältä sairaalalle. Kaikki tekstit ovat hollanniksi, mutta onneksi pääasiat ymmärtää saksan ja ruotsin pohjalta ja virkailijat puhuvat hyvää englantia. Harmi vain junat ovat puoli tuntia myöhässä, joten joudun laittamaan pahoitteluviestiä professorille.

Perillä sairaalalla yritän tavata vahtimestarille ensin professorin nimeä, sitten omaani ja lopulta näytän molempia nimiä kännykästäni. Vaksi solkottaa jotain puhelimeen ja kohta minua tulee hakemaan huvittunut professori. Ilmeisesti vahtimestari sanoi kutakuinkin "Täällä on jokin ulkomaalainen, jonka nimeä en osaa lausua".

Amstelveen kauniita maisemia.

Loppupäivän hengaan muiden ryhmäläisten kanssa. Teknikko, jonka piti opettaa minulle menetelmiä, on flunssassa. Lounaalla yksi intialainen houkkutelee minut juomaan lounaalla karnemelk:iä. Muut varoittavat että se on kamalaa tavaraa. Paljastuu, että kyseessä on eräänlainen laiha piimä. Kyllähän tätä juo.

Iltapäivällä matkaan majapaikkaan. Eksyn pahasti ja lopulta luovutan ja otan taksin. Majoitun B&B paikkaan, jota pitää keski-ikäinen pariskunta. Ihastuttava paikka. Vinkvink, jos menette Amsterdamiin: https://www.bedandbreakfast.nl/

Ostan iltapalaa läheisestä ostoskeskuksesta. Mansikat ovat superhalpoja. Omnom.

03.05.2016

Saan majapaikasta käyttööni pyörän. Yllä oleva kuva on työmatkaltani. Odotin jotain hieman urbaanimpaa. Matkaa on kymmenen kilometriä, mutta se taittuu äkkiä, sillä tiet ovat hyvät ja maasto äärimäisen tasaista. Hollanti on ehdottomasti pyöräilymaa. Matkalla näkee kaikkia ihmistyyppejä pienistä koululaisista pukumiehiin. Traumatutkijana minua kauhistuttaa, että KUKAAN ei pidä pyöräilykypärää.

Teknikko, jonka piti auttaa minua, on edelleen kipeänä. Hengaan kahden post-docin kanssa ja valmistelen seuraavaa päivää.

04.05.2016

Pääsen vihdoinkin asiaan. Oho, onko tämä tosiaan yhden päivän juttu? Täh, toimiko se heti kerralla?

05.05.2016

Amsterdamissa juhlitaan tänään Vapautuksen päivää, joten ihmisiä on paljon liikkeellä. Edellisenä lauantaina juhlittiin kuninkaan syntymäpäiviä, mutta sää oli kuulema ikävä, joten ihmsiet juhlivat nyt senkin edestä. Päätän lähteä Amsterdamin keskustaan katsomaan juhlahumua.

Käyn Anne Frankin talon edessä vain todetakseni, että en koe sitä vaivan arvoiseksi. Lipun etukäteen varanneetkin jonottavat yli puoli tuntia suorassa auringonpaahteessa.

Kuuluisalla kukkatorilla myydään aloittelijan pakkauksia kannabiksen kasvatukseen. En kehtaa kuvata. Harkitsen tulppaaninsipuleita, mutta en ole varma tullin rajoituksista.

Päivän lopuksi päädyn Van Gogh museolle. Yleensä kun näkee kuuluisan maalauksen oikeasssa elämässä, tulee pieni pettymys. Ei tällä kertaa. Van Gogh <3

Tunneli lähellä museokorttelia. Joukko nuoria soitti klassita musiikkia ohikulkijoille.

Kyllä, tuolla kuljetetaan lapsia. Ilman kypärää...

06.05.2016

Kokeilemme samaa menetelmää eri tyyppisillä näytteillä. Tällä kertaa ei mene niin hyvin. Noh, tällaista sattuu.

07.05.2016

Viikonloppu! Lähden käymään Body World -museossa. Lyhyt selitys tietämättömille: ruumiita. Oikeita ruumiita.

08.05.2016

Herään hirveään kurkkukipuun. Minua varoitettiin ensimmäisenä päivänä Alankomaiden säästä. Kostea ja kuiva sää vuorottelevat naurettavaan tahtiin. Aamulla on kirpeä kuiva ilma, pari tuntia myöhemmin tuntuu kuin kävelisi saunassa.

09.05.2016

Ryhmän viikkopalaveri. Pidän lyhyen esityksen työstäni. Taisin yksinkertaistaa vähän liikaa, mutta ainakin kaiki ymmärsivät.

10.05.2016

Samaa menetelmää uudella twistillä. Kaikki toimii. Olo alkaa olla aika optimistinen.

11.05.2016

Tänään on seminaaripäivä! Menen kuuntelemaan paikallisten "Maisteriseminaaria". Luulin että kyseessä on Pro Gradun esitelmöinti, mutta esittelijät ovatkin eri vaiheiden väitöskirjatyöntekijöitä, jotka harjoittelevat työnsä esittelyä. Vierailevana arvostelijana on eräs yhdysvaltalainen tutkija. Kävelen hänen ja isäntä-ryhmän professorin kanssa  sairaalan läpi seminaarihuoneelle. Minua huvittaa ero suomalaisen, hollantilaisen ja yhdysvaltalaisen puhekulttuurin välillä. Siinä missä suomalainen voi kävellä kilometrejä aivan hiljaa ja hollantilainen ymmärtää ajoittaisen hiljaisuudfen, on yhdysvaltalaiselle täysin mahdotonta pysyä hiljaa kävellessä. Joten sain kuunnella kommentteja käytävistä, hissistä, portaista ja väliovista. "Fantastic bridge".

Maisteriseminaarit ovat mielenkiintoisia. Parhaiten mieleen jäi väitöskirja joka käsittelee varhaisiän traumojen vaikutusta myöhemmin kehittyvään muistisairauteen.

12.05.2016

Majapaikan perheen kaksi poikaa tulevat kotona käymään. Yllätyksekseni minut kutsutaan mukaan pitsalle. Menemme ihastuttavaan italialaiseen ravintolaan, jota pitää stereotyyppinen pieni italiailainen mies. Söin elämäni parhaan Quatro Stagionen ja illan lopuksi ravintolan omistaja tarjoaa vodkashotit.

13.05.2016

Viimeinen päivä kuluu tavaroita kerätessä ja iltaa odotellessa. Saan pienen paniikikohtauksen kun myöhästyn junasta, mutta huomaan että toinen menee kaksi minuuttia myöhemmin. Huh!

 Varoitus kaikille: Amsterdamin lentokenttä on sekava ja Finnairin portit on syrjäisimpään mahdolliseen kolkkaan. Portilla huomaan, että kaikki muut koneessa olijat tulevat jostain siivoojien maailmankokouksesta.

Yhdentoista maissa illalla odottelen Helsinki-Vantaalla konetta Kuopioon. Meinaan nukahtaa, joten kävelen ympyrää lähtöportin lähellä. Näin Floor Jansenin! Ja miehen, joka näyttti ihan joulupukilta! Ja Timo Soinin doppelgängerin! En myöskään voi olla miettimättä miksi kuuden saksalaisen porukka on menossa Kuopioon tähän aikaan vuodesta....

14.05.2016 klo 00.30

Laskeudumme onnellisesti Kuopioon. Kuopion lentoasema on kivan pieni, joten voin kirmata koneelta terminaaliin ja saan laukkuni melkein ovelta. Meinaan itkeä kun on niin kotoinen olo <3

-Niina

Voikohan tää toimia?

No, kokeillaan!

Tyäret oli kiireisiä ja minä luovalla päällä, joten tän keskiviikon kunniaksi on tarjolla kevyttä ristikkoherkkua biokemiallisilla sanoilla. Suunnittelin vähän jotain tän tyyppistä mahdolliseen biokemia-aiheiseen geokätköön ;) (Koska pitäähän sen nyt mysteerikätkö olla eikä mikään perinteinen).

Alla on siis etsi sanat-tyyppinen ristikko, johon on piilotettuna 10 biokemiaan liittyvää englanninkielistä sanaa. Sanat voivat olla ihan mihin suuntaan tahansa (ylhäältä alas ja vice versa, oikealta vasemmalle ja vice versa sekä vinottain). Kertokaapa kommentteihin montako löytyi ja tuntuiko vaikealta, oikeat sanat paljastan myöhemmin. (Älkää huoliko jos tuntuu ihan uskomattoman hankalalta, en meinannut itsekkään löytää kaikkia vaikka tiesin sanat :D).

Enjoy.

Rasvaa sateenkaaren väreissä

Tässä taannoin oli taas niitä päiviä toimistolla, että puhutaan vähän kaikesta maan ja taivaan väliltä more-or-less tieteelliseen sävyyn (oikein hyviä päiviä siis). Puhuttiin myös läskistä eli siis rasvakudoksesta ja lopulta piti alkaa virkistämään muistia Google-sedän avulla siitä, että mitä kaikkea tähän rasvakudokseen ja sen aineenvaihduntaan nyt taas liittyikään. Samalla tulin huomanneeksi, että muistamieni ruskean ja valkoisen rasvan lisäksi on olemassa myös pinkkiä ja beigeä rasvakudosta. Tä?

Kerrataampa...

Valkoinen rasvakudos siis sisältää adiposyyttejä, joissa on yksi iso rasvarakkula keskellä, tuma painautuneena solun reunaa vasten ja useita huonosti kehittyneitä soluelimiä. Histologisissa leikkeissä ne näyttävät ontoilta ja läpinäkyviltä, koska leikkeiden käsittely liuottaa solun sisällä olevan rasvan jättäen näkyviin vain sen solukalvot ja soluelimet. Valkoinen rasvakudos on niin sanottua varastorasvaa, koska sen tärkein tehtävä on tarvittaessa varastoida ja vapauttaa rasvahappoja muiden solujen energiaksi.

Pienempi ruskea rasvasolu taasen sisältää useita rasvarakkuloita ja sen pääasiaallinen tehtävä on lämmönsäätelyssä. Ruskeaa rasvaa esiintyy lähinnä vastasyntyneillä, mutta myös pienessä määrin aikuisilla (esimerkiksi aortan ympärillä). Ruskeassa rasvakudoksessa on myös paljon hermosoluja ja verisuonia sekä ruskeissa adiposyyteissä uncoupling protein 1 (UCP-1)- proteiinia, jonka avulla nämä solut voivat tuottaa lämpöä lämmönsäätelyä varten.

Ruskeaa ja valkoista rasvaa, kuva Developmental Biology Interactive-sivustolta.

Rasvakudosta on ihmisellä kahdenlaista: ihonalaista ja elimiä ympäröivää (ns. vatsarasva). Molemmissa kudostyypeissä on sekä valkoisia että ruskeita adiposyyttejä - ei voida sanoa että tietyt rasvasolut olisivat vain yhdellä alueella kehossa. Tämä näkyy rasvakudoksen muuntautumiskyvyssä: valkoinen rasva voi muuttua ruskeaksi esimerkiksi kroonisen kylmäaltistuksen aikana, jonka jälkeen se voi taas muuttua takaisin valkoiseksi rasvaksi kylmäaltistuksen loputtua. Kätevää.

Ja sitten se pinkki ja beige?

Pinkkiä rasvakudosta on löydetty tähän mennessä vain hiiriltä. Sen rooli on myös hyvin spesifinen ja tärkeä, sillä sitä esiintyy vain naarashiirillä  imetyksen aikana ja silloin sen rooli on tuottaa ja erittää maitoa. Raskauden aikana ihonalaisen rasvakudos pikkuhiljaa korvaantuu maitotiehyeillä, jotka muodostuvat lipidejä sisältävistä epiteelisoluista, jotka ovat todennäköisesti peräisin valkoisesta rasvakudoksesta. Elintasolla tämä maitoa tuottava rasvakudos on väriltään pinkki, mistä sen nimityskin tulee.

Beige rasvakudos on vielä verrattain uusi tuttavuus eikä sen syntyä tai merkitystä ihmiselle vielä täysin ymmärretä. Sitä on löydetty kuitenkin sekä ihmisiltä että hiiriltä valkoisen rasvakudoksen seasta ja se vaikuttaisi olevan jonkinmoinen ruskean ja valkoisen rasvan välimuoto (ainakin näin nopealla vilkaisulla). Sillä on  valkoisen rasvan tapainen matala UCP-1-proteiinin taso normaalitilassa, mutta ärsykkeen (esim. cAMP) saatuaan se alkaa kyllä tuottaa UCP-1:stä. Beige rasvaa tuottaa myös täysin valkoisesta ja ruskeasta rasvasta poikkeavia proteiineja.

Ruskean ja beigen rasvan eroja, lähde Giordano et al. 2014.

Jos kiinnostaa niin kannattaa lukea seuraavat katsaukset (eli lähteeni):

Harms M & Seale P (2013) Brown and beige fat: development, function and therapeutic potential. Nature Medicine 19, 1252-1263.

Giordano A, Smorlesi A, Frontini A, Barbatelli G & Cinti S (2014) White, brown and pink adipocytes: the extraordinary plasticity of the adipose organ. European Journal of Endocrinology 170, 159-171.