Memmun 1. vuosipäivä

Suurennuslasin alla suhteeni BioPeopleen

Ensimmäisen vakkaritekstini kirjoitin 6.8.2015. Eli melkein vuosi sitten. Kuitenkin, koska olen tuolloin reissussa, herkistelkäämme kulunutta vuotta jo nyt ja muistelkaamme taaemmaskin.

Blogi on ollut olemassa jo 2 vuotta! Muistan, kun aluksi seurasin tyttöjen kirjoituksia vierestä ja innoissani tarjouduin kirjoittamaan muutaman vieraskynä-tekstinkin. Halusin panostaa teksteihin ja viilasin niitä rauhassa ajan kanssa (vaikkei ehkä tuloksesta näy :'D). Blogi ehti täyttää vuoden ilman minua. Sitten, kun elämässä piti tulla rauhallisempi ajanjakso eli kotiutuminen Suomeen niin uskalsin sitoutua. Siitä on nyt vuosi. Vaan kuten aina sitoutuessa, alkaa toista salakavalasti pitämään jossain vaiheessa vähän selvyytenä eikä muista panostaa. Tällöin on hyvä ottaa etäisyyttä ja palata miettimään mistä alunperin innostui ja mitä toinen antaa itselle.

Minä innostuin BioPeople-blogista kahdesta syystä: 1) se oli hyvä väylä jakaa neuvoja nuoremmille biokemian opiskelijoille/opiskelua harkitseville ja 2) se oli hyvä väylä popularisoida tiedettä kanssaihmisille. Nyt itseä on harmittanut, kun ei enää näe opiskelijoita, niin ensimmäinen syy on laantunut. Olisi hyvä, jos blogiin saisi nuorempaa näkökulmaa mukaan, varsinkin kun kuviot tuppaavat muuttumaan - katsotaan saadaanko jotain kehiteltyä tämän eteen ;)

Toinen yllä mainittu syy elää yhä, mutta kiinnostavia aiheita on liikaa ja aikaa liian vähän paneutua kunnolla. Itse aina haluan tupla tai tripla varmistaa asiat ennenkuin alan niitä totuuksina laukomaan ja tämä kuluttaa hermoja. Tästä syystä monesti olen ajatellut kirjoittavani asiapitoista tekstiä kuten melatoniinista, mutta ajan vähyyden nimissä päätynyt kevyempiin kirjoituksiin kuten iskurepliikit. Välillä on tullut välimuotoa hajujen aistimisesta, humoristisella otteella.

Yksi uusi motivaation lähde voisi olla toiveet meidän pieneltä lukijakunnalta. Millaisia asioita ihmiset haluavat lukea? Itse koen blogin rikkaudeksi kirjoittajien erilaiset persoonat ja tutkimuskohteet. Toisaalta yhteisiä mielenkiinnonkohteitakin löytyy, kuten vaikka työelämä. Vaan täytyy todeta, että vaikka välillä (varsinkin kesällä) tulee unohdeltua asioita eikä tietokoneella kirjoittaminen nappaakaan ihan kympillä, niin aika hyvin ollaan kerran viikkoon saatu teille jotain lukemista. :) Kyllä minä koen, että tämä blogi porskuttaa omalla painollaan eteenpäin ja tänne mahtuu sekä tiukkaa tieteellistä settiä että vitsikkäistä postauksia. Aina välillä pelkät kuulumisetkin ovat kivoja - minne elämä vie Oulusta/Oulussa biokkeja.

Loppuun vielä analyysi omista aiheista (yhteispostit jätetty pois laskuista, n=13):
*Vieraskynät 23,1 %
*Asiapitoista 46,2 %
      , joista työelämä 15,4 %
      , ja muu asia 30,8 %
*Puoliviihde 15,4 %
*Höpöhöpö-posti 15,4%

Onnistumisprosentti ___%? You decide. Olen melkein puolet ajasta pysynyt omasta mielestäni asialinjalla, jee! Kohti seuraavaa yhteistä vuotta <3
LG, Memmu

Henun Back to Stockholm -kuulumiset

Kävi sillä tavalla, että lähdin viime kesäkuussa takaisin Tukholmaan, mutta tällä kertaa vähän pidemmäksi aikaa. Aloitin nyt tohtoriopiskelijana, mutta käytännössä gradulaisena, eli teen lopputyön Oulun yliopistoon Karolinskassa ja valmistun sitten joskus suunnilleen vuoden päästä maisteriksi.

Paluu Tukholmaan on ollut jollain tavoin helpompi, kun tunnen sieltä muutaman ihmisen entuudestaan ja työpaikka on jo tuttu, mutta sanoisin silti, että tämä kesäkuu on tuntunut paljon vaikeammalta, mitä viimevuonna. Isoin juttu on se, että tiedän etten nyt ole palaamassa Ouluun parin kuukauden päästä ja en voi ohittaa kaikkia ongelmia ainoastaan olankohautuksella ja sillä, että tämä on nyt vain väliaikaista. Elämästä voi oikeasti tulla kurjaa, jos en saa ketään kavereita ja on stressaavaa hoitaa kaikkia byrokraattisia juttuja, kuten ID-kortin hankkimista sekä pankkitilien availua. Arkirutiinit on vielä vähän hukassa, kun kaikkeen menee enemmän aikaa, mitä kuvittelen ja yhtäkkiä on jo ilta. Uskon tosin, että pian alkaa helpottamaan.

En voi kuitenkaan sanoa, että minulla olisi ollut mitenkään kurjaa Tukholmassa. Kaupungissa on vielä paljon museoita ja muita paikkoja, joita en ole ehtinyt näkemään. Olen myös viettänyt paljon aikaa yhden maisteriopiskelijan kanssa, joka on samassa ryhmässä minun kanssani. Töissä on muutenkin ollut kivaa, vaikka pieleen menneet kokeet välillä ärsyttääkin. Olen nyt pitänyt pikkuisen kesälomaa ja vieraillut Oulussa, mikä tuli kyllä tarpeeseen :) Lupaan laittaa kuvia ensikerralla (oli pakko ostaa uusi puhelin, että voin pelata Pokemon Go:ta enkä ole vielä saannut siirrettyä vanhoja kuvia).

Ninnin matka tietokonenörtiksi alkaa

Nörttiyden ulkoisia merkkejä. Check.

Viimeisen vuoden aikana minulle on usein iskenyt riittämättömyyden tunne. Tämä ei liity siihen, että minulla menisi töissä jotenkin huonosti tai että olisin hukkumassa töihin. Ei, minusta vain tuntuu siltä että aivojeni kapasiteetti ei yksinkertaisesti riitä siihen mitä haluaisin tehdä. Minulla on käytettävissäni valtava määrä tietoa, mutta ymmärryskykyni ei riitä muodostamaan kokonaiskuvaa siitä. Ainakaan siinä määrin kuin minä haluaisin. Juteltuani työkaverini kanssa päädyimme toteamaan, ettei kenenkään ihmisen pääkoppa riitä siihen mitä yritämme tehdä.

Hieman masentava alustus, vai mitä?

Itse en antanut tämän lannistaa. Pelkkä kynä ja paperi ei ole enää vuosikymmeniin riittänyt. Sitä varten meillä on tietokoneet!  Suomessa olemme siitä onnekkaita, että kenenkään projekti ei ihan heti kaadu laskentatehon puutteeseen. Yliopiston tutkijat saavat käyttää ilmaiseksi CSC:n (ent Center for Scientific Computing, nyttemmin Tieteen tietotekniikan keskus) ylläpitämiä tietokoneklustereita. Lisäksi täällä Kuopiossa on Bioinformatiikkakeskus, jonka palveluista täkäläiset voivat käyttää (ironista kyllä, tätä kirjoittaessa en löytänyt heidän nettisivujaan. Lienevät vielä uudistusten kourissa).

Energiajuomaa. Check.

Joten laskentatehoa löytyy, mutta mitä ajan takaa? Tutkimukseni käsittelee monimutkaisia epigeenettisiä ilmiöitä, jotka aivovamma aiheuttaa aivoissa. Haluan yrittää hahmotaa, miten ulkoinen fyysinen tekijä voi muuttaa aivojen biokemiaa niin että potilaalle alkaa kehittyä ns sekundaarisia vaivoja (kirjoitin niistä aiemmin täällä). Tällä hetkellä voimme havannoida lopputulosta useilla eri menetelmillä, käyttäytymistesteillä, immunohistologialla, MRI kuvantamisella, eri molekulaarisilla emnetelmillä jne, mutta näistä saamme vain hajatietoa.  Minä haluaisin tietää miksi ja miten asioita tapahtuu, mutta tämän hetken taidoillani en kykene seulomaan tästä valtavasta informaationmäärästä sitä olennaista.

Vaikka naivi nuori tutkija olenkin, en sentään usko ratkaisevani tätä kaikkea yksin. Minulle riittää jos pystyisin hahmottamaan edes pienen osan siitä mitä tapahtuu. Tätä varten minun täytyisi kuitenkin hallita tietokoneiden käyttö paremmin kuin nyt.

Ylimäärin näyttöjä. Check.

Joten tuumasta toimeen. Kuluvan kesän tavoiteena on opetella ohjelmoinnin alkeita. Aloitin python-ohjelmointikielestä, koska useat ihmiset vinkkasivat että se on aloittelijaystävällisin. Opettelussa käytän apuna kaverilta saatuja ohjelmointikurssin materiaaleja, sekä sivustoa nimeltään learnpython.org. Jälkimmäinen varsinkin yllätti positiivisest. Ohjelmoinnista on ehkä turhaan tehty hirveä mörkö. Kyllähän tämä vaatii kärsivällisyyttä ja pitkää pinnaa, mutta enköhän minä tämänkin opi! Kesä huipentuu elokuussa järjestettävään Machine Learning -kurssiin, mutta siitä sitten myöhemmin enemmän.

Joten tästä se lähtee.

Hello world!

-Ninni, The Wannabe Nerd

Labrakuulumisia

Hei kaikki!

Ajattelin pitkästä aikaa päivitellä vähän työuutisia kun niistä ei ole tullut taas hetkeen praatattua. Tässä siis tiivistetysti mitä tässä olen kevään ja kesän alun hommaillut.

Kirjotus- ja laskuhommia

Välillä syödään! Brunssi med tutkimusryhmä.

Olen kirjoittanut melkein päivittäin jotain, mutta systemaattinen katsausartikkeli ei ole kyllä juurikaan edennyt. Ihan siitä syystä, että, ylläri pylläri, olen kirjoittanut aivan kaikkea ja muuta.  Muunmuassa kymmenkunta labraohjetta itselle ja muille, yhtä manuskaa (siitä lopuksi), hakemuksia, labrapäiväkirjaa ja ison läjän maileja. Tällä hetkellä tuntuu, että kaikki muu etenee, mutta ei tuo syst. revari.

Olen myös päässyt tutustumaan SPSS-ohjelmaan (IBM:n tekemä tilasto-ohjelma), tai vaihtoehtoisesti joutunut. Tunne on sama kuin silloin kun kokeilin ensimmäisen kerran Exceliä: Aina alun "Ei mitä helvettiä, miten tän on tarkotus toimia..."-ajatuksista siihen "JES!"-huudahtukseen kun oikeesti saat tehtyä sen mitä pitikin ja vielä ymmärrät, että miten teit sen. Ja analyyseja sataa tulemaan (yleensä SPSS tekee enemmän analyyseja kuin halusit ja tulee valinnanvaikeus). Ainoa mitä SPSS:llä ei kyllä välttämättä kannata tehdä on kuvaajat, koska... no, on ne nyt vaan kämäsiä. Näyttää siltä kuin olisivat tehty kultaisella 80-luvulla.

Labrakokeita

Kevään aikana olen päässyt taas labrahommienkin makuun. Olen jonkin verran tehnyt ihan vanhoja tuttuja soluviljelyn koeasetelmia (mm. Transwell-invaasiokoetta), mutta sitäkin enemmän olen tehnyt näitä tuttuja kokeita aivan uusilla asetelmilla sekä päässyt testaamaan meille uusia menetelmiä. Labrapäivät on yleensä ollu pitkiä ja uuvuttavia, mutta oon ollut järkiään iloinen näistä kokeista, koska A) kokeet ovat olleet teknisesti onnistuneita enkä ole rikkonut mitään (tietääkseni) ja B) osaa alustavia tuloksia katsoessa tulee se tunne, että nyt ollaan jännän äärellä.  Uuh.

Lisäksi meillä on kesäharjoittelijana tällä hetkellä Toni (tuttavallisesti biokemisteille Sane), joka laitettiin minun ohjattavakseni, koska biokemia (oletettavasti, asiaan saattoi myös vaikuttaa se, että lähes kaikilla muilla ryhmäläisillä on jo joku ohjattava). En oo ikinä aiemmin kunnolla ohjannu ketään labrahommiin joten "hieman" jännitti, as in en meinannut saada nukahdettua edellisenä iltana kunnolla (todella harvinaista näillä mun unenlahjoilla). Hyvin on kuitenki menny, Sane on vielä hengissä ja tuloksiakin on jo saatu joten all good. Ja pääsen samalla sivusta tekemään juttuja myogeelin kanssa (lue TÄÄLTÄ lisää myogeelistä jos kiinnostaa), mikä on myös kivaa, jännää ja erilaista.

Konferenssimatkoja ja kursseja

Kesäkuun puolen välin tuntumilla pyörähdin myös Finnish Cancer Instituten kaksipäiväisessä symposiumissa Jyväskylässä. Symposium järjestettiin teemalla Cancer and the Immune System, eli ihan ei osunut aihealue täysin omien intressien ja tietotaitojen ytimeen, mutta pidin matkaa silti opettavaisena. Oli hyvä päästä näkemään tuloksia ja kuulemaan puheita eri puolilta maapalloa ja "seinän molemmilta puolilta" eli sekä tutkijoilta (niiltä, jotka värkkää päivät pitkät labrassa) että hoitavilta lääkäreiltäkin (niiltä, jotka värkkää päivät pitkät potilaiden kanssa). Jos ei muuta niin PD1 ja PDL1 sekä Immunoscore tulivat tutuiksi ja olipa muutamaan puheeseen pujahtanut soluväliaineskin mukaan. Tapahtuma oli myös hyvin järjestetty ja aikataulussa pysyttiin yllättävän hyvin. Ja onhan Agora (Jyväskylän yliopiston yksi kampus) aivan huikealla paikalla Jyväsjärven rannalla ja arkkitehtuuriltaan komea pytinki. Hauska uutuus oli  symposiumin aikana ylläpidetty "viestiseinä", johon pystyi twiittaamaan tai tekstiviestilöimään oman kysymyksensä ja kommenttinsa puheiden aikana. Hieno idea!

MD Colin Dinney kertoo virtsarakon syövästä, kuva FCI:n twitter-tililtä. Oikealla näkyy myös viestiseinä!

Elokuun lopussa onkin tarkoitus sitte lähtä Norjaan, Tromssaan opiskelemaan vähän lisää yleisesti syöpäjutuista. Siellä järjestetään kahden viikon (10 ETCS) kurssi aiheella Molecular and Clinical Aspects of Cancer. Kurssille piti hakea, mutta sinne pääsee aika vapaasti jos vain oma työ tai opinnot liittyvät syöpiin (eli kaikkea onkologeista syöpätutkijoihin ja väikkäriopiskelijoihin). Sain jo tiedon että pääsin kurssille, ilmoittautuminen paikallisen Weboodin kauttakin on hoidettu ja majoitus pitäis olla selvä joten nyt ei tarvi miettiä enää kuin matkustamista, käytännön asioita kuten syömistä ja sitä että pitäiskö sitä vähä kierrellä ja katsella maisemia nyt ku kerran matkaan lähtee (Tromssa on turistikaupunki eli nähtävää ja koettavaa löytyy, joskin hinnat ovat sen mukaiset). Jee :)

Such PhD student, much wow 

Ainiin, sain vihdoin ja viimein haettua sitä virallista opinto-oikeutta ja sainkin sen sitte kohtuulliseen nopeasti (reilussa kuukaudessa). Eli ihan papereissakin olen nyt PhD student (ollut jo jonkin aikaa) eli leikillisesti ehta labraorja. Lähinnä tämä auttaa apurahojen ja muiden vastaavien hakemisessa. Ja näyttää hyvältä papereissa. Ja pääset selittämään sukulaisille mitä väitöskirjan tekeminen käytännössä tarkoittaa ("Kyllä, se on teoriassa opiskelua, mutta käytännössä työntekoa").

Ja lopuksi

Eka meikäläisenkin nimellä varustettu manuska eli manuscript eli käsikirjoitus lähti lehteen! JEE ja hylsyä odotellessa :D Kaikille tämä asia ei varmaan aivan aukea, mutta voisin kyllä joskus vähän avata tätä tutkimus-tulosten julkaisemisprosessia läpi tarkemmin.

Ei tähän hätään muuta uutta,

Krista

Kesä ja kärpäset

Hormonit hyrrää ja et tiedä miten lähestyä omaa biokemistiäsi?

Seuraa siis  muutama erityisen kulutettu iskurepliikki, jotka saattavat olla uusille biokemisteille ennen kuulemattomia! Nämä ovat luokkaa "ehheh ;)", mutta jos haluaa olla söpö voi sanoa " I wish I were Adenine because then I could get paired with U" tai "My heart just lagged as you passed by". Jospa tästä pääsette alkuun kesäheilan metsästyksessä:
 

 

He'll do it like chemists -  periodically on the table ;) and remember... biochemists  fit together like the sticky ends of recombinant DNA. <3

Näitä löytyy lisää esim. täältä, tsempit kesäheilailuun!
<3: Memmu

Lähteet:
http://www.pickuplinesgalore.com/biochem.html
http://www.buzzle.com/articles/cute-and-funny-biology-pick-up-lines-to-use-on-girls.html
https://fi.pinterest.com/explore/biology-pick-up-lines/
http://imgur.com/
http://www.quickmeme.com