Pientä edistystä töissä

Ensinnäkin, look at them! My precioussss-s-ss-s...

Sain siis tänään leikattua viimeisenkin noin 40 kielinäytteestä (hiiren). En mitenkään nopeasti tai täysipäiväisesti tehnyt hommia näiden näytteiden kanssa, aloitin näiden leikkaamisen kuitenkin jo lokakuussa eli sellainen rapeat kolme kuukautta meni. Välillä keskityin enemmän katsausartikkelin tekoon ja ompahan sattunut matkalla muitakin hidasteita (kuten se ex tempore Norjan tiedetapaaminen). Toisaalta tuli taas eilen huomattua että se noin kolme tuntia on maksimi mitä jaksan/pystyn päivittäin veivata mikrotomin kampea - oikea käsi (kampikäsi) alkaa kipuilemaan hyvin nopeasti eikä keskittyäkään jaksa täysillä ihan mahdottomia (keskittyminen on tärkeää, että ei vahingossa leikkaa sormeaan irti tuolla partaterämaisella leikkausosalla jne.).

Kohtalaisen iso hommahan noissa kyllä oli. Laskeskelin että olen leikannut yhteensä noin 20 000 leikettä, metreinä se on jotain 150 m. Nämä leikattiin siis "nauhana" eli käytännössä koko näytteen läpi (parafiiniblokista kun leikkaa peräkkäisiä leikkeitä, jäävät ne leikkeet reunoistaan kiinni luoden täten leike"nauhan"). Tämä on työlästä ja aikaavievää, mutta tarpeen ajoittain. Yleensähän immunohistokemiaa varten leikataan vaan yksittäisiä leikkeitä, esimerkiksi silloin kun tehdään patologisia määrityksiä potilaan syöpätyypistä. Mutta seuraavaksi pääsenkin siihen jännittävämpään vaiheeseen eli tekemään immunohistokemiallisia värjäyksiä noista mun leikkaamista näytteistä! Katsotaan kuinka käy (eli toimiiko vasta-aineet ja mitä löydöksiä voidaan tehdä niiden perusteella).

Sitten se toinen homma mitä olen tässä viime syksyn ja tammikuun tehnyt eli tuo systemaattinen katsausartikkeli. Olen nyt päässyt sellaiseen vaiheeseen, että kaikki artikkelit on käyty kerran läpi ja katsausartikkeliin laitettavat alkuperäiset tutkimusartikkelit on valittu. Olen alkanut lukemaan valittuja artikkeleja kunnolla läpi ja jaottelemaan niitä erilaisiin luokkiien tulevien kappaleiden teeman mukaisesti. Tässä kohdin törmäsin yhteen ongelmaan - mikä on järkevä kappalejaottelu? Puhunko tutkimuksista niiden metodien mukaan (immunohistokemia vs. solukokeet), tulosten mukaan (positiiviset vs. neutraalit vs. negatiiviset), sairaustyyppien mukaan (rintasyöpä vs. ihosyöpä) vaiko aivan jollain muulla tavalla? Keskusteltiin ohjaajan kanssa ja päädyttiin ainakin tällä erää jakoon syöpätyyppien mukaan, koska yleensä tutkijat keskittyvät tutkimuksissaan yhteen syöpätyyppiin ja lukiessaan tällaista katsausartikkelia heitä kiinnostanee pääasiassa se, mitä juuri siitä heidän kohdesyövästään tiedetään ja on tutkittu. Tästä pääsemmekin seuraavaan ongelmaan eli...

Mitä syöpäjaottelua käytän? Jos mietitään asiaa patologisesti ja kudostyyppien kannalta, jaetaan syövät ryhmiin sen mukaan, mistä kudoksesta ne ovat peräisin. Esimerkiksi, leukemiat saavat alkunsa veren ainesosia muodostavista luuytimen soluista kun taas sarkoomat saavat alkunsa sidekudoksen soluista. Mutta syövät voidaan jakaa luokkiin myös niiden anatomisen sijainnin mukaan eli siis esimerkiksi keuhko- ja suolistosyöpiin. Tutkimuksessa nämä ryhmät menevät iloisesti sekaisin kun toiset tutkivat kivessyöpiä ja toiset yleisesti vaikkapa myeloomia. Käytännössä nämä ryhmät kuitenkin menevät aivan täysin ristiin. Otetaampa esimerkiksi vaikka rintasyöpä. Suurin osa, arviolta yli 95%, rintasyövistä on karsinoomia, jotka saavat alkunsa maitorauhasten tai -tiehyeiden epiteelikudoksesta. Mutta rintasyöpä voi olla myös angiosarkooma (veri- tai imusuonen  sidekudoksesta lähtöisin), phyllodes-kasvain (pehmytkudoksen sarkooma, rinnan sidekudoksesta peräisin), Pagetin tauti nännissä (kun maitotiehyen karsinooma leviää nänniin), tulehduksellinen rintasyöpä (kun syöpäsolut tukkivat imusuonet ja rinta tulehtuu) tai joku karsinoomien alatyyppi. Että milles jaolle tässä nyt sitten rupeaisi...

Lähteet: American Cancer Society ja Bookside Associates.

-Krista

Ps. Helmikuussa tapahtuu kun joku saattaa vihdoin ja viimein päästä valmistumaan (miten tässä nyt näin kävi? & en tiedä juhlinko). Lisäksi yritän päästä mukaan Tiedepäiville, joko posterilla tai puheella, perjantaina se selviää!